加利亚·R·齐默曼。;迪娜·斯维特利茨基;梅拉夫·泽哈维;米查尔·齐夫·尤克尔森 使用PQ树近似搜索新基因组中的已知基因簇。 （英语） Zbl 1518.92093号 Kingsford，Carl（编辑）等人，第20届生物信息学算法国际研讨会。WABI 2020，2020年9月7日至9日，意大利比萨，虚拟会议。诉讼程序。Wadern：达格斯图尔宫——莱布尼茨Zentrum für Informatik。LIPIcs–莱布尼茨国际程序。通知。172，第1条，第24页（2020年）。 小结：我们定义了比较基因组学中的一个新问题，称为PQ-树搜索，它以一个代表感兴趣基因簇的已知基因顺序的PQ-树状结构（T）、一个基因到基因的替代评分函数（h）、整数参数（d_T）和（d_S）以及一个新的基因组（S）作为输入。目的是在（S）中确定基因簇的近似新实例，这些实例可能与已知基因顺序不同，分别受（T）约束的基因组重排，受（h）控制的基因替换，以及受（d_T）和（d_S）约束的基因缺失和插入。我们证明了PQ-Tree搜索问题是NP-hard问题，并提出了一种参数化算法，该算法在（O^*（2^\gamma））时间内求解PQ-Tere搜索的优化变量，其中（gamma。该算法被实现为一种搜索工具，称为PQFinder，并应用于在1487个原核基因组的数据集中搜索质粒中的染色体基因簇实例。我们报道了29个在质粒中重排的染色体基因簇，其中重排由相应的PQ树引导。其中一个结果是重金属外排泵的编码，为了举例说明如何利用PQFinder揭示已知基因簇的有趣的新结构变体，我们对其进行了进一步分析。关于整个系列，请参见[Zbl 1445.68019号]. MSC公司： 92D10型 遗传学和表观遗传学 92D20型 蛋白质序列，DNA序列 92-08 生物问题的计算方法 关键词：PQ树;基因簇;外排泵 软件：github PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{G.R.Zimerman}等人，LIPIcs——莱布尼茨国际程序。通知。172，第1条，第24页（2020年；Zbl 1518.92093） 全文： 内政部 arXiv公司 参考文献： [2] 扎基·亚当（Zaky Adam）、莫妮克·特梅尔（Monique Turmel）、克劳德·勒米厄（Claude Lemieux）和大卫·桑科夫（David Sankoff）。无模式系统发育学中的常见间隔和对称差异，以及链霉菌进化的应用。计算生物学杂志，14（4）：436-4452007。doi:10.1089/cmb.2007。A005·doi:10.1089/cmb.2007.A005 [3] Farid Alizadeh、Richard M Karp、Deborah K Weisser和Geoffrey Zweig。使用独特探针进行染色体物理绘图。计算生物学杂志，2（2）：159-1841995。doi:10.1089/cmb.1995.2.159·Zbl 0870.92005号 ·doi:10.1089/cmb.1995.2.159 [4] Severine Bérard、Anne Bergeron、Cedric Chauve和Christophe Paul。通过反转进行完美排序并不总是困难的。IEEE/ACM计算生物学和生物信息学汇刊，4（1）：4-162007。doi:10.1145/1229968.1229972·数字对象标识代码：10.1145/1229968.1229972 [5] 安妮·贝杰伦、马修·布兰切特、安妮·查托和塞德里克·乔夫。使用保守区间重建祖先基因序列。生物信息学算法国际研讨会，第14-25页。斯普林格，2004年。doi:10.1007/978-3-540-30219-32·doi:10.1007/978-3-540-30219-32 [6] 安妮·贝杰伦（Anne Bergeron）、西尔维·科尔蒂尔（Sylvie Corteel）和马修·拉菲诺（Mathieu 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