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洛佩斯·布兰科，何塞·R。;鲁曼·雷耶斯;JoséI·Aliaga。;罗莎·巴迪亚（Rosa M.Badia）。;巴勃罗·查科恩;恩里克·金塔纳·奥尔蒂。

探索多核处理器集群上的大分子功能运动。 （英语） Zbl 1349.92009年9月

J.计算。物理学。 246, 275-288 (2013).
概述：内坐标法向模式（IC）为高分子机器的功能性集体运动建模提供了一种很好的方法，但应用于大分子时计算成本很高。在本文中，我们通过有效地解决这些方法的计算瓶颈，对角化步骤和相关的大规模特征问题，在配备多核技术的小节点簇上，将此方法的适用性显著扩展到更大的系统。我们的实验表明，迭代Krylov-子空间方法在解决这些生物应用中产生的稠密广义特征值问题方面的性能优于在最先进的库上实现的更传统的直接求解器。该方法加快了大分子集体构象变化的研究，为探索此类相关系统的功能运动开辟了一个新窗口。

引用于1文件

MSC公司：

92-08 生物问题的计算方法
92C40型 生物化学、分子生物学
68周25 近似算法

关键词：

计算生物学;高分子机械;正常模式;特征值问题;Krylov子空间方法;多核处理器集群

软件：

iMod（iMod）;磁粉探伤;线性代数库;ARPACK公司
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{J.R.López-Blanco}等人，J.Compute。物理学。246275-288（2013；Zbl 1349.92009）
全文： 内政部

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