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Tran、Duy Hoang;贝鲁兹·巴巴基;范戴勒，德里;皮特·莱曼;Patrick De Causmaecker

生物网络中约束图聚类的局部搜索。 （英语） Zbl 1510.90281号

计算。操作。物件。 132，文章ID 105299，12 p.（2021）。
摘要：半监督或约束图聚类结合了先验信息，以改进聚类结果。成对约束通常用于指导聚类过程。这项工作解决了生物网络中的一个约束图聚类问题，其中（1）严格要求满足子图连接性约束，（2）根据成对约束冲突评估聚类质量。现有的约束图聚类方法往往不能完全满足连通性约束。本文提出了一种迭代局部搜索算法，旨在在较短的计算时间内找到质量最高的聚类。实验证明，所提出的解决方案具有良好的质量，通常是最优的。此外，该方法在计算运行时间方面明显优于现有的分支与切割算法，并且与其他局部搜索技术和图聚类算法相比，产生了具有竞争力的结果。此外，还设计了一种多级聚类算法来处理大规模图。在超过10000个基因的大量生物网络上研究了文献中各种粗化方法的总体方案的性能。

引用于2文件

MSC公司：

90立方厘米 涉及图形或网络的编程
92立方厘米 系统生物学、网络

关键词：

约束图聚类;迭代局部搜索;Kernighan-Lin算法;多级聚类;基于AMG的粗化

软件：

字符串;irace公司
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{D.H.Tran}等人，计算。操作。第132号决议，文章编号105299，12页（2021；Zbl 1510.90281）
全文： 内政部 链接

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