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安德烈·阿德罗德;德克·胡斯迈尔;马克·格泽戈奇克

昼夜节律调控网络的统计推断。 （英语） Zbl 1296.92011号

统计应用程序。基因。分子生物学。 13，第3号，227-273（2014）.
摘要：我们评估了各种最先进的统计和机器学习方法在生物节律调控背景下重建基因和蛋白质调控网络的准确性。我们的研究利用了基因表达和蛋白质浓度时间序列对关键昼夜节律钟成分的日益可用性拟南芥此外，基因表达和蛋白质浓度时间序列是根据最近公布的生物钟调节网络模拟的拟南芥在该模型中，蛋白质和基因的相互作用由基于迈克利斯·曼顿动力学的马尔可夫跳跃过程描述。我们密切遵循最近的实验方案，包括将幼苗带入不同的光暗周期，以及敲除各种关键调控基因。我们的研究为关键的比较性能评估提供了相对网络重建准确度分数，并揭示了一系列高度相关的问题：它量化了与未知蛋白质浓度和mRNA转录率相关的系统缺失值的影响，它研究了性能对网络拓扑和重现度的依赖性，深入了解了非线性方法何时以及为什么不能优于线性方法，它提供了不同推理过程中参数设置的改进指南，它还提出了关于中枢昼夜节律基因调控网络结构的新假设拟南芥.

引用于6文件

MSC公司：

92B15号机组 普通生物统计学

关键词：

调节网络推理;生物钟;层次贝叶斯模型;比较法评价;方差分析

软件：

格尔姆奈特;生物贝叶斯;生物-PEPA;地雷;玻璃制品;gptk公司;阿拉斯加州;PMTK公司;PRMLT公司
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\textit{A.Aderhold}等人，《统计应用》。基因。分子生物学。13，第3号，227--273（2014；Zbl 1296.92011）
全文： 内政部 链接

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