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朱利奥卡拉瓦格纳;简·希尔斯顿

Bio-PEPAd：Bio-PEPA的非马尔科夫扩展。 （英语） Zbl 1232.68090号

西奥。计算。科学。 419, 26-49 (2012).
概述：生物系统中的延迟可用于对无法精确观察到潜在动力学的事件进行建模，或用于抽象系统的某些行为，从而生成更紧凑的模型。在本文中，我们丰富了随机过程代数Bio-PEPA，并可以为动作分配延迟，从而得到一个新的非马尔可夫随机过程代数：Bio-PEPAd。这是一个保守的扩展，意味着保留了Bio-PEPA的原始语法，现在可以与动作相关联的延迟规范可以添加到现有的Bio-EPA模型中。延迟动作触发的语义是延迟时间方法，早先在关于延迟生物系统随机模拟的论文中提出。代数的这种语义是以开始-结束的方式给出的，这意味着一个动作的状态和完成被观察为两个独立的事件，正如延迟所要求的那样。我们在广义半马尔可夫过程（GSMP）中正式定义了Bio-PEPAd系统的编码，作为延迟随机模拟算法（DSSA）的输入，并作为延迟微分方程组（DDE），这是建模具有延迟的生物系统的确定性框架。最后，我们证明了说明Bio-PEPA和Bio-PEPAd模型之间关系的定理。最后，我们以一个具有时滞的生物系统的示例模型来说明该方法。

引用于三文件

理学硕士：

68问题85 并发和分布式计算的模型和方法（进程代数、互模拟、转换网等）
87年第68季度 计算机科学中的概率（算法分析、随机结构、相变等）
92立方厘米 系统生物学、网络

关键词：

生物-PEPA;延迟干燥;非马尔科夫过程代数;GSMP;DSSA公司;DDE（动态数据交换）

软件：

生物-PEPA;棱镜;毫升;生物-PEPAd;BlenX公司;磅
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{G.Caravagna}和\textit{J.Hillston}，Theor。计算。科学。419、26-49（2012；Zbl 1232.68090）
全文： 内政部

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