费德里卡·乔切塔 生物-PEPA与事件。 （英语） Zbl 1260.92021号 Priami，Corrado（编辑）等人，《计算系统生物学学报》第十一卷。柏林：施普林格出版社（ISBN 978-3-642-04185-3/pbk）。计算机科学课程讲稿5750。生物信息学课堂讲稿。《期刊副刊》，45-68（2009年）。 摘要：我们提出了Bio-PEPA的扩展，这是一种最近定义的用于生化系统建模和分析的语言，用于处理事件。事件是表示系统中由于某些触发条件而发生的更改的构造。这里考虑的事件很简单，但仍然能够描述模型和实验中的大多数不连续变化。在不修改其他语法的情况下，将事件添加到我们的语言中，以使模型的规范尽可能简单。一些地图是由Bio-PEPA和事件到分析工具定义的。具体来说，我们将语言映射到混合自动机（HA），并考虑对Gillespie的随机模拟算法进行修改。为了测试我们的方法，我们将描述乙酰胆碱受体功能特性的生化网络翻译为生物-PEPA，并添加了一个事件，该事件会导致某些反应在给定时间失活。关于整个系列，请参见[Zbl 1175.92022号]. 引用于三文件 理学硕士： 92C40型 生物化学、分子生物学 92-04 生物相关问题的软件、源代码等 92C45型 生化问题中的动力学（药代动力学、酶动力学等） 软件：棱镜;高超声速;生物-PEPA;生物模型;BlenX公司;政治公众人物协议;查龙;杂交Sal PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{F.乔切塔}，莱克特。注释计算。科学。5750、45-68（2009年；Zbl 1260.92021） 全文： 内政部 参考文献： [1] Alur，R.，Belta，C.，Ivancic，F.，Kumar，V.，Mintz，M.，Pappa，G.，Rubin，H.，Schug，J.：生物分子网络的混合建模和模拟。作者：Di Benedetto，M.D.，Sangiovanni-Vincentelli，A.L.（编辑）HSCC 2001。LNCS，第2034卷，第19-32页。斯普林格，海德堡（2001）·doi:10.1007/3-540-45351-26 [2] Alur，R.、Grosu，R.，Hur，Y.、Kumar，V.、Lee，I.：CHARON混合系统的模块化规范。收录：Lynch，N.A.、Krogh，B.H.（编辑）HSCC 2000。LNCS，第1790卷，第6页。斯普林格，海德堡（2000）·Zbl 0992.93040号 ·doi:10.1007/3-540-46430-1_5 [3] 生物PEPA工作台主页，http://www.dcs.ed.ac.uk/home/stg/software/bioepa/ [4] Bockmayr，A.，Courtois，A.：使用混合并发约束编程来建模动态生物系统。收录：Stuckey，P.J.（编辑）ICLP 2002。LNCS，第2401卷，第85页。斯普林格，海德堡（2002）·Zbl 1045.68527号 ·doi:10.1007/3-540-45619-87 [5] Bortolussi，L.，Policriti，A.：随机并发约束编程的混合逼近。约束13（1-2），66-90（2008）·Zbl 1144.92001号 ·doi:10.1007/s10601-007-9034-8 [6] Bortolussi，L.，Policiti，A.：混合系统与生物学。系统生物学的连续和离散建模。收录人：Bernardo，M.、Degano，P.、Zavataro，G.（编辑）SFM 2008。LNCS，第5016卷，第424–448页。斯普林格，海德堡（2008）·doi:10.1007/978-3-540-68894-5_12 [7] Calder，M.、Gilmore，S.、Hillston，J.：从信号通路的过程代数模型自动推导ODE。In：程序。CMSB 2005，第204-215页（2005） [8] Calder，M.，Gilmore，S.，Hillston，J.：使用随机过程代数PEPA模拟RKIP对ERK信号通路的影响。摘自：Priami，C.、Ingólfsdóttir，A.、Mishra，B.、Riis Nielson，H.（编辑）《计算系统生物学学报》VII。LNCS（LNBI），第4230卷，第1-23页。斯普林格，海德堡（2006）·doi:10.1007/11905455_1 [9] Ciocchetta，F.，Hillston，J.：生物-PEPA：生化网络过程代数PEPA的扩展。In：程序。2007年FBTC。ENTCS，第194卷（3），第103–117页（2008年）·Zbl 1279.68254号 ·doi:10.1016/j.entcs.2007.12.008 [10] Ciocchetta，F.，Hillston，J.：生物-PEPA：生物系统建模和分析框架。理论计算机科学（即将面世）·Zbl 1173.68041号 ·doi:10.1016/j.tcs.2009.02.037 [11] Ciocchetta，F.：生物-PEPA与SBML-like事件。In：程序。《细胞过程计算模型研讨会》，TUCS一般出版物，第47卷（2008）·Zbl 1260.92021号 [12] Ciocchetta，F.，Hillston，J.：生物-PEPA：生物系统建模和分析框架。爱丁堡大学信息学院技术报告，EDI-INF-RR-1231（2008）·Zbl 1173.68041号 [13] Cota，B.A.，Sargent，R.B.：同步事件和分布式模拟。In：程序。冬季模拟会议（1990年）·doi:10.1109/WSC.1990.129556 [14] Dematté，L.，Priami，C.，Romanel，A.：BlenX语言：教程。收录人：Bernardo，M.、Degano，P.、Zavataro，G.（编辑）SFM 2008。LNCS，第5016卷，第313–365页。斯普林格，海德堡（2008）·doi:10.1007/978-3-540-68894-59 [15] Deshpande，A.、Gollu，A.、Semenzato，L.：混合自动机动态网络的SHIFT编程语言和运行时系统。PATH报告，http://path.berkeley.edu/SHIFT/publications.html [16] Edelstein，S.J.、Schaad，O.、Henry，E.、Bertrand，D.、Changgeux，J.P.：基于多重变构转换的烟碱乙酰胆碱受体动力学机制。生物、网络。75361–379（1996年）·兹伯利0882.92011 ·doi:10.1007/s004220050302 [17] Galpin，V.，Hillston，J.，Bortolussi，L.：HYPE应用于混合生物系统的建模。ENTCS，第218卷，第33-51页（2008年）；也在2008年MFPS会议记录中·Zbl 1286.92027号 [18] Gillespie，D.T.：耦合化学反应的精确随机模拟。《物理化学杂志》81，2340–2361（1977）·doi:10.1021/j100540a008 [19] Henzinger，T.A.：混合自动机理论。摘自：第十一届IEEE计算机科学逻辑年会论文集，LICS（1996）·doi:10.1109/LICS.1996.561342 [20] Henzinger，T.A.，Ho，P.-H.，Wong-Toi，H.：高科技：混合系统的模型检查器。技术转让软件工具1110–122（1997）·Zbl 1060.68603号 ·doi:10.1007/s100090050008 [21] HybridSal主页，http://sal.csl.sri.com/hybridsal/ [22] Hucka，M.、Finney，A.、Hoops，S.、Keating，S.和Le Novére，N.：系统生物学标记语言（SBML）第2级：模型定义的结构和设施，http://sbml.org/documents/ [23] Lincoln，P.，Tiwari，A.：符号系统生物学：生物网络的混合建模和分析。In:Alur，R.，Pappas，G.J.（编辑）HSCC 2004。LNCS，第2993卷，第660-672页。斯普林格，海德堡（2004）·Zbl 1135.93308号 ·doi:10.1007/978-3-540-24743-244 [24] Le Novére，N.、Bornstein，B.、Broicher，A.、Courtot，M.、Donizelli，M.、Dharuri，H.、Li，L.、Sauro，H.、Schilstra，M.、Shapiro，B.、Snoep，J.L.、Hucka，M.：生物模型数据库：一个免费、集中的生物化学和细胞系统定量动力学模型数据库。核酸研究34，D689–D691（2006）·doi:10.1093/nar/gkj092 [25] Priami，C.，Quaglia，P.：生物相互作用的Beta粘合剂。收录：Danos，V.，Schachter，V.（编辑）CMSB 2004。LNCS（LNBI），第3082卷，第20-33页。斯普林格，海德堡（2005）·Zbl 1088.68646号 ·doi:10.1007/978-3-540-25974-93 [26] Prism网站，http://www.prismmodelchecker.org/ [27] Priami，C.，Regev，A.，Silverman，W.，Shapiro，E.：随机命名演算在分子过程表示和模拟中的应用。信息处理信函80，25–31（2001）·Zbl 0997.92018号 ·doi:10.1016/S0020-0190（01）00214-9 [28] Dematté，L.，Priami，C.，Romanel，A.：贝塔工作台：一种研究生物系统动力学的计算工具。生物信息学简介9（5），437–449（2008）·doi:10.1093/bib/bbn023 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配，可能包含数据转换错误。在某些情况下，zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献，而不要求完整或完全匹配。