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罗伯托·巴布蒂;罗伯塔·戈里;保罗·米拉佐;露西娅·纳斯蒂

基因调控网络建模方法综述：从微分方程到布尔和定性生物启发模型。 （英语） Zbl 1469.92053号

J.成员。计算。 207-226（2020）第3期第2页.
摘要：基因调控网络（GRNs）代表了调节特定细胞功能激活的基因之间的相互作用，如接收（化学）信号或对环境变化的反应。研究和理解这些过程至关重要：它们是细胞功能基础上的基本机制，许多疾病都是基于某些基因调节活动的扰动或失灵。在本文中，我们概述了GRN建模和分析的计算方法。我们从生物和定量建模背景概念开始，回顾微分方程和Gillespie算法。然后，我们更深入地描述了定性方法，如布尔网络和一些计算机科学形式，包括Petri网、P系统和反应系统。我们的目的是向读者介绍GRN建模问题，并引导他们沿着从经典定量方法到基于布尔网络的定性方法，再到一些最相关的定性计算方法的道路前进，以了解不同方法的优点和局限性。

引用于4文件

理学硕士：

92立方厘米 系统生物学、网络
92C40型 生物化学、分子生物学
2007年第68季度 受生物启发的计算模型（DNA计算、膜计算等）
68问题85 并发和分布式计算的模型和方法（进程代数、互模拟、转换网等）

关键词：

基因调控网络;布尔网络;Petri网;反应系统;膜系统

软件：

生物-PEPA;生物挂毯;虚拟单元格
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{R.Barbuti}等人，J.Membr。计算。2，第3号，207--226（2020；Zbl 1469.92053）
全文： 内政部
OA许可证

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