维尔达Purutçuoǧlu 稳健的基因表达指数。 （英语） Zbl 1264.92019年 数学。问题。工程师。 2012年，文章ID 182758，12 p.（2012）. 摘要：最近开发了频率基因表达指数（FGX）来测量Affymetrix寡核苷酸DNA阵列的表达。我们扩展FGX以涵盖非正常对数表达，特别是长尾对称密度，并将我们的新指数称为稳健基因表达指数（RGX）。在估计中，我们使用改进的最大似然法来解似然方程的难以捉摸的解，并利用Fisher信息矩阵来求协方差项。通过基准数据集和模拟数据进行的分析表明，RGX给出了令人满意的结果，并且在估计信号的相对效率方面，尤其是在数据非正态时，RGX的性能大多优于FGX。 MSC公司： 92C40型 生物化学、分子生物学 92D10型 遗传学和表观遗传学 62页第10页 统计学在生物学和医学中的应用；元分析 软件：BGX公司;全球气候变化评估;Affycomp III公司 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{V.Purutçuoǧlu}，数学。问题。Eng.2012，文章ID 182758，12 p.（2012；Zbl 1264.92019） 全文： DOI程序 参考文献： [1] Z.Volkovich、Z.Barzily、G.W.Weber、D.T.Kiati、R.A.Avros和R.A.Avros，“最小生成树方法在集群稳定性问题中的应用”，《中欧运筹学杂志》。新闻界·Zbl 1245.90137号 ·doi:10.1007/s10100-010-0157-4 [2] S.Özö-Akyüz和G.-W.Weber，“通过无限和半无限编程进行无限内核学习”，优化方法与软件，第25卷，第4-6期，第937-9701010页·Zbl 1225.90141号 ·网址：10.1080/10556780903483349 [3] G.-W.韦伯。Defterli，S.Z.Alparslan Gök和E.Kropat，“基于时间序列数据的监管网络建模、推断和优化”，《欧洲运筹学杂志》，第211卷，第1期，第1-14页，2011年·Zbl 1221.93024号 ·doi:10.1016/j.jor.2010.06.038 [4] M.U.Akhmet、D.Aru\ugaslan和E.Ylmaz，“具有分段常数参数的细胞神经网络的稳定性”，《计算与应用数学杂志》，第233卷，第9期，第2365-2373页，2010年·Zbl 1191.68484号 ·doi:10.1016/j.cam.2009.10.021 [5] E.Wit和J.McClure，微阵列统计，John Wiley&Sons，英国奇切斯特，2004年·Zbl 1049.62120号 ·doi:10.1002/0470011084 [6] A.-M.K.Hein、S.Richardson、H.C.Causton、G.K.Ambler和P.J.Green，“BGX：Affymetrix基因芯片数据的完全贝叶斯基因表达指数”，《生物统计学》，第6卷，第3期，第349-3732005页·Zbl 1070.62103号 [7] X.Liu、M.Milo、N.D.Lawrence和M.Rattray，“跨多芯片Affymetrix Probelevel分析的易处理概率模型”，生物信息学，第21卷，第18期，第3637-3644页，2005年·doi:10.1093/bioinformatics/bti583 [8] E.Hubbell、W.M.Liu和R.Mei，“表达分析的稳健估计量”，生物信息学，第18卷，第12期，第1585-1592页，2002年·doi:10.1093/bioinformatics/18.12.1585 [9] Affymetrix，统计算法描述文件，Affymotrix，美国加利福尼亚州圣克拉拉，2002年。 [10] Z.Wu、R.A.Irizarry、R.Gentleman、F.Martinez-Murillo和F.Spencer，“寡核苷酸表达阵列的基于模型的背景调整”，《美国统计协会杂志》，第99卷，第468期，第909-917页，2004年·Zbl 1055.62129号 ·doi:10.1198/016214500000683 [11] V.Purut\ccuo\vglu和E.Wit，“FGX:Affymetrix阵列的频率基因表达指数”，《生物统计学》，第8卷，第2期，第433-437页，2007年·Zbl 1144.62102号 ·doi:10.1093/biostatistics/kxl020 [12] M.L.Tiku和A.Akkaya，稳健估计和假设检验，新时代国际有限公司，印度新德里，2004年·Zbl 1069.62015号 [13] M.Milo、A.Fazeli、M.Niranjan和N.D.Lawrence，“从寡核苷酸阵列中提取表达水平的概率模型”，《生物化学学会学报》，第31卷，第6期，第1510-1512页，2003年。 [14] C.Li和W.H.Wong，“基于模型的寡核苷酸阵列分析：表达指数计算和异常值检测”，《美国国家科学院院刊》，第98卷，第1期，第31-36页，2001年·Zbl 0990.62091号 ·doi:10.1073/pnas.011404098 [15] M.L.Tiku、W.Y.Tan和N.Balakrishnan，《稳健推断》，第71卷，马塞尔·德克尔，纽约州纽约市，美国，1986年·Zbl 0597.62017号 [16] G.K.Bhattacharyya，“基于II型删失数据的最大似然和相关估计的渐近性”，《美国统计协会杂志》，第80卷，第390期，第398-4041985页·Zbl 0576.62042号 ·doi:10.2307/2287904 [17] K.J.Antonellis，Y.D.B.Barclay，M.Elashoff等人，“优化Affymetrix基因芯片阵列标准化的外部标准”，技术代表，Gene Logic Inc.，2002年。 [18] L.M.Cope、R.A.Irizarry、H.A.Jaffee、Z.Wu和T.P.Speed，“Affymetrix基因芯片表达测量的基准”，生物信息学，第20卷，第3期，第323-331页，2004年·doi:10.1093/生物信息系统/btg410 [19] M.T.Ùz，R.Yilmaz，F.Eyido\vgan，L.de Graaff，M.Yücel，和H.A.Úktem，“大麦（大麦）叶片对硼毒性的延迟反应的微阵列分析”，《土耳其农业和林业杂志》，第33卷，第2期，第191-202页，2009年·doi:10.3906/tar-0806-22 [20] R.A.Irizarry、B.Hobbs、F.Collin等人，“高密度寡核苷酸阵列探针水平数据的探索、归一化和总结”，《生物统计学》，第4卷，第2期，第249-264页，2003年·Zbl 1141.62348号 ·doi:10.1093/biostatistics/4.2.249 [21] L.Kaufman和P.J.Rousseeuw，《在数据中寻找群体》，John Wiley&Sons，美国纽约州纽约市，1990年·Zbl 1345.62009号 ·doi:10.1002/9780470316801 [22] V.Purut\ccuo\uglu、E.Kay \cs和G.W.Weber，“Affymetrix阵列中的背景规范化和案例研究”，《计算智能研究》，施普林格出版社，2011年。 [23] F.Naef和M.O.Magnasco，“解决明亮错配之谜：寡核苷酸阵列中的标记和有效结合”，《物理评论》E，第68卷，第1期，文章ID 011906，第1-4页，2003年。 [24] D.Hekstra、A.R.Taussig、M.Magnasco和F.Naef，“寡核苷酸阵列序列特异性校准的绝对mRNA浓度”，《核酸研究》，第31卷，第7期，1962-1968页，2003年·doi:10.1093/nar/gkg283 [25] L.Zhang、M.F.Miles和K.D.Aldape，“短寡核苷酸微阵列上的分子相互作用模型”，《自然生物技术》，第21卷，第7期，第818-941页，2003年。 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配，可能包含数据转换错误。在某些情况下，zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献，而不要求完整或完全匹配。