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一种新的基于连续基因组支架填充的近似算法。 (英语) Zbl 1480.92139号

摘要:基因组支架填充问题是一类重要的问题,在文献中得到了广泛的关注。本文研究了一个基因组支架填充问题,称为单侧GSF-max-BC问题。本文给出了该问题的一种新的近似算法。对于单边GSF-max-BC问题的任意给定实例,基于给定实例构造辅助图,研究辅助图中的最大匹配与最优解之间的关系,得到一个比率为2.57的近似算法。

MSC公司:

92D10型 遗传学和表观遗传学
68周25 近似算法
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全文: 内政部

参考文献:

[1] 姜浩。;青格,L。;朱,D。;Zhu,B.,基于连续基因组支架填充问题的2近似算法,J.Bioninform。计算。生物学,16,6,文章1850022 pp.(2018)
[2] 姜浩。;风扇,C。;杨,B。;钟,F。;朱,D。;朱斌,《重新审视基因组支架填充》,(第27届组合模式匹配年度研讨会论文集,第54卷(2016)),1-13·Zbl 1380.68478号
[3] 布尔托,L。;Fertin,G。;Komusewicz,C.,《超越邻接最大化:新字符串距离的脚手架填充》(第28届组合模式匹配年度研讨会论文集,第78卷(2017)),第1-17页·Zbl 1434.68725号
[4] 朱斌,《基因组支架填充:进展报告》,(第十届算法前沿国际研讨会论文集,第十届国际算法前沿研讨会论文集《计算机科学讲义》,第9711卷(2016)),第8-16页·Zbl 1475.68472号
[5] 穆尼奥斯,A。;郑,C。;朱,Q。;阿尔伯特,V.A。;Rounsley,S。;Sankoff,D.,支架填充,连续融合和比较基因顺序推断,BMC生物信息。,11, 1, 304 (2010)
[6] Yancopoulos,S。;阿蒂,O。;Friedberg,R.,通过易位、反转和块交换对基因组排列进行有效排序,生物信息学,21,1633340-3346(2005)
[7] 姜浩。;郑,C。;桑科夫,D。;Zhu,B.,断点下脚手架填充和相关距离,IEEE/ACM Trans。计算。生物信息学。,9, 4, 1220-1229 (2012)
[8] 刘,N。;邹,P。;Zhu,B.,置换支架填充的多项式时间解,(第十届组合优化与应用国际会议论文集,第十届国际组合优化及应用大会论文集,计算机科学讲义,第10043卷(2016)),782-789·Zbl 1483.68505号
[9] 姜浩。;钟,F。;Zhu,B.,用基因重复填充支架:最大化邻接数,(第22届组合模式匹配年度研讨会论文集,第22届联合模式匹配年度会议论文集,计算机科学讲义,第6661卷(2011)),55-64·Zbl 1339.92051号
[10] 刘,N。;姜浩。;朱,D。;Zhu,B.,一种改进的脚手架填充近似算法,以最大化公共邻接,IEEE/ACM Trans。计算。生物信息学。,10, 4, 905-913 (2013)
[11] 马,J。;姜浩,《关于单面脚手架填充的6/5近似算法的注释》,(第十届国际算法前沿研讨会论文集,第十届算法前沿国际研讨会论文集《计算机科学讲义》,第9711卷(2016)),145-157·Zbl 1475.68469号
[12] 布尔托,L。;卡里耶里,A。;Dondi,R.,脚手架填充的固定参数算法,Theor。计算。科学。,568, 72-83 (2015) ·Zbl 1312.68237号
[13] 刘,N。;朱,D。;姜浩。;Zhu,B.,《双面脚手架填充的1.5近似算法》,Algorithmica,74,1,91-116(2016)·Zbl 1336.68298号
[14] 马,J。;姜浩。;朱,D。;Zhang,S.,双边脚手架填充的1.4近似算法,(第十一届国际算法前沿研讨会论文集,第十一届算法前沿国际研讨会论文集《计算机科学讲义》,第10336卷(2017)),196-208·Zbl 1492.92048号
[15] 陈,Z。;Fu,B。;Zhu,B.,示例断点距离问题的逼近性,(第二届信息与管理算法方面国际会议论文集。第二届信息与管理算法方面国际会议论文集,计算机科学讲义,第4041卷(2006)),291-302·Zbl 1137.92336号
[16] 陈,Z。;Fu,B。;徐,J。;杨,B。;赵,Z。;朱斌,基因组与基因重复的非破坏性相似性,(第18届组合模式匹配年会论文集,第18届联合模式匹配年会刊论文集,计算机科学讲义,第4580卷(2007)),119-130·Zbl 1138.92354号
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