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用于模拟长时间动力学的同步并行动力学蒙特卡罗方法的推导和可扩展实现。 (英语) Zbl 1411.65013号

摘要:动力学蒙特卡罗(KMC)模拟用于研究各种系统的长期动力学。不幸的是,传统的KMC算法无法扩展到更大的系统,因为它的时间尺度与模拟的系统大小成反比。解决这个问题的一种很有希望的方法是同步并行KMC(SPKMC)算法,它使时间尺度大小独立。本文介绍了基于局部过渡状态和时间相关Hartree近似的SPKMC算法的形式化推导,以及基于双链接列表单元方法的可扩展并行实现。该算法在1024个Intel Xeon处理器上实现了0.935的弱标度并行效率,用于模拟42亿血红素系统中的生物电子转移动力学,以及良好的强标度并行率。该并行程序已被用于模拟细菌膜纳米线上细胞色素复合物的晶格,并广泛应用于其他问题,如新材料的计算合成。

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65二氧化碳 蒙特卡罗方法
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全文: 内政部

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