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穆罕默德·埃尔·凯比尔;雅普·赫林加;Klau，Gunnar W。

Natalie 2.0：稀疏全局网络对齐是二次分配的特例。 （英语） Zbl 1461.90065号

算法（巴塞尔） 8，第4期，1035-1051（2015）.
摘要：分子相互作用的数据正以惊人的速度增长，而用于分析这些网络数据的可靠方法的发展仍然滞后。这尤其适用于比较网络分析领域，在该领域，人们希望确定生物网络之间的共性。由于生物功能主要在网络级别运行，因此显然需要拓扑感知的比较方法。我们提出了一种快速、稳健的全局网络对齐方法，能够灵活地处理各种评分方案，同时考虑了节点间的对应关系和网络拓扑。我们利用网络对齐是研究得很好的二次分配问题（QAP）的特例。我们关注稀疏网络对齐，其中每个节点只能映射到另一个网络中通常较小的节点子集。这对应于具有对称稀疏权重矩阵的QAP实例。我们通过改进拉格朗日松弛方法获得了该问题的强上下界，并引入了开源软件工具Natalie 2.0，这是我们方法的一个公开实现。在对六种不同物种的蛋白质相互作用网络的广泛计算研究中，我们发现我们的新方法优于其他已建立的和最新的方法。

引用于2文件

理学硕士：

90B80型 离散位置和分配
05C85号 图形算法（图论方面）
92E10型 分子结构（图形理论方法、微分拓扑方法等）

关键词：

全球网络对齐;生物信息学;图形匹配;网络分析;网络比较

软件：

NETAL公司;轮毂对齐;字符串;L-格雷尔;纳塔利埃Q;麦格纳++;KEGG公司;纳塔利;幽灵;脊柱的;IsoRank公司
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{M.El-Kebir}等人，《算法（巴塞尔）》第8卷，第4期，第1035--1051页（2015年；Zbl 1461.90065）
全文： 内政部
OA许可证

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