纪尧姆·费尔丁;克里斯蒂安·科穆塞维茨;哈菲德省穆罕默德·巴博;伊雷娜·鲁苏 在异构网络中查找支持的路径。 (英语) Zbl 1461.68151号 算法(巴塞尔) 8,第4期,810-831(2015). 摘要:子网络挖掘是生物、社会和通信网络分析中的一个基本问题。最近的应用需要同时挖掘相同或相似顶点集上的多个网络。即在每个输入网络中搜索具有不同性质的子网络。在这种情况下,会出现三个具体问题,这取决于是否质疑(P)的存在,或者是否要优化(P)长度:在这种情况中,可以搜索最长的路径,或者(可能不太直观)最短的路径。这些问题在生物网络中有直接的应用,在社会、信息和通信网络中有可预测的应用。我们研究了问题的经典和参数化复杂性,从而确定了多项式和NP完全情况,以及固定参数可处理和W[1]-困难情况。我们还提出了两种枚举算法,用于评估合成数据和生物数据。 引用于1文件 理学硕士: 68兰特 计算机科学中的图论(包括图形绘制) 05C38号 路径和循环 05C85号 图形算法(图论方面) 2017年第68季度 问题的计算难度(下限、完备性、近似难度等) 65年第68季度 算法和问题复杂性分析 92立方厘米 系统生物学、网络 关键词:NP-hard问题;有向非循环图;最长路径问题;最短路径问题;蛋白质相互作用网络;代谢网络 软件:MySQL数据库;PathBLAST(路径BLAST) PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{G.Fertin}等人,《算法(巴塞尔)》8,第4期,810--831(2015;Zbl 1461.68151) 全文: 内政部 OA许可证 参考文献: [1] 蔡,D。;邵,Z。;何,X。;严,X。;Han,J。;挖掘异构社会网络中的隐藏社区;ACM-SIGKDD链路发现研讨会论文集:问题、方法和应用(LinkKDD 2005):,58-65. [2] Matsuo,Y。;滨崎步,M。;武田,H。;Mori,J。;Bollegara,D。;Y.中村。;西村,T。;Hasida,K。;石冢,M。;为语义Web旋转多个社交网络;人工智能促进协会会议记录(AAAI 2006):,1381-1387. [3] 维森蒂尼,R。;梅诺西,M;现实生活应用中的数据挖掘和知识发现:克罗地亚,里耶卡,2009年。 [4] Bunke,H。;图形匹配:理论基础、算法与应用;视觉界面国际会议记录(VI 2000):,82-88. [5] 孔戴,D。;Foggia,P。;Sansone,C。;文托,M。;模式识别中的图形匹配三十年;国际J模式识别。Artif公司。智力:2004; 第18卷,265-298。 [6] Džeroski,S;关系数据挖掘:德国柏林,2010年。 [7] 凯利,B.P。;袁,B。;路易特,F。;沙兰,R。;英国皇家科学院斯托克韦尔。;Ideker,T。;PathBLAST:蛋白质相互作用网络对齐工具;核酸研究:2004;第32卷。 [8] 沙兰,R。;Suthram,S。;凯利,R.M。;库恩,T。;Mccuine,S。;Uetz,P。;Sittler,T。;卡普,R.M。;Ideker,T。;多物种蛋白质相互作用的保守模式;程序。国家。阿卡德。科学。美国:2005年;第102卷,1974-1979年。 [9] Wernicke,S。;Rasche,F。;利用局部多样性实现代谢途径的简单快速比对;生物信息学:2007年;第23卷,1978年至1985年。 [10] 平特,R.Y。;O.Rokhlenko。;Yeger-Lotem,E。;Ziv-Ukelson,M。;代谢途径的校准;生物信息学:2005年;第21卷,3401-3408。 [11] R.布尔基。;拉克鲁瓦,V。;科特雷特,L。;Auber,D。;玛丽,P。;萨戈,M.F。;Jourdan,F。;代谢网络可视化消除节点冗余并保留代谢通路;BMC系统。生物学:2007年;第1卷。 [12] 平面,F。;Beasley,J。;代谢途径的化学计量和路径发现方法的批判性检验;简介。生物信息:2008; 第9卷,422-436。 [13] 祖巴列夫,R。;尼尔森,M。;冯,E。;萨维茨基,M。;Kel-Margoulis,O。;Wingender,E。;凯尔,A。;从蛋白质组学表达数据鉴定主要信号通路;《保护学杂志》:2008; 第71卷,89-96。 [14] 布鲁克纳,S。;Hüffner,F。;卡普,R.M。;沙米尔,R。;沙兰,R。;蛋白质相互作用网络的无拓扑查询;J.计算。生物:2010年;第17卷,237-252。 [15] Boyer,F。;Morgat,A。;拉巴雷。;Pothier,J。;维亚里,A。;合成子、代谢子和相互作用:探索基因组数据和功能数据之间邻域的精确图形理论方法;生物信息学:2005年;第21卷,4209-4215。 [16] Durek,P。;Walther,D。;代谢和蛋白质相互作用网络的综合分析揭示了新的分子组织原理;BMC系统。生物学:2008年;第2卷。 [17] 威廉姆斯,E。;鲍尔斯,D.J。;拟南芥基因组中邻近基因的共表达;基因组研究:2004;第14卷,1060-1067。 [18] R.G.唐尼。;研究员,M.R;参数化复杂性:德国柏林,1999年。 [19] 弗鲁姆,J。;格罗,M;参数化复杂性理论:德国柏林,2006年·Zbl 1143.68016号 [20] 尼德迈尔,R;固定参数算法邀请函:牛津,英国2006·Zbl 1095.68038号 [21] 哈通,S。;Nichterlein,A;个人沟通:2013年。 [22] 财富,S。;霍普克罗夫特,J。;威利,J。;有向子图同胚问题;西奥。计算。科学:1980; 第10卷,第111-121页·Zbl 0419.05028号 [23] M.R.加里。;约翰逊,D.S;计算机与不可纠正性:NP-完备性理论指南(数学科学丛书):旧金山,加利福尼亚州,美国1979·Zbl 0411.68039号 [24] 研究员,M.R。;赫梅林博士。;F.A.罗萨蒙德。;Vialette,S。;关于多区间图问题的参数化复杂性;西奥。计算。科学:2009; 第410卷,第53-61页·Zbl 1161.68038号 [25] Komusewicz,C。;索尔格,M。;稀疏图固定基数优化算法框架在稠密子图问题中的应用;谨慎。申请。数学。:2015; . ·Zbl 1317.05107号 [26] 贝尔曼,R。;旅行推销员问题的动态规划处理;J.ACM:1962年;第9卷,61-63·Zbl 0106.14102号 [27] 持有,M。;卡普,R.M。;排序问题的动态规划方法;J.Soc.Ind.申请。数学。:1962; 第10卷,196-210·Zbl 0106.14103号 [28] 支持的Path软件。 [29] Cherry,J.M。;Hong,E.L。;阿蒙森,C。;Balakrishnan,R。;宾克利,G。;Chan,E.T。;K.R.克里斯蒂。;Costanzo,M.C。;德怀特,S.S。;恩格尔,S.R。;酿酒酵母基因组数据库:芽殖酵母基因组资源;核酸研究:2012;第40卷。 [30] 麦当劳,A。;博伊斯,S。;莫斯·G。;Dixon,H。;蒂普顿,K。;ExploreEnz:IUBMB酶命名的MySQL数据库;BMC生物化学:2007; 第8卷。 [31] Balakrishnan,R。;Park,J。;卡拉,K。;不列颠哥伦比亚省希茨。;宾克利,G。;Hong,E.L。;J·沙利文。;米克勒姆·G。;Cherry,J.M。;酵母Mine——一个集成的酿酒酵母数据数据仓库,作为一个多用途工具包;数据库:2012年。 [32] 布林,G。;Fertin,G。;Mohamed-Babou,H。;Rusu,I。;西科拉,F。;Vialette,S。;异构生物网络的算法方面比较;第五届组合优化与应用国际会议论文集(COCOA 2011):,272-286. ·Zbl 1342.68153号 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配,可能包含数据转换错误。在某些情况下,zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献,而不要求完整或完全匹配。