×

DAMQT分子电子密度和静电势的拓扑。 (英语) Zbl 1376.92075号

摘要:报道了一种新版本的DAMQT封装,它结合了分子电子密度和静电势的拓扑分析。讨论了DAM分区膨胀中电子密度、静电势及其一阶和二阶导数的计算,并报告了相关方程。利用这些方程实现了一种搜索临界点、梯度路径、原子盆和Hessian分析的有效算法。DAMQT中内置的3D查看器包含用于可视化这些属性以及距离和角度测量的新工具。DAMQT中的查看器还添加了对投影模式的完全控制。提供的一些示例表明了大分子体系的优异性能。

MSC公司:

92E10型 分子结构(图论方法、微分拓扑方法等)
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
全文: 内政部

参考文献:

[1] Rico,J.F。;洛佩兹,R。;艾玛,I。;拉米雷斯,G。;Ludeña,E.,J.计算。化学。,25, 1355 (2004)
[2] Rico,J.F。;洛佩兹,R。;艾玛,I。;Ramírez,G.,J.Mol.结构。Theochem,727115(2005)
[3] 斯图尔特,R.F。;戴维森·E·R。;辛普森,W.T.,J.Chem。物理。,42, 3175 (1965)
[4] Mazziotti,A。;帕尔·R·G。;Simons,G.,J.化学。物理。,59, 939 (1973)
[5] Hirshfeld,F.L.和Theor。蜂鸣器。《学报》,44,129(1977)
[6] Stewart,R.F.,以色列。化学杂志。,16, 124 (1965)
[7] 巴德,R.F.W。;Nguyen-Dang,T.T.,高级量子化学。,14, 63 (1981)
[8] Becke,A。;Dickson,R.,J.化学。物理。,89, 2993 (1988)
[9] Delley,B.,J.化学。物理。,92, 508 (1990)
[10] 比克豪普,F.M。;van Eikema Hommes,N.J.R。;格拉,C.F。;Baerends,E.J.,《有机计量学》,第15卷,第2923页(1996年)
[11] Kosov,D.S。;Popelier,P.L.A.和J.Chem。物理。,113, 3969 (2000)
[12] 格拉,C.F。;Handgraaf,J.W。;Baerends,E.J。;Bickelhaupt,F.M.,J.计算。化学。,25, 189 (2004)
[13] 吉尔伯特,A.T.B。;吉尔,P.M.W。;Taylor,S.W.,J.化学。物理。,1207887(2004年)
[14] Franchini,M。;Philipsen,P.H.T。;van Lenthe,E。;Visscher,L.,J.化学。理论计算。,10, 1994 (2014)
[15] 格雷斯泰恩,I.S。;Ryzhik,I.M.,积分表,级数和乘积(1980),学术出版社:纽约学术出版社·Zbl 0521.33001号
[16] Rico,J.F。;洛佩兹,R。;Ramírez,G.,J.Chem。物理。,110, 4213 (1999)
[17] Rico,J.F。;洛佩兹,R。;艾玛,I。;Ramírez,G.,J.Chem。物理。,117, 533 (2002)
[18] 洛佩兹,R。;Rico,J.F。;拉米雷斯,G。;艾玛,I。;Zorrilla,D.,计算。物理学。Comm.,180,1654(2009)
[19] 洛佩兹,R。;Rico,J.F。;拉米雷斯,G。;艾玛,I。;Zorrilla,D.,计算。物理学。Comm.,192289(2015)
[20] Rico,J.F。;洛佩兹,R。;艾玛,I。;Ramírez,G.,J.计算。化学。,25, 1347 (2004)
[21] 埃尔德莱伊,A。;马格纳斯,W。;奥伯赫廷格,F。;Tricomi,F.G.,《更高的超越函数》,贝特曼手稿项目(1953年),麦格劳-希尔:麦格劳-希尔,纽约·兹比尔0051.30303
[22] Rico,J.F。;洛佩兹,R。;Ramírez,G.,J.Mol.结构。Theochem,537,27(2001)
[23] 巴德,R.F.W。;安德森,S.G。;杜克,A.J.,J.美国化学。《社会学杂志》,1011389(1979)
[24] 巴德,R.F.W。;Nguyen-Dang,T.T。;Tal,Y.,J.化学。物理。,70, 4316 (1979)
[26] Pacios,L.F。;费尔南德斯,A.,J.Mol.Graph。型号。,28, 102 (2009)
[27] Laidig,K.,麦克马斯特大学SADDLE项目(1989年)
[28] Biegler-König,F.W。;Nguyen-Dang,T.T。;Tal,Y。;巴德,R.F.W。;杜克,A.J.,J.Phys。B: 按摩尔选择。物理。,14, 2739 (1981)
[29] Popelier,P.L.,计算机。物理学。Comm.,93,212(1996)
[30] Geudtner,G。;Calaminic,P。;Carmona-Espíndola,J。;del Campo,J.M。;Domínguez-Soria,弗吉尼亚州。;莫雷诺,R.F。;甘博阿,G.U。;Goursot,A。;科斯特,A.M。;Reveles,J.U。;Mineva,T。;巴斯克斯-佩雷斯,J.M。;贝拉,A。;祖尼加·古铁雷斯,B。;Salahub,D.R.,《无线计算》。分子科学。,2, 548 (2012)
[31] Scrocco,E。;Tomasi,J.,《静电分子势作为解释分子性质的工具》。新概念II,95-170(1973),施普林格:施普林格柏林,海德堡
[32] 政治家P。;Truhlar,D.G.,《原子和分子静电势的化学应用》(1981),阻燃出版社
[33] 政治家P。;Murray,J.S.,(分子静电势和化学反应性。分子静电势与化学反应性,计算化学评论,第2卷(1991),Wiley),273-312
[34] 政治家,P.,Theor。化学。Acc.,111,395(2004)
[35] 政治家P。;J.S.穆雷。;Clark,T.,J.摩尔模型。,21, 52 (2015)
[36] Hellmann,H.,Einführung在《Quantenchheme》(1937年)、《Franz Deuticke》、《Leipzig und Wien》中
[37] Feynman,R.,《物理学》。修订版,56340(1939)·Zbl 0022.42302号
[38] Hansen,N.K。;Coppens,P.,《水晶学报》。第节。A、 34909(1978)
[39] Volkov,A。;加蒂,C。;Abramov,Y。;Coppens,P.,《水晶学报》。第节。A、 56252(2000)
[41] Coppens等人。;行,T.N.G。;Leung,P。;史蒂文斯,E.D。;贝克尔,P.J。;Yang,Y.W.,《晶体学报》。第节。A、 35、63(1979年)
[42] Volkov,A。;金·H·F。;Coppens等人。;Farrugia,L.J.,水晶学报。第节。A、 62400(2006年)
[43] 加德雷,S.R。;Shirsat,R.N.,《原子和分子静电学》(2000),大学出版社:海得拉巴大学出版社
[44] 加德雷,S.R。;Pathak,R.K.,程序。印度科学院。科学。化学。科学。,102, 189 (1990)
[45] Pathak,R.K。;Gadre,S.R.,化学杂志。物理。,93, 1770 (1990)
[46] 加德雷,S.R。;科尔梅尔,C。;Shrivastava,I.H.,无机化学。,11, 2279 (1992)
[47] 罗伊·D·。;Balanarayan,P。;Gadre,S.R.,化学杂志。物理。,129,第174103条pp.(2008)
[48] 罗伊·D·K。;Balanarayan,P。;Gadre,S.R.,化学杂志。科学。,121, 815 (2009)
[49] 库马尔,A。;Gadre,S.R.,化学杂志。理论计算。,12, 1705 (2016)
[50] 库马尔,A。;加德雷,S.R.,奥斯汀。化学杂志。,69, 975 (2016)
[51] Shirsat,R.N。;巴帕特,S.V。;Gadre,S.R.,化学。物理学。莱特。,200, 373 (1992)
[52] Popelier,P.,化学。物理学。莱特。,228, 160 (1994)
[53] 勒博夫,M。;科斯特,A.M。;Jug,K。;Salahub,D.R.,J.化学。物理。,111, 4893 (1999)
[54] Yeole,S.D。;洛佩兹,R。;Gadre,S.R.,化学杂志。物理。,137,第074116条pp.(2012)
[55] 库马尔,A。;Yeole,S.D。;加德雷,S.R。;洛佩兹,R。;Rico,J.F。;拉米雷斯,G。;艾玛,I。;Zorrilla,D.,J.计算。化学。,36, 2350 (2015)
[56] Bader,R.F.W.,《分子中的原子:量子理论》(1990),克拉伦登出版社:牛津克拉伦登出版公司
[57] 朱,J。;A.贝利。;Zwiewka,M。;苏维罗,V。;医学博士多纳托。;Ge,P。;Oehri,J。;Aryal,B。;郝,P。;Linnert,M。;新泽西州伯加特。;吕克,C。;韦瓦德,M。;米歇尔,M。;O.H.Weiergräber。;Pollmann,S。;阿扎雷洛,E。;Mancuso,S。;费罗,N。;福考,Y。;霍夫曼,C。;Wedlich-Söldner,R。;Friml,J。;托马斯,C。;Geisler,M.,《植物细胞》,28930(2016)
[59] Rico,J.F。;艾玛,I。;洛佩兹,R。;拉米雷斯,G。;Ishida,K.,SMILES:使用STO软件进行分子计算的软件包,第三代(2008),跨世界研究网络:跨世界研究网络喀拉拉邦(印度),计算化学的最新进展:斯莱特轨道上的分子积分
[61] Rico,J.F。;洛佩兹,R。;艾玛,I。;Ramírez,G.,J.Chem。理论计算。,1, 1083 (2005)
此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配,可能包含数据转换错误。在某些情况下,zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献,而不要求完整或完全匹配。