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具有自动曲面网格的并行AFMPB解算器,用于计算分子溶剂化自由能。 (英语) Zbl 1344.78004号

小结:我们提出了PAFMPB,这是AFMPB软件包的一个更新的并行版本,用于快速计算分子无溶剂能量。新版本具有以下新特点:(1)自适应快速多极子方法和边界元方法是并行的;(2) 嵌入了一个用于自动生成分子VDW/SAS表面网格的工具,允许在输入时选择网格文件;(3) 该软件包提供了总无溶剂能量的快速计算,包括PB静电和非极性相互作用的贡献。PAFMPB实施于C类Fortran公司编程语言,使用Cilk Plus扩展来利用多核和向量处理的计算能力。计算实验表明,PAFMPB成功地应用于计算登革热病毒系统上的PB电位,该系统具有100多万个原子,网格具有约2000万个三角形。

MSC公司:

78-04 光学和电磁理论相关问题的软件、源代码等
78M16型 多极方法在光学和电磁理论问题中的应用
78A70型 光学和电磁理论的生物学应用
2005年5月 并行数值计算
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全文: 内政部

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