竹野中村;川本淑黑;Wataru Shinoda 精确计算LAMMPS中笛卡尔坐标系和球坐标系下的局部压力张量。 (英语) Zbl 1344.82008年 计算。物理学。Commun公司。 190120-128(2015). 小结:在开源分子动力学软件LAMMPS中,开发并实现了一种准确高效的三维压力场计算算法。此外,还实现了球坐标下沿径向计算压力分布的算法。后者对于呈现球形对称的系统特别有用,例如胶束和囊泡。这些方法基于欧文-柯克伍德轮廓积分产生精确的压力场,特别适用于生物分子力场。本方法应用于包括弯曲膜和囊泡的几个系统。 MSC公司: 82-04 统计力学相关问题的软件、源代码等 82-08 计算方法(统计力学)(MSC2010) 82C80码 时间相关统计力学的数值方法(MSC2010) 关键词:压力场;欧文-柯克伍德轮廓;分子动力学 软件:车灯 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{T.Nakamura}等人,计算。物理学。Commun公司。190、120-128(2015;Zbl 1344.82008) 全文: 内政部 参考文献: [1] Lutsuko,J.F.,J.应用。物理。,64, 1152 (1988) [2] 罗林森,J.S。;Widom,B.,毛细管分子理论(1982),克拉伦登:克拉伦登牛津 [3] 井上,H。;Akahoshi,Y。;Harada,S.,《国际分形杂志》。,66, 77 (1994) [4] 斯兹利弗,I。;Kramer,D。;BenShaul,A。;Gelbart,W.M。;Safran,S.A.,J.化学。物理。,92, 6800 (1990) [5] 坎托,S.,《生物化学》,362339(1997) [6] 斯科菲尔德,P。;亨德森,J.R.,Proc。R.Soc.伦敦。序列号。A、 379231(1982)·Zbl 0476.76101号 [7] 托德,B.D。;Evans,医学博士。;Daivis,P.J.,物理学。E版,52,1627(1995) [8] Ikeshoji,T。;哈夫斯克约尔德,B。;Furuholt,H.,摩尔模拟。,29, 101 (2003) ·Zbl 1015.81576号 [9] 戈茨,R。;Lipowsky,R.,J.化学。物理。,108, 7397 (1998) [10] Lindahl,E。;Edholm,O.,J.化学。物理。,1133882(2000年) [11] 菲利普斯,J.C。;布劳恩(Braun,R.)。;Wang,W。;甘巴特,J。;Tajkhorshid,E。;维拉,E。;Chipot,C。;斯凯尔,R.D。;羽衣甘蓝。;Schulten,K.,J.计算。化学。,26, 1781 (2005) [12] Harashima,A.,高级化学。物理。,1, 203 (1958) [13] 西诺达。;Nakamura,T。;Nielsen,S.O.,软物质,79012(2011) [14] 哈夫斯克约尔德,B。;Ikeshoji,T.,物理学。版本E,66,011203(2002) [15] Nakamura,T。;西诺达。;Ikeshoji,T.,J.化学。物理。,135, 094106 (2011) [16] O.H.S.奥利拉。;Risselada,H.J。;Louhivuori,M。;Lindahl,E。;瓦图莱宁,I。;Marrink,S.J.,物理学。修订稿。,102, 078101 (2009) [17] Plimpton,S.,J.计算。物理。,117, 1-19 (1995) ·Zbl 0830.65120号 [18] 欧文,J.H。;Kirkwood,J.G.,J.化学。物理。,18, 817 (1950) [20] 西诺达。;DeVane,R。;Klein,M.L.,分子模拟。,33, 27 (2007) [21] 西诺达。;DeVane,R。;Klein,M.L.,软物质,42454(2008) [22] 克莱因,M.L。;西诺达,《科学》,321798(2008) [23] 筱田,W。;DeVane,R。;克莱恩,M.L.,J.Phys。化学。B、 1146836(2010) [24] 西诺达。;DeVane,R。;克莱因,M.L.,《软物质》,716178(2011) [25] 西诺达。;DeVane,R。;Klein,M.L.,货币。操作。结构。生物学,22175(2012) [26] Parrinello,M。;Rahman,A.,《物理学》。修订稿。,45, 1196 (1980) [27] 胡佛,W.G.,《物理学》。修订版A,311695(1985) [28] Frenkel,D。;Smit,B.,《理解分子模拟》(2002),学术出版社 [29] Sonne,J。;Hansen,F.Y。;Peters,G.H.,J.化学。物理。,122, 124903 (2005) [30] Nakamura,T。;Shinoda,W.,J.化学。物理。,138, 124903 (2013) [31] 川本,S。;Nakamura,T。;S.O.尼尔森。;Shinoda,W.,J.化学。物理。,139, 034108 (2013) 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配,可能包含数据转换错误。在某些情况下,zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献,而不要求完整或完全匹配。