乔纳森·格罗斯;沃尔夫哈德·扬克;迈克尔·巴赫曼 GPU上聚合物的大规模并行复制交换模拟。 (英语) Zbl 1259.82011年 计算。物理学。Commun公司。 182,第8期,1638-1644(2011). 摘要:我们讨论了图形处理单元(GPU)上的多线程并行化的优点,用于均聚物的示例珠弹簧模型的并行回火蒙特卡罗计算机模拟。由于对大量构象集合进行采样是精确估计统计量的前提条件,例如构象转变的典型指标,如比热的峰值结构,因此蒙特卡罗模拟性能的大幅提高的优势无论怎样估计都不为过。使用多线程并利用GPU上大量内核的巨大功能,在现代但标准的图形卡中可用,我们发现将部分代码从中央处理器(CPU)移植到GPU时,效率会迅速提高。 引用于1文件 MSC公司: 82-08 计算方法(统计力学)(MSC2010) 82D60型 聚合物统计力学 65日元10 特定类别建筑的数值算法 82磅80 平衡统计力学中的数值方法(MSC2010) 关键词:通用分组;CUDA公司;蒙特卡罗模拟;并行回火;聚合物;结构转换 软件:CUDA公司 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{J.Gross}等人,计算。物理学。Commun公司。182,第8号,1638--1644(2011;Zbl 1259.82011) 全文: 内政部 arXiv公司 参考文献: [1] Ford,E.B.,《在图形处理单元上求解开普勒方程的并行算法:应用于多普勒系外行星搜索分析》,《新天文学》,第14期,第406-412页(2009年) [2] 哈里斯,C。;Haines,K。;Staveley-Smith,L.,GPU加速射电天文信号卷积,实验天文学,22129-141(2008) [3] 顾,X。;Choi,D。;男子,C。;潘,H。;Majumdar,A。;蒋S.B.,使用有限尺寸铅笔束模型基于GPU的超快速剂量计算,《医学和生物物理》,54,6287-6297(2009) [4] 男子,C。;顾,X。;Choi,D。;Majumdar,A。;郑,Z。;米勒,K。;江S.B.,基于GPU的超快速IMRT计划优化,《医学和生物物理》,54,6565-6573(2009) [5] 普瑞斯,T。;保罗·W。;Schneider,J.J.,《高频金融资产回报的波动模式》,《欧洲物理快报》,82(2008),68005-1-6 [6] van Meel,J.A。;阿诺德,A。;Frenkel,D。;Portegies Zwart,S.F。;Belleman,R.G.,为MD模拟获取图形能力,分子模拟,34259-266(2008) [7] 弗里德里希,M.S。;伊士曼,P。;Vaidyanathan,V。;马萨诸塞州休斯顿。;罗格朗,S。;Beberg,A.L。;Ensign,D.L。;布伦斯,C.M。;Pande,V.S.,《在图形处理单元上加速分子动力学模拟》,《计算化学杂志》,30864-872(2009) [8] 尹,J。;Landau,D.P.,具有竞争最近邻和次最近邻相互作用的方晶格Ising模型的相图和临界行为,物理评论E,80(2009),051117-1-8 [9] M.Weigel,在GPU上模拟自旋模型,计算机物理通信(2011),doi:10.1016/j.cpc.2010.1031arXiv:1006.3865;M.Weigel,在GPU上模拟自旋模型,计算机物理通信(2011),doi:10.1016/j.cpc.2010.1031arXiv:1006.3865 [10] 普瑞斯,T。;维诺,P。;保罗·W。;Schneider,J.J.,GPU对2D和3D Ising模型的加速蒙特卡罗模拟,计算物理杂志,228,4468-4477(2009)·Zbl 1167.82347号 [11] Meredith,J.S。;阿尔瓦雷斯,G。;迈尔,T.A。;Schulthess,T.C。;Vetter,J.S.,《图形处理器的准确性和性能:量子蒙特卡罗应用案例研究》,并行计算,35151-163(2009) [12] 巴赫曼,M。;Janke,W.,《多正则链增长算法》,《物理评论快报》,91(2003),208105-1-4 [13] 巴赫曼,M。;Janke,W.,晶格异质聚合物的热力学,化学物理杂志,1206779-6791(2004) [14] 巴赫曼,M。;方舟号,H。;Janke,W.,《折叠异质聚合物粗颗粒非晶格模型的多尺度研究》,《物理评论》E,71(2005),031906-1-11 [15] 施纳贝尔,S。;沃格尔,T。;巴赫曼,M。;Janke,W.,弹性柔性聚合物结晶过程中的表面效应,《化学物理快报》,476201-204(2009) [16] 施纳贝尔,S。;巴赫曼,M。;Janke,W.,《弹性Lennard-Jones聚合物遇到簇:差异和相似性》,《化学物理杂志》,131(2009),124904-1-9 [17] Seaton,D.T。;Wüst,T。;Landau,D.P.,《柔性均聚物链中的坍塌跃迁:Wang-Landau算法的应用》,《物理评论》E,81(2010),011802-1-10 [18] 柯克,D.B。;Hwu,W.-M.W.,《大规模并行处理器编程:实践方法》(2010),摩根·考夫曼 [19] NVIDIA,白皮书-NVIDIA's next generation CUDA compute architecture:Fermi(2009) [20] NVIDIA,CUDA编程指南3.0(2010) [21] 北卡罗来纳州大都会。;罗森布鲁思,A.W。;Rosenbluth,M.N。;出纳员,A.H。;特勒,E.,用快速计算机器计算状态方程,化学物理杂志,211087-1092(1953)·Zbl 1431.65006号 [22] 斯文森,R.H。;Wang,J.-S.,《旋转玻璃的蒙特卡罗模拟复制品》,《物理评论快报》,572607-2609(1986) [23] Geyer,C.J.,(Keramidas,E.M.,《计算科学与统计:第23届接口研讨会论文集》(1991),接口基金会),156-163 [24] K.Hukushima。;Nemoto,K.,交换蒙特卡罗方法及其在自旋玻璃模拟中的应用,日本物理学会杂志,651604-1608(1996) [25] Harris,M.,白皮书-加拿大公用事业发展局优化并行缩减(2009年) 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配,可能包含数据转换错误。在某些情况下,zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献,而不要求完整或完全匹配。