×
M·瓦利耶夫。;E.J.拜拉斯卡。;戈文德，北。;科瓦尔斯基，K。;斯特拉茨马，T.P。;Van Dam，H.J.J。;D.王。;J·尼普洛查。;阿普拉，E。;温德斯，T.L。;德容，W.A。

西北化工：用于大规模分子模拟的全面且可扩展的开源解决方案。 （英语） Zbl 1216.81179号

计算。物理学。公社。 181，第9期，1477-1489（2010）.
摘要：的最新版本西北化工提供了一个开源计算化学软件包，具有广泛的功能，用于大规模模拟化学和生物系统。利用通用的计算框架，可以使用不同的理论描述来为给定的科学问题提供最佳解决方案。可扩展的并行实现和模块化软件设计能够有效利用当前的计算架构。本文概述了西北化工主要关注代码提供的核心理论模块及其并行性能。

引用于1审查
引用于38文件

MSC公司：

81V55型 分子物理学
81-08 量子理论相关问题的计算方法
81T80型 模拟和数值建模（量子场论）（MSC2010）
81-02 与量子理论有关的研究博览会（专著、调查文章）
68吨10 模式识别、语音识别
62H30型 分类和区分；聚类分析（统计方面）

关键词：

西北化工;DFT（干膜厚度）;耦合簇;质量管理经理;平面波方法

软件：

西北化工;涡轮发动机;全局阵列;线性代数库
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit｛M.Valiev｝等人，计算。物理学。Commun公司。181，第9号，1477--1489（2010；Zbl 1216.81179）
全文： 内政部

参考文献：

[1] 尼普洛查，J。；Harrison，R.J.，《超级计算杂志》，第11期，第119-136页（1997年）
[2] 尼普洛查，J。；B.帕尔默。；Tipparaju，V。；克里希南，M。；Trease，H。；Apra，E.，《高性能计算应用国际期刊》，20，203-231（2006）
[3] 哈里森·R·J。；嘉宾，M.F。；R.A.Kendall。；Bernholdt，D.E。；Wong，A.T。；斯塔夫，M。；安谢尔，J.L。；赫斯，A.C。；利特菲尔德，R.J。；Fann，G.L。；尼普洛查，J。；托马斯·G·S。；Elwood，D。；Tilson，J.L。；Shepard，R.L。；瓦格纳，A.F。；福斯特，I.T。；Lusk，E。；史蒂文斯，R.，J.Comp。化学。，17124-132（1996年）
[4] L.S.Blackford、J.Choi、A.Cleary、E.D'Azevedo、J.Demmel、I.Dhillon、J.Dongarra、S.Hammarling、G.Henry、A.Petitet、K.Stanley、D.Walker、R.Whaley、ScaLAPACK用户指南，工业和应用数学学会，1997年；L.S.Blackford，J.Choi，A.Cleary，E.D'Azevedo，J.Demmel，I.Dhillon，J.Dongarra，S.Hammarling，G.Henry，A.Petitet，K.Stanley，D.Walker，R.Whaley，ScaLAPACK用户指南，工业和应用数学学会，1997·Zbl 0886.65022号
[5] 科恩，W。；Sham，L.J.，《物理学》。修订版A，1401133-1138（1965）
[6] Dreizler，R。；Gross，E.，密度泛函理论（1995），阻燃出版社
[7] 帕尔·R·G。；Yang，W.，原子和分子的密度泛函理论，牛津科学出版社（1989）
[8] Sham，L.J.，《物理学》。B版，32，3876-3882（1985）
[9] 瓦利耶夫，M。；Fernando，G.W.，《物理学快报A》，227265-270（1997）
[10] 佩杜，J.P。；伯克，K。；Ernzerhof，M.，物理学。修订稿。，77, 3865 (1996)
[11] 佩杜，J.P。；Chevary，J.A。；沃斯科，S.H。；杰克逊，K.A。；Pederson，M.R。；辛格，D.J。；Fiolhais，C.，物理学。B版，46，6671（1992）
[12] Becke，A.D.，物理学。修订版A，88，3098（1988）
[13] Lee，C。；杨伟（Yang，W.）。；Parr，R.G.，物理学。B版，37785（1988）
[14] 史蒂芬斯，P。；德夫林，F。；Chabalowski，C。；弗里希，M.，J.Phys。化学。，98, 11623 (1994)
[15] 阿达莫，C。；Barone，V.，J.化学。物理。，110, 6158-6170 (1999)
[16] 佩杜，J。；施密特，K.（VanDoren，V.；VanAlsenoy，C。；Geerlings，P.，《密度泛函理论及其在材料中的应用》，密度泛函原理及其在材料上的应用国际会议。密度泛函理论及其在材料中的应用，密度泛函理论及其在材料中的应用国际会议，比利时安特卫普，2000年6月8日至10日。密度泛函理论及其在材料中的应用，密度泛函及其在材料上的应用国际会议。密度泛函理论及其在材料中的应用，密度泛函原理及其在材料上的应用国际会议，2000年6月8日至10日，比利时安特卫普，AIP会议记录，第577卷（2001），Amer。物理研究所），1-20
[17] Tawada，Y。；Tsuneda，T。；柳泽，S。；Yanai，T。；Hirao，K.，J.化学。物理。，120, 8425 (2004)
[18] Livshits，E。；贝尔，R.，物理。化学。化学。物理。，9, 2932 (2007)
[19] 戈文德，北。；瓦利耶夫，M。；Jensen，L。；科瓦尔斯基，K.，J.Phys。化学。A、 113、6041（2009）
[20] Jensen，L。；戈文德，N.，J.Phys。化学。A、 1139761（2009）
[21] Kummel，S。；Kronik，L.，修订版。物理。，80, 3-60 (2008) ·Zbl 1205.81153号
[22] 马尔克斯，M。；Gross，E.，（Fiolhais，C.；Nogueira，F.；Marques，M.，《密度泛函理论入门》，《物理讲义》，第620卷（2003），哥伦比亚大学。计算。物理。，Springer-Verlag：哥伦比亚大学。计算。物理。，施普林格出版社，柏林），144-184年·Zbl 1213.81233号
[23] Martin，R.M.，《电子结构：基本理论和实用方法》（2004），剑桥大学出版社·Zbl 1152.74303号
[24] Scuseria，G.E。；Staroverov，V.N.，《计算化学的理论与应用：前四十年》（2005），爱思唯尔：爱思唯尔阿姆斯特丹，第669-724页
[25] Kohanoff，J.，《固体和分子的电子结构计算：理论和计算方法》（2006），剑桥大学出版社·Zbl 1113.81006号
[26] 男孩，S.，Proc。R.Soc.伦敦，Ser。A、 200532（1950）
[27] 舒查特，K.L。；Didier，B.T。；Elsethagen，T.等人。；Sun，L.S。；古鲁穆蒂，V。；蔡斯，J。；Li，J.等人。；Windus，T.L.，《化学信息与建模杂志》，47，1045-1052（2007）
[28] 萨博，A。；Ostlund，N.，《现代量子化学》（1996），多佛出版公司。
[29] 哈里森·R。；嘉宾，M。；Kendal，R。；Bernholdt，D。；Wong，A。；斯塔夫，M。；Anchell，J。；赫斯，A。；利特菲尔德，R。；Fann，G。；尼普洛查，J。；托马斯·G。；Elwood，D。；Tilson，J。；Shepard，R。；瓦格纳。；我·福斯特。；Lusk，E。；史蒂文斯，R.，J.Comp。化学。，17, 124 (1993)
[30] Jensen，F.，《计算化学导论》（1999），John Wiley&Sons
[31] 邓拉普，B。；康诺利，J。；Sabin，J.、J.化学。物理。，71, 3396 (1979)
[32] 阿纳姆，M.V。；Ahlrichs，R.，J.公司。化学。，19, 1746 (1998)
[33] 斯特拉曼，R。；Scuseria，G。；Frisch，M.，化学。物理学。莱特。，257, 213 (1996)
[34] 阿普拉，E。；E.J.Bylaska。；迪安·D·J。；Fortunelli，A。；高，F。；克里斯蒂，P.S。；威尔斯，J.C。；Windus，T.L.，计算材料科学，28209-221（2003）
[35] Hehre，W.J。；Ditchfield，R。；波普尔，J.A.，J.化学。物理。，56, 2257-2261 (1972)
[36] 哈里哈兰，P.C。；Pople，J.A.，《理论化学账户：理论、计算和建模》，《Theoretica Chimica Acta》，第28期，第213-222页（1973年）
[37] Pulay，P.，化学。物理学。莱特。，73, 393 (1980)
[38] Pulay，P.，J.公司。化学。，3, 556 (1982)
[39] 来宾，M.F。；桑德斯，V.，摩尔物理学。，28, 819 (1974)
[40] 沃伦，R。；Dunlap，B.，化学。物理学。莱特。，262, 384 (1996)
[41] 吴，Q。；Yang，W.，J.化学。物理。，116, 515 (2002)
[42] 齐默里，美国。；帕里内洛，M。；Koumoutsakos，P.，J.化学。物理。，120, 2693 (2004)
[43] Grimme，S.，J.公司。化学。，25, 1463 (2004)
[44] Grimme，S.，J.化学。物理。，124, 034108 (2006)
[45] Iikura，H。；Tsuneda，T。；Yanai，T。；Hirao，K.，J.化学。物理。，115, 3540 (2001)
[46] Yanai，T。；Tew，D.P。；Handy，N.C.，化学。物理学。莱特。，393, 51 (2004)
[47] Grimme，S.，J.公司。化学。，27, 1787 (2006)
[48] Hess，B.和Phys。修订版A，32756（1985）
[49] Hess，B.和Phys。修订版A，33，3742（1986）
[50] 德容，W.A。；哈里森·R·J。；Dixon，D.A.，J.化学。物理。，114, 48 (2001)
[51] Chang，C。；佩利西耶，M。；Durand，M.，《物理学手稿》，34，294（1986）
[52] van Lenthe，E。；Baerends，E。；Snijders，J.，化学杂志。物理。，99, 4597 (1993)
[53] Faas，S。；斯尼杰德斯，J。；van Lente，J。；van Lenthe，E。；Baerends，E.，化学。物理学。莱特。，246, 632 (1995)
[54] Nichols，P。；戈文德，北。；Bylaska，E。；de Jong，W.，《化学理论与计算杂志》，5491（2009）
[55] Casida，M.，密度泛函方法的最新进展，第1卷（1995年），《世界科学：世界科学新加坡》，第155-192页·Zbl 0991.81502号
[56] Hirata，S。；Head-Gordon，M.，化学。物理学。莱特。，314, 291 (1999)
[57] Hirata，S.和J.Phys。化学。A、 107、9887-9897（2003）
[58] 兰格，A.W。；Rohrdanz，文学硕士。；赫伯特，J.M.，J.Phys。化学。B、 1126304（2008）
[59] Andzelm，J。；Rinderspacher，C。；Rawlett，A.M。；Dougherty，J。；贝尔·R。；Govind，N.，J.化学。理论计算。，5, 2835 (2009)
[60] Brigham，E.O.，《快速傅里叶变换》（1974），普伦蒂斯·霍尔·Zbl 0375.65052号
[61] 菲利普斯，J.C.，物理。修订版，112685-695（1958）
[62] 菲利普斯，J.C。；Kleinman，L.，《物理学》。修订版，116287-294（1959）·Zbl 0095.44601号
[63] 奥斯汀，B.J。；海涅，V。；Sham，L.J.，《物理学》。修订版，127276-282（1962）·Zbl 0114.23001号
[64] 尹，M.T。；科恩，M.L.，Phys。B版，257403-7412（1982）
[65] 巴切莱特，G.B。；哈曼，D.R。；Schluter，M.，物理学。B版，264199-4228（1982）
[66] 哈曼，D.R.，《物理学》。B版，402980-2987（1989）
[67] Kleinman，L。；Bylander，D.M.，物理学。修订稿。，55, 2471 (1985)
[68] Blochl，体育，物理。修订版B，5017953-17979（1994）
[69] N.A.W.霍尔兹瓦茨。；马修斯，G.E。；Tackett，A.R。；Dunning，R.B.，物理学。B版，57、11827（1997）
[70] 瓦利耶夫，M。；Weare，J.H.和J.Phys。化学。B、 103、10588-10601（1999）
[71] Kresse，G。；Joubert，D.，物理。B版，591758-1775（1999）
[72] E.J.Bylaska。；瓦利耶夫，M。；卡瓦伊，R。；Weare，J.H.，《计算》。物理学。Comm.，143，11-28（2002）·Zbl 1170.81306号
[73] 克拉克·L·J。；Stich，I。；Payne，M.，计算。物理学。Comm.，72，14-28（1992）
[74] 纳尔逊，J.S。；Plimpton，S.J。；西尔斯，医学博士，物理学。B版，471765（1993）
[75] 威格斯，J。；Jonsson，H.，公司。物理学。Comm.，81，1-18（1994）
[76] 马克思，D。；Hutter，J.，《从头算分子动力学：理论与实现》，NIC系列，第1卷（2000年），Forschungszentrum，第301-449页
[77] Gygi，F.，IBM J.Res.Dev.，52，137-144（2008）
[78] Cizek，J.，J.化学。物理。，45, 4256 (1966)
[79] Paldus，J。；沙维特，I。；Cizek，J.，《物理学》。修订版A，5，50（1972年）
[80] Paldus，J。；Li，X.Z.，量子化学中耦合团簇方法的临界评估，化学物理进展，第110卷（1999），John Wiley&Sons，Inc.，第1-175页
[81] Bartlett，R.J。；穆西亚尔，M.，修订版。物理。，79, 291-352 (2007)
[82] Geertsen，J。；里特比，M。；Bartlett，R.J.，化学。物理学。莱特。，164, 57-62 (1989)
[83] 哥伦比亚特区科莫。；Bartlett，R.J.，化学。物理学。莱特。，207, 414-423 (1993)
[84] 斯坦顿，J.F。；Bartlett，R.J.，化学杂志。物理。，98, 7029-7039 (1993)
[85] 普维斯，G.D。；Bartlett，R.J.，J.化学。物理。，76, 1910-1918 (1982)
[86] Noga，J。；Bartlett，R.J.，J.化学。物理。，86, 7041-7050 (1987)
[87] Scuseria，G.E。；Schaefer，H.F.，化学。物理学。莱特。，152, 382-386 (1988)
[88] 科瓦尔斯基，K。；Piecuch，P.，J.化学。物理。，115643-651（2001年）
[89] Raghavachari，K。；卡车，通用。；波普尔，J.A。；Head-Gordon，M.，化学。物理学。莱特。，157, 479-483 (1989)
[90] 斯坦顿，J.F。；Gauss，J.，J.化学。物理。，103, 1064-1076 (1995)
[91] 斯坦顿，J.F.，化学。物理学。莱特。，281, 130-134 (1997)
[92] 克劳福德，T。；斯坦顿，J.，国际J.量子化学。，70601-611（1998年）
[93] Hirata，S。；Nooijen，M。；格拉博夫斯基，I。；Bartlett，R.J.，J.化学。物理。，114, 3919-3928 (2001)
[94] Gwaltney，S.R。；Head-Gordon，M.，化学。物理学。莱特。，323, 21-28 (2000)
[95] Gwaltney，S.R。；Head-Gordon，M.，J.化学。物理。，115, 2014-2021 (2001)
[96] Hirata，S.，J.化学。物理。，121, 51-59 (2004)
[97] Stanton，J.，化学。物理学。莱特。，281, 130 (1997)
[98] 斯坦顿，J。；高斯，J.，化学J。物理。，103, 1064 (1995)
[99] 斯坦顿，J。；Gauss，J.和Theor。蜂鸣器。《学报》，93，303（1996）
[100] 库查尔斯基，S。；Bartlett，R.，J.化学。物理。，108, 5243 (1998)
[101] 库查尔斯基，S。；Bartlett，R.，J.化学。物理。，1085255（1998年）
[102] Gwaltney，S。；谢里尔，C。；Head-Gordon，M。；Krylov，A.，J.化学。物理。，113, 3548 (2000)
[103] Gwaltney，S。；伯德·E。；沃尔希斯，T.V。；Head-Gordon，M.，化学。物理学。莱特。，353, 359 (2002)
[104] Hirata，S。；Nooijen先生。；格拉博夫斯基，I。；Bartlett，R.J.，J.化学。物理。，115, 3967 (2001)
[105] Bomble，Y。；斯坦顿，J。；卡拉伊，M。；Gauss，J.，J.化学。物理。，123, 054101 (2005)
[106] 卡拉伊，M。；Gauss，J.，J.化学。物理。，123, 214105 (2005)
[107] Taube，A.G。；Bartlett，R.J.，J.化学。物理。，128, 044110 (2008)
[108] 陶布，A。；Bartlett，R.J.，化学杂志。物理。，128, 044111 (2008)
[109] 科瓦尔斯基，K。；Piecuch，P.，J.化学。物理。，113, 18-35 (2000)
[110] Kowalski，K.，J.化学。物理。，123, 9 (2005)
[111] Piecuch，P。；Wloch，M.，J.化学。物理。，123, 224105 (2005)
[112] Piecuch，P。；Wloch，M。；古尔，J。；Kinal，A.，化学。物理学。莱特。，418, 467 (2006)
[113] 李，X。；古尔，J。；Paldus，J。；Piecuch，P.，化学。物理学。莱特。，461, 321 (2008)
[114] 科瓦尔斯基，K。；Fan，P.D.，J.化学。物理。，130, 084112 (2009)
[115] 科瓦尔斯基，K。；Valiev，M.，J.化学。物理。，131, 234107 (2009)
[116] 奥列芬特，N。；Adamowicz，L.，《国际物理学评论》。化学。，12, 339-362 (1993)
[117] Piecuch，P。；Oliphant，N。；Adamowicz，L.，J.化学。物理。，99, 1875-1900 (1993)
[118] 科瓦尔斯基，K。；Piecuch，P.，J.化学。物理。，115, 643-651 (2001)
[119] 小林，R。；Rendell，A.，化学。物理学。莱特。，265, 1 (1996)
[120] E.Apra、R.Harrison、W.de Jong、A.Rendell、V.Tipparaju、S.Xantheas、R.Olsen，摘自：ACM/IEEE超级计算2009年会议；E.Apra、R.Harrison、W.de Jong、A.Rendell、V.Tipparaju、S.Xantheas、R.Olsen，摘自：ACM/IEEE超级计算2009年会议
[121] Hirata，S.，理论化学账户，116，2-17（2006）
[122] Sendt，K。；洛杉矶约翰斯顿。；霍夫，W.A。；克罗斯利，M.J。；Hush，N.S。；Reimers，J.R.，J.美国化学。《社会学杂志》，1249299-9309（2002）
[123] 科瓦尔斯基，K。；Krishnamoorthy，S。；O.维拉。；哈蒙德，J。；Govind，N.，J.化学。物理。，132, 154103 (2010)
[124] 科瓦尔斯基，K。；Piecuch，P.，J.化学。物理。，1201715-1738（2004年）
[125] 康奈尔，W.D。；Cieplak，P。；巴利，C.I。；古尔德，I.R。；Merz，K.M。；Ferguson，D.M。；斯佩尔迈耶，哥伦比亚特区。；福克斯，T。；考德威尔，J.W。；科尔曼，P.A.，J.Am.Chem。《社会学杂志》，1182309（1996）
[126] Straatsma，T.P.公司。；McCamon，J.A.，《IBM系统期刊》，40228-341（2001）
[127] Straatsma，T.P.公司。；Philippopoulos，M。；McCammon，J.A.，公司。物理学。通信，128，377-385（2000）·Zbl 0955.92040号
[128] 埃斯曼，美国。；佩雷拉，L。；Berkowitz，M.L。；达顿，T。；Lee，H。；Pedersen，L.G.，J.化学。物理。，103, 8577-8593 (1995)
[129] 瓦利耶夫，M。；加勒特，公元前。；蔡明凯。；科瓦尔斯基，K。；Kathmann，S.M。；Schenter，G.K。；Dupuis，M.，J.化学。物理。，127, 51102 (2007)
[130] Gao，J.L。；Truhlar，D.G.，Ann.Rev.Phys，《物理学报》。化学。，53, 467-505 (2002)
[131] Zhang，Y.K。；Liu，H.Y。；Yang，W.T.，J.化学。物理。，112, 3483-3492 (2000)
[132] 瓦利耶夫，M。；E.J.Bylaska。；杜普伊斯，M。；Tratnyek，P.G.和J.Phys。化学。A、 1122713-2720（2008）
[133] Elsaesser，B。；瓦利耶夫，M。；Weare，J.H.和J.Am.Chem。Soc.，1313869（2009年）
[134] 瓦利耶夫，M。；D'Auria，R。；托拜厄斯，D.J。；加勒特，B.C.，J.Phys。化学。A、 1138823-8825（2009）
[135] 瓦利耶夫，M。；杨，J。；亚当斯，J.A。；Taylor，S.S。；Weare，J.H.和J.Phys。化学。B、 111、13455-13464（2007）
[136] 瓦利耶夫，M。；Kowalski，K.，J.化学。物理。，125 (2006)
此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配，可能包含数据转换错误。在某些情况下，zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献，而不要求完整或完全匹配。