×

Aeon 2021:布尔网络中的分歧决策树。 (英语) Zbl 1491.92059号

Cinquemani,Eugenio(编辑)等人,《系统生物学中的计算方法》。第19届国际会议,CMSB 2021,波尔多,法国,2021年9月22日至24日。诉讼程序。查姆:斯普林格。莱克特。注释计算。科学。12881, 230-237 (2021).
摘要:Aeon是一种最新的工具,可以有效分析未知参数异步布尔网络的长期行为。在本文中,我们展示了Aeon的一个新的主要版本(Aeon 2021),与原始版本相比,它引入了大量新功能。这些包括(i)增强的静态分析功能,用其监管图验证布尔网络的完整性;(ii)单个吸引子的状态空间可视化;(iii)关于参数的网络变量稳定性分析;最后,(iv)一个新的基于决策树的交互式可视化模块,允许探索参数和网络行为之间的复杂关系。Aeon 2021是开源的,与SBML-qual模型完全兼容,并可作为在线应用程序提供,带有负责资源密集型任务的独立本地计算引擎。纸质工艺品可通过doi:10.5281/zenodo.5008293.
有关整个系列,请参见[Zbl 1486.92002号].

MSC公司:

92立方厘米 系统生物学、网络
92-04 生物相关问题的软件、源代码等
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
全文: 内政部

参考文献:

[1] Abou-Jaoudé,W。;蒙泰罗,PT,《逻辑分歧图》,J.Theor。生物学,46639-63(2019)·Zbl 1411.92119号 ·doi:10.1016/j.jtbi.2019.01.008
[2] Baudin,A.、Paul,S.、Su,C.、Pang,J.:用单步扰动控制大型布尔网络。生物信息学35(14),i558-i567(2019年7月)
[3] 贝内什,N。;Brim,L。;Kadlecaj,J。;Pastva,S。;萨夫拉内克,D。;拉希里,斯洛伐克;Wang,C.,AEON:参数化布尔网络的吸引子分岔分析,计算机辅助验证,569-581(2020),Cham:Springer,Cham·兹比尔1478.68085 ·doi:10.1007/978-3-030-53288-828
[4] 贝内什,N。;Brim,L。;Pastva,S。;波尔切克,J。;萨夫拉内克,D。;艾特·艾默尔(Ait-Ameur),Y。;秦,S.,参数化布尔网络中定性长期行为的形式化分析,形式化方法与软件工程,353-369(2019),查姆:斯普林格,查姆·doi:10.1007/978-3-030-32409-422
[5] Beneš,N.,Brim,L.,Pastva,S.,Šafránek,D.:使用过渡引导约简象征性地计算底部SCC。In:计算机辅助验证(2021),已接受。作者提供预打印·Zbl 1493.68240号
[6] rg Benque,D.等人:生物模型分析仪:用于生物网络建模和分析的可视化工具。In:计算机辅助验证。计算机科学课堂讲稿,第7358卷,第686-692页。斯普林格,海德堡(2012)
[7] Berntenis,北卡罗来纳州。;Ebeling,M.,通过状态空间的适当子空间的穷举枚举检测大型布尔网络的吸引子,BMC Bioinf。,14, 361 (2013) ·doi:10.1186/1471-2105-14-361
[8] Chaouiya,C.,Naldi,A.,Thieffry,D.:用GINsim对基因调控网络进行逻辑建模。摘自:《细菌分子网络》,第463-479页。施普林格,海德堡(2012)。doi:10.1007/978-1-61779-361-5-23
[9] Cimatti,A。;Brinksma,E。;Larsen,KG,NuSMV 2:符号模型检查的开源工具,计算机辅助验证,359-364(2002),海德堡:施普林格·Zbl 1010.68766号 ·doi:10.1007/3-540-45657-0_29
[10] Feillet,C.,耦合哺乳动物时钟和细胞周期的锁相和多重振荡吸引子,Proc。国家。阿卡德。科学。,111, 27, 9828-9833 (2014) ·doi:10.1073/pnas.1320474111
[11] Franz,M。;肺动脉,CT;哈克·G。;Dong,Y。;苏美尔,O。;Bader,GD,Cytoscape.js:可视化和分析的图论库,生物信息学,32,2,309-311(2015)
[12] Giacobbe,M。;Guet,CC;古普塔,A。;TA Henzinger;派克斯昂,T。;Petrov,T.,《基因调控网络进化的模型检验》,《产业学报》,54,8,765-787(2017)·兹比尔1380.68273 ·doi:10.1007/s00236-016-0278-x
[13] Helikar,T.,《细胞集合:走向系统生物学的开放和协作方法》,BMC系统。生物学,6,96,1(2012)
[14] 克拉姆特,S。;Saez-Rodriguez,J。;Gilles,ED,《使用Cell NetAnalyzer对蜂窝网络进行结构和功能分析》,BMC系统。生物,1,1,2(2007)·doi:10.1186/1752-0509-1-2
[15] Klarner,H。;斯特雷克,A。;Siebert,H.,PyBoolNet:用于生成、分析和可视化布尔网络的Python包,生物信息学,33,5,770-772(2016)
[16] Mizera,A.,Pang,J.,Su,C.,Yuan,Q.:ASSA-PBN:概率布尔网络工具箱。IEEE/ACM传输。计算。生物信息学。(2018)
[17] 穆塞尔,C。;霍芬西茨,M。;Kestler,HA,BoolNet—布尔网络生成、重建和分析的R包,生物信息学,26,10,1378-1380(2010)·doi:10.1093/bioinformatics/btq124
[18] de S.Cavalcante,H.L.D.,Gauthier,D.J.,Socolar,J.E.S.,Zhang,R.:关于自治布尔网络中混沌的起源(2010)·Zbl 1196.37064号
[19] Saadatpour,A.等人:T细胞生存网络的动态和结构分析确定了大颗粒淋巴细胞白血病的新候选治疗靶点。公共科学图书馆计算。生物学7(11),e1002267(2011)
[20] Shah,OS,亚特兰蒂斯-细胞命运发现和重新编程的吸引子景观分析工具箱,科学。代表,8,1,3554(2018)·doi:10.1038/s41598-018-22031-3
[21] 斯特雷克,A。;托比,K。;Siebert,H。;阿巴特,A。;Šafránek,D.,《定性参数化集的比较统计分析》,《混合系统生物学》,20-34(2015),查姆:斯普林格,查姆·Zbl 1412.92130号 ·doi:10.1007/978-3-319-26916-02
[22] Zou,YM,多表达式和参数布尔网络,IEEE/ACM Trans。计算。生物信息学。,10584-592(2013年)·doi:10.1109/TCBB.2013.79
此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配,可能包含数据转换错误。在某些情况下,zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献,而不要求完整或完全匹配。