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莱蒂蒂亚·吉巴特;赫莱内·科拉维扎;Jean-Paul彗星

Greening R.Thomas的环境变量框架：分而治之的方法。 （英语） Zbl 1491.92062号

Cinquemani，Eugenio（编辑）等人，《系统生物学中的计算方法》。第19届国际会议，CMSB 2021，波尔多，法国，2021年9月22日至24日。诉讼程序。查姆：斯普林格。莱克特。注释计算。科学。12881, 36-56 (2021).
摘要：当我们对一个复杂的生物系统建模时，我们试图理解解释所观察到的不同行为的因果链。然而，这些观察通常是在实验条件下进行的，这些实验条件不一定具有可比性，因为它们依赖于例如培养基。因此，正确建模的构建取决于我们在单个框架中考虑所有这些信息的能力。
在本文中，我们展示了著名的R.Thomas建模框架，它可以在一个独特的全球网络中模拟连续的环境情况，而不需要使用人工制品。因此，只需枚举参数设置，就可以搜索与所有环境的生物知识兼容的参数设置。我们在这里推荐的另一个选项是R.Thomas框架的绿色扩展，其概念是环境对于每个环境，调节网络都会进行调整，并且在较小的搜索空间中搜索与相关生物知识兼容的参数设置。然后，将这些设置集相交，以获得那些产生与所有环境观测一致的轨迹的设置集。这种“分而治之”的方法比全球方法效率高得惊人。
关于整个系列，请参见[Zbl 1486.92002号]。

引用于1文件

MSC公司：

92立方厘米 系统生物学、网络
92D40型 生态学
92-08 生物问题的计算方法

软件：

TotemBioNet公司;SMBioNet公司;NuSMV公司
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{L.Gibart}等人，Lect。注释计算。科学。12881，36-56（2021；Zbl 1491.92062）
全文： 内政部

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