丽塔·M·C·阿尔梅达。;se Souza,Lars L.S。;迭戈·莫里斯;罗德里戈·J·S·达尔莫林。 转录图:全基因组基因表达分析方法。 (英语) Zbl 1478.92060号 Da Silva,Fabrício Alves Barbosa(编辑)等人,《系统生物学中的网络》。疾病建模的应用。2019年巴西里约热内卢第三期系统生物学理论和应用方面国际课程翻译稿。查姆:斯普林格。计算。《生物》32,69-91(2020)。 小结:在本章中,我们讨论了在全基因组图谱中统计分析差异基因表达的转录图方法。这项技术提出了一种分层查询数据的方法,随后将范围缩小到基因水平。我们介绍了该方法,讨论了其重复性和增强的信噪比,并讨论了其在研究时间序列数据(如细胞周期、治疗基因靶点识别、谱系和组织分类)中的应用,以及作为识别错误和评估标准化程序质量的强大测试。我们最终展示了可供下载的软件,并讨论了BioConductor的R插件。有关整个系列,请参见[2007年9月14日]. MSC公司: 92C40型 生物化学、分子生物学 关键词:转录图;宽基因组基因表达;差异表达基因集 软件:凯格;转录记录器;生物导体 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{R.M.C.de Almeida}等人,计算。生物学32,69-91(2020;Zbl 1478.92060) 全文: 内政部 参考文献: [1] Alexa A,Rahnenführer J,Lengauer T(2006)通过去相关GO图结构改进基因表达数据中功能组的评分。生物信息学22(13):1600 [2] Ritchie ME等人(2015)limma为RNA测序和微阵列研究提供了差异表达分析。核酸研究43(7):e47·doi:10.1093/nar/gkv007 [3] Morais DAA,e Almeida RMC,Dalmolin RJS(2019)转录程序:基于典型蛋白质相互作用数据的转录分析的R/生物导体包。生物信息学35:2875-2876 [4] Fry RC、Sambandan TG、Rha C(2003)《酿酒酵母突变株sgs1中的DNA损伤和应激转录物》。机械老化Dev 124:839-846 [5] Bacallao R,Clendenon SG,de Almeida RMC,Glazier JA(2018),以cGMP相关磷酸二酯酶为靶点减少囊性肾病囊肿形成,以及相关材料和方法。US2018/0078559 A1,2018年3月22日 [6] Tu BP、Kudlicki A、Rowicka M、MacKnight SL(2005)《酵母代谢循环的逻辑:细胞过程的时间划分》。科学310:1152-1158·doi:10.1126/科学.1120499 [7] Reis CF等人(2019年)基于系统生物学的分析表明,铅处理的人类神经祖细胞中存在全球转录障碍。前Genet 10:791·doi:10.3389/fgene.2019.00791 [8] Ferrareze PAG等人(2017年),转录分析允许基因组重新标记,并揭示了加替氏隐球菌CGII在感染期间受到营养限制。微生物5:49·doi:10.3390/微生物5030049 [9] Cadavid IC,Guzman F,de Oliveira Busatto Luisa A,Margis R(2020)两个大豆品种在盐胁迫下的转录组学和转录后分析。分子生物学代表(接受出版) [10] Miotto YE等人(2019年)鉴定拟南芥对地上部光照的根转录反应。植物分子生物学101:487-498 [11] de Oliveira-Busatto LA等人(2020年)大豆转录图允许广泛的基因组到单基因分析,以证明依赖时间的干旱反应(已提交) [12] Sanhudo LS、Dinis JM、Lenz G、de Almeida RMC(2019)《细胞周期基因组全谱》揭示了不同时间段的基因表达相关性(已提交) [13] Hwang S等人(2011)携带2型糖尿病相关线粒体DNA单倍型群的线粒体细胞质杂交细胞的基因表达模式。公共科学图书馆ONE 6:e22116·doi:10.1371/journal.pone.0022116 [14] Jensen LJ等人(2009)STRING 8-630种生物体中蛋白质及其功能相互作用的全球观点。核酸研究D412-D416 [15] Szklarczyk D等人(2017)2017年的STRING数据库:质量控制蛋白质关联网络,可广泛访问。核酸研究45:D362-D368·doi:10.1093/nar/gkw937 [16] Rybarczyk-Filho JL等人(2011):走向全基因组转录图:酿酒酵母案例。核酸研究39:3005-3016 [17] Evans C、Hardin J、Stoebel DM(2018)简介生物信息19:776-792·doi:10.1093/bib/bbx008 [18] Dinu I等人(2007)通过SAM-GS改进微阵列数据的基因集分析。BMC信息8:242 [19] Subramanian A等人(2005)《基因集富集分析:解释全基因组表达谱的基于知识的方法》。美国国家科学院院刊102:15545-15550·doi:10.1073/pnas.0506580102 [20] da Silva SRM、Perrone GC、Dinis JM、de Almeida RMC(2014)人类基因组中非预定义功能基因集的再现性增强和差异表达。BMC基因组学15:1181 [21] de Almeida RMC等人(2016)转录组分析揭示了ADPKD囊肿发育的多种机制。人类基因组学10:37 [22] Kanehisa M,Goto S(2000)KEGG:基因和基因组京都百科全书。核酸研究28:27-30·doi:10.1093/nar/28.1.27 [23] Huang DW、Sherman BT、Lempicki RA(2009)《生物信息学富集工具:大型基因列表综合功能分析的途径》。核酸研究37:1-13·doi:10.1093/nar/gkn923 [24] Huang DW,Sherman BT,Lempicki RA(2009)使用DAVID生物信息学资源对大基因列表进行系统和综合分析。Nat协议44-57 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配,可能包含数据转换错误。在某些情况下,zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献,而不要求完整或完全匹配。