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张波;杰克逊·德彪尔;德雷克·尼杰尔斯基;西尔维奥·马约洛;卢、本佐;托马斯·斯特林

DASHMM在分布式存储体系结构上加速了自适应快速多极泊松-玻尔兹曼解算器。 （英语） Zbl 07417534号

Commun公司。计算。物理。 25，第4期，1235-1258（2019）。
摘要：我们提出DAFMPB（DASHMM-加速自适应快速多极泊松-玻尔兹曼解算器），用于快速评估由线性化泊松-波尔兹曼（LPB）方程建模的生物分子系统中的静电势和力以及总无溶剂能量。DAFMPB首先将LPB重新格式化为边界积分方程，然后使用节点-补丁格式对其进行离散[33]。它使用GMRES求解得到的线性系统，其中采用DASHMM库[14]在每次迭代中加速矩阵-向量乘法。DASHMM建立在全局地址空间之上，允许DAFMPB用户在修改代码的情况下在共享和分布式内存计算机上操作。本文是对该程序的简要总结，包括算法、实现、安装和使用。

引用于三文件

MSC公司：

65-XX岁 数值分析
68倍 计算机科学
92C05型 生物物理学
68甲19 其他编程范式（面向对象、顺序、并发、自动等）

关键词：

泊松-玻耳兹曼方程;边界元法;DASHMM公司;分布式计算

软件：

APBS公司;UHBD公司;AFMPB公司;TABI公司;PAFMPB公司;PBEQ解决方案;MIBPB公司;塔比卜;TMS网格;DASHMM公司;VCMM公司;PyGBe公司;DAFMPB公司
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{B.Zhang}等人，Commun。计算。物理学。25，第4号，1235--1258（2019；Zbl 07417534）
全文： 内政部 arXiv公司

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