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雷姆科·布卡特;Fischer，马雷克;克里斯蒂娜·威克

系统发育学中Dollo-\（k\）性状的组合观点。 （英语） Zbl 1471.92233号

高级申请。数学。 131，文章ID 102252，39 p.（2021）.
摘要：近年来，具有持续特征的完美系统发育模型在文献中引起了极大的关注。它基于这样一种假设，即复杂的特征或特征在进化过程中只能获得一次，失去一次。在这里，我们考虑这个模型的一个推广，即Dollo简约，它允许多个字符丢失。更准确地说，我们从组合的角度来看待Dollo-\（k）字符的概念，即在整个进化过程中最多只获得一次而精确丢失\（k”）次的特征。我们首先介绍了一种基于生成子树概念的算法，用于在线性时间内找到给定字符和给定树的Dollo-\（k）标记。然后，我们比较持久字符（由Dollo-0和Dollo-1字符的并集组成）和通用Dollo-\（k\）字符。虽然众所周知，惠誉吝啬和持久性字符之间有着密切的联系，但我们表明，多洛吝啬与惠誉吝惜大体上是非常不同的。此外，虽然已知持久性字符数与树的Sackin索引（一种流行的树平衡索引）之间存在直接关系，但我们表明这种关系并不适用于Dollo-\（k）字符。事实上，确定给定树的Dollo-\（k）字符数比计算持久字符要复杂得多，我们通过为前者引入递归方法来结束本文。这种方法产生了一种多项式时间算法，用于计算Dollo-\（k）字符的数量，该算法以及计算Dollo-\（k\）标签的算法都可以在BEAST 2的Babel包中公开获得。

MSC公司：

92D15型 与进化有关的问题
05C90年 图论的应用

关键词：

多洛节俭;持久字符;生成树;惠誉算法;Sackin指数

软件：

野兽;生物钟;SPhyR公司
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{R.Bouckaert}等人，高级应用程序。数学。131，文章ID 102252，39 p.（2021；Zbl 1471.92233）
全文： 内政部 arXiv公司

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