安德鲁·理查兹;Kubatko，劳拉 物种树推断的贝叶斯加权三重和四重方法。 （英语） Zbl 1470.92221号 牛市。数学。生物。 83，第9号，第93号论文，39页（2021年）. 摘要：物种进化史的推断通常由物种树表示，但基因组不同部分的不同进化历史使其复杂化。由于不完全谱系排序（ILS）、基因复制和丢失以及水平基因转移等过程，基因组上的不同位点可能具有不同于基础物种树的历史（以及彼此）。多物种合并是在ILS存在下对物种和基因树进行推理的常用模型。本文介绍了Lily-T和Lily-Q两种新的多物种合并下的物种树推理方法。然后，我们使用模拟和经验数据，将其与两种常用方法SVDQuartets和ASTRAL进行比较。这两种方法通常都比SVDQuartes有所改进，在大多数模拟设置中，Lily-Q优于Lily-T。与ASTRAL的比较更具混合性——当无重组基因座的长度较短、聚合群体参数（θ）较小或内部分支长度较长时，Lily-Q往往优于ASTRAL。 引用于2文件 MSC公司： 92D15型 与进化有关的问题 92B10型 数学生物学中的分类学、分支学、统计学 关键词：物种系统发育;多物种融合;四重奏组合;系统发育推断 软件：ASTRAL-II标准;快速树;阀杆hy;潘戈恩;Seq-Gen公司;RAxML公司;猿;PAUP公司*;SVD四重奏;野兽 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{A.Richards}和\textit{L.Kubatko}，公牛。数学。生物学83，第9期，论文93，39页（2021；Zbl 1470.92221） 全文： 内政部 arXiv公司 参考文献： [1] 阿夫尼，E。；科恩，R。；Snir，S.，加权四分位系统发育学，系统生物学，64，2，233-242（2015）·doi:10.1093/sysbio/syu087 [2] 奇夫曼，J。；Kubatko，L.，《聚结模型下SNP数据的四方推断》，生物信息学，30，23，3317-3324（2014）·doi:10.1093/bioinformatics/btu530 [3] 奇夫曼，J。；Kubatko，L.，具有时间可逆替代过程、特定位置速率变化和不变位置的合并模型下未根物种树拓扑的可识别性，理论生物学杂志，374，1，35-47（2015）·Zbl 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