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帕韦尔·加韦里科斯基（Pawel Gawrychowski）；Gad M.兰道。；宋永健；奥伦·魏曼

贪婪共识树的更快构建。 （英语） Zbl 1499.68427号

Chatzigiannakis，Ioannis（编辑）等人，第45届自动化、语言和编程国际研讨会。2018年7月9日至13日，捷克共和国布拉格，ICALP 2018。诉讼程序。Wadern：达格斯图尔宫——莱布尼茨Zentrum für Informatik。LIPIcs–莱布尼茨国际程序。通知。107，第63条，第14页（2018年）。
摘要：共识树是一种系统发育树，它捕获一组相互冲突的系统发育树之间的相似性。一致树的计算问题是系统发育树重建的一个重要步骤。正如最近的柳珊瑚属和A.罗卡斯[“推断古代差异需要具有强烈系统发育信号的基因”，《自然》497327–331（2013）]。
本文重点介绍了两种最著名且应用最广泛的共识树方法：贪婪共识树和频差共识树。给定每棵树都有（n）个叶子的（k）冲突树，这些问题以前最快的算法是贪婪一致树的（widetilde{O}（kn^2）[J.詹森等，J.ACM 63，第3期，论文28，24页（2016；Zbl 1423.68573号)]和（widetilde{O}（\min\{kn^2，k^2n}）[J.詹森等人，“多数规则（+）共识树和频差共识树的算法”，IEEE/ACM Trans。计算。生物信息。第15期，第1期，第15-26页（2018年；doi:10.1109/TCBB.2016.2609923)]. 我们将这些运行时间分别提高到\（\widetilde｛O｝（k n ^｛1.5｝）\）和\（\widetilde｛O｝（k n）\）。
有关整个系列，请参见[Zbl 1392.68012号].

MSC公司：

68瓦40 算法分析
92D15型 与进化有关的问题

关键词：

系统发育树；贪婪共识树；动态树

引文：

Zbl 1423.68573号

软件：

菲利普；RAxML公司；贝叶斯先生；TNT公司；PAUP公司*
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{P.Gawrychowski}等人，LIPIcs——莱布尼茨国际程序。通知。107，第63条，第14页（2018；Zbl 1499.68427）
全文： 内政部 arXiv公司

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