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通过形式化方法进行模型选择。 (英语) Zbl 1458.92035号

Gupta,Ankit(编辑)等人,《2018年SASB会议记录》,第九届静态分析和系统生物学国际研讨会,德国弗莱堡,2018年8月28日。阿姆斯特丹:爱思唯尔。电子。注释Theor。计算。科学。350, 57-71 (2020).
摘要:我们解决了从动力系统领域的潜在模型列表中选择模型的问题。选择基于时序逻辑中指定的模型行为,而不是时间序列。这为系统动力学提供了更多的全局约束。不仅为了选择一个模型,而且为了创建有序结构,我们提出了模型排序问题。我们建议并应用几个排序关系来比较给定属性规范的模型。为了为所提出的设置提供一种具有全局结果的形式化方法,我们采用并调整了模型检查和参数合成方法。为了评估该方法,我们将所提出的方法应用于监管网络的几个定性模型。
关于整个系列,请参见[Zbl 1448.92002号].

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第92页第42页 系统生物学、网络
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参考文献:

[1] Alon,U.,《系统生物学导论:生物电路的设计原理》,数学和计算生物学(2006),查普曼和霍尔/CRC·Zbl 1141.92002号
[2] 贝内什,N。;Brim,L.公司。;Demko,M。;Pastva,S。;Šafránek,D.,Pithya:分段多仿射动力系统参数综合的并行工具,(Majumdar,R.;Kunčak,V.,CAV 2017。CAV 2017,LNCS,第10426卷(2017)),591-598
[3] Brim,L.公司。;Demko,M。;乔什卡,M。;帕斯特瓦,S。;Šafránek,D.,平行彩色CTL模型检查的参数合成,(Roux,O.;Bourdon,J.,CMSB 2015。CMSB 2015,LNBI,第9308卷(2015)),251-263
[4] Brim,L.公司。;Demko,M。;帕斯特瓦,S。;Šafránek,D.,分段仿射动力系统的高性能离散分岔分析,(Abate,A.;Šafánec,D.,混合系统生物学2015。混合系统生物学2015,LNBI,第9271卷(2015)),58-74·Zbl 1412.92115号
[5] Cimatti,A。;克拉克,E。;Giunchiglia,E。;Giunchiglia,F。;皮斯托尔,M。;Roveri,M。;塞巴斯蒂亚尼,R。;Taccella,A.,《NuSMV第2版:符号模型检查的开源工具》,(计算机辅助验证(CAV)国际会议论文集)。程序。计算机辅助核查国际会议,LNCS,第2404卷(2002))·兹比尔1010.68766
[6] Cimatti,A。;克拉克,E。;Giunchiglia,F。;Roveri,M.,Nusmv:一种新的符号模型验证器(计算机辅助验证国际会议(1999),Springer),495-499·Zbl 1046.68587号
[7] 克拉克,E.M。;Emerson,E.A.,《使用分支时间时序逻辑设计和合成同步骨架》(程序逻辑研讨会(1981),Springer),52-71·Zbl 0546.68014号
[8] 克拉克,E.M。;艾默生,E.A。;Sistla,A.P.,使用时序逻辑规范对有限状态并发系统进行自动验证,ACM Trans。程序。语言系统。,8, 244-263 (1986) ·Zbl 0591.68027号
[9] Fages,F。;Rizk,A.,《从模型检查到时序逻辑约束求解》,(约束编程原理与实践国际会议(2009),Springer),319-334
[10] Fages,F。;Soliman,S.,《生物炉中的正式细胞生物学》(SFM.SFM,LNCS,第5016卷(2008年)),54-80
[11] 哈夫纳,M。;Koeppl,H。;哈斯勒,M。;Wagner,A.,《昼夜节律振荡器的“全球”稳健性分析和模型识别》,《公共科学图书馆·计算生物学》,第5期,第1000534页,(2009年)
[12] Kitano,H.,朝向生物稳健性理论,分子系统生物学,3137(2007)
[13] McMillan,K.L.,符号模型检查,(符号模型检查(1993),Springer),25-60·Zbl 0784.68004号
[14] Naldi,A。;赫尔南德斯,C。;Levy,N。;斯托尔,G。;蒙特罗,P.T。;Chaouiya,C。;Helikar,T。;Zinovyev,A。;Calzone,L。;Cohen Boulakia,S。;蒂夫里,D。;Paulevé,L.,《CoLoMoTo交互式笔记本:定性生物网络的可访问和可复制计算分析》(2018),bioRxiv
[15] Naldi,A。;蒙特罗,P.T。;穆塞尔,C。;Kestler,H.A。;蒂夫里,D。;塞纳里奥斯,I。;Saez-Rodriguez,J。;Helikar,T。;Chaouiya,C.,与colomoto合作开发逻辑建模标准和工具,生物信息学,311154-1159(2015)
[16] A.Rizk。;巴特·G。;Fages,F。;Soliman,S.,《应用于合成基因网络的稳健性分析的通用计算方法》,生物信息学,25(2009)
[17] 丝绸,D。;柯克,P.D。;巴恩斯,C.P。;Toni,T。;Stumpf,M.P.,《系统生物学中的模型选择取决于实验设计》,《公共科学图书馆·计算生物学》,第10期,第1003650页,文章(2014年)
[18] Toni,T。;Stumpf,M.P.,《系统和种群生物学中动态系统的基于仿真的模型选择》,生物信息学,26,104-110(2009)
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