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乔纳森·克拉维特

未根系统发育网络的一致距离。 （英语） Zbl 1454.05118号

离散数学。西奥。计算。科学。 22，第1号，第22号论文，23页（2020年）.
小结：重排操作会对系统发育网络进行一个小小的图形理论改变，将其转换为另一个网络。对于无根的系统发育树和网络，流行的重排操作是树的二分和重联（TBR）和剪枝和再生（PR）（称为树上的子树剪枝和再再生（SPR））。每一个操作都会在系统发育树和网络集合上产生一个度量。两个无根系统发育树（T）和（T’prime）之间的TBR距离可以用一个最大一致森林来表征，即以某种方式包含（T’和（T‘prime’）两种成分的最小数量的森林。这种特性有助于开发固定参数可处理的算法和近似算法。在这里，我们引入最大一致图作为系统发育网络最大一致森林的推广。虽然一致距离——由最大一致图诱导的度量——并不能表征两个网络的TBR距离，但我们表明，它仍然提供了TBR距离的恒定因子边界。在最大端点一致图方面，我们发现了PR的类似结果。

引用于2文件

MSC公司：

05C82号 小世界图形、复杂网络（图形理论方面）
05C99年 图论
92立方厘米 系统生物学、网络
05C90年 图论的应用
92D15型 与进化有关的问题

关键词：

系统发育网络；重排操作；协议距离；最大协议林

软件：

贝叶斯先生；PhyML（物理建模语言）
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit｛J.Klawitter｝，离散数学。西奥。计算。科学。22，第1号，第22号论文，23页（2020；Zbl 1454.05118）
全文： 内政部 arXiv公司

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