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使用蛋白质相互作用网络中的诱导星来识别基本蛋白质。 (英文) Zbl 1451.90033号

摘要:在这项工作中,我们提出了一种新的中心性度量,称为星中心性,在计算节点的拓扑重要性时,它包含了节点的闭合邻域的信息,而不仅仅是节点本身的信息。更具体地说,我们关注度中心性,并表明在复杂的蛋白质-蛋白质相互作用网络中,这是一个可能导致错误分类蛋白质重要性的朴素度量。对于我们在考虑恒星时对度中心性的扩展,我们推导了其计算复杂性,给出了数学公式,并提出了两种在实践中证明有效的近似算法。我们描述了这一新指标在蛋白质相互作用网络中的成功,预测了几种生物体中的蛋白质重要性,包括研究充分的酿酒酵母、幽门螺杆菌和秀丽隐杆线虫,其中,恒星中心度在检测基本蛋白质方面明显优于其他节点中心度指标。我们还分析了这两种近似算法在实践中的平均和最坏情况下的性能,并表明它们是计算大规模蛋白质相互作用网络(如人类蛋白质组)中的恒星中心性的可行选项,在这种网络中,精确的方法必然会耗费大量的时间和内存。
在线补充可在以下网址获得:https://doi.org/10.1287/ijoc.2018.0872.

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90B10型 运筹学中的确定性网络模型
92 C50 医疗应用(通用)
68周25 近似算法
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