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埃里卡·T·卡马乔。;安卡·拉杜列斯库;斯蒂芬·沃库斯;帕梅拉·马歇尔。

中普遍存在的调控基序的定性分析酿酒酵母遗传网络。 （英语） Zbl 1508.92162号

Commun公司。非线性科学。数字。模拟。 69148-167（2019）.
摘要：这项工作研究了2节点和3节点系统在许多不同调节场景下的递归神经网络模型（RNN）中的双稳态和多稳态。我们确定在该网络模型所描述的系统的表达式状态中存在双稳态、多稳态或其他稳定模式的参数区域。我们的结果表明，尽管通过自动调节可以产生双稳态，但也存在这样的情况，即只要存在S形行为，自动抑制或无自动调节都可以产生双稳。此外，我们的研究结果表明，在推断网络时，考虑不止一个连接的重要性，因为观察到的生物学结果在许多结果上是平均的，这对使用RNN模型推断基因调控网络的许多算法具有启示意义。

MSC公司：

92D10型 遗传学和表观遗传学
92立方厘米 系统生物学、网络
68T07型 人工神经网络与深度学习

关键词：

分叉，分叉;基因网络;循环神经网络

软件：

MATCONT公司;CL_MATCONT公司
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{E.T.Camacho}等人，Commun。非线性科学。数字。模拟。69、148-167（2019年；Zbl 1508.92162）
全文： 内政部

参考文献：

[1] 阿普加，J.F。；Witmer，D.K。；怀特，F.M。；Tidor，B.，Sloppy模型、参数不确定性和实验设计的作用，Mol Biosyst，61890-1900（2010）
[2] Bandyopadhyay，S。；等人，《基因网络对dna损伤的重新构建》，《科学》，3301385-1389（2010）
[3] 布拉西，M.F。；卡索雷利，I。；科罗西莫，A。；布拉西，F.S。；比格纳米，M。；Giuliania，A.，《递归网络方法可以识别基因表达数据中的构成调节电路》，Physica A，348，349-370（2005）
[4] 凯西，F.P。；贝尔德，D。；冯（Q.Feng）。；Gutenkunst，R.N。；瀑布，J.J。；Myers，C.R.，表皮生长因子受体信号传递和下调模型的最佳实验设计，IET系统生物学，1,3190-202（2007）
[5] 周一岳。；Voit，E.O.，《生物化学和基因组系统参数估计和结构鉴定的最新进展》，Math Biosci，219，57-83（2009）·Zbl 1168.92019号
[6] Dhooge，A。；Govaerts，W。；库兹涅佐夫，Y.A。；梅斯特罗姆，W。；Riet，A。；Sautois，B.，Matcont和cl-Matcont:matlab中的延续工具箱（2006），比利时根特大学和乌得勒支大学：比利时根特高校和荷兰乌得勒支特大学
[7] Dhooge，A。；Govaerts，W。；Kuznetsov，Y.A.，Matcont:一个用于常微分方程数值分岔分析的Matlab包，ACM Trans Math Softw（TOMS），29，2，141-164（2003）·Zbl 1070.65574号
[8] 英国，H.W。；弗拉姆，C。；Kügler，P。；卢，J。；缪勒，S。；Schuster，P.，《系统生物学中的逆向问题》，逆向问题，25123014（2009）·Zbl 1193.34001号
[9] 加尔科马特·内斯，J。；阿兰达，A。；Pérez-Ortñn，J.E.，《基因组运行评估所有酵母基因的转录率并确定基因调控机制》，Mol Cell，15，2，303-313（2004）
[10] 加德纳，T。；康托，C。；Collins，J.，大肠杆菌中基因切换开关的构建，《自然》，403339-342（2000）
[11] 格里格尔，J。；Mnaimneh，S。；普托拉尔，J。；医学博士罗宾逊。；Hughes，T.R.，使用转录抑制剂和微阵列对mrna稳定性的全基因组分析揭示了核糖体生物发生因子的转录后控制，Mol Cell Biol，24，12，5534-5547（2004）
[12] Guantes，R。；Poyatos，J.F.，灵活控制表观遗传分化的多稳态决策开关，《公共科学图书馆·计算生物学》，4，e1000235（2008）
[13] Gutenkunst，R.N。；瀑布，J.J。；凯西，F.P。；Brown，K.S。；Myers，C.R。；Sethna，J.P.，《系统生物学模型中的普遍草率参数敏感性》，《公共科学图书馆·计算生物学》，3，e189（2007）
[14] Holstege，F.C。；詹宁斯，E.G。；Wyrick，J.J。；Lee，T.I。；亨加特纳，C.J。；Green，M.R.，《剖析真核生物基因组的调控电路》，《细胞》，95，5，717-728（1998）
[15] Ingram，P.J。；Stumpf，M.P。；Stark，J.，《网络模式：结构并不决定功能》，BMC Genom，7108（2006）
[16] Jeong，J。；Berman，P.，《酿酒酵母转录网络中的循环》，BMC系统生物学，2，12（2008）
[17] 菊池百合子，S。；Tominaga，D。；Arita，M。；高桥，K。；Tomita，M.，使用遗传算法和s系统对遗传网络进行动态建模，生物信息学，19643-650（2003）
[18] 科尔达·T·G。；刘易斯·R·M。；Torczon，V.，《直接搜索优化：一些经典和现代方法的新视角》，SIAM Rev，45，3，385-482（2003）·Zbl 1059.90146号
[19] 兰姆，T。；Mitchell，A.，转录因子rim101p通过直接抑制酿酒酵母中的调节基因nrg1和smp1控制离子耐受和细胞分化，《分子细胞生物学》，677-686（2003）
[20] Lee，T.I。；新泽西州里纳尔迪。；罗伯特·F。；Odom，D.T。；Bar-Joseph，Z。；Gerber，G.K.，《酿酒酵母的转录调控网络》，《科学》，2985594799-804（2002）
[21] Lee，W.-P。；Tzou，W.-S.，从表达数据中发现基因网络的计算方法，简要生物信息学，10408-423（2009）
[22] Lee，W.-P。；Yang，K.C.，《应用智能计算技术从表达数据建模生物网络》，Geno-Prot Bioinfo，6111-120（2008）
[23] Lee，W.-P。；Yang，K.-C.，一种基于聚类的方法，用于推断递归神经网络为基因调控网络，神经计算，71，600-610（2008）
[24] 刘丽珍。；Wu，F.-X。；张伟杰，利用可分离估计方法和遗传算法推断生物s系统，IEEE/ACM Trans-Comput Biol Bioinform（TCBB），9，955-965（2012）
[25] 吕贝克，E。；Long，C.，《超分辨率成像和组合标记的单细胞系统生物学》，Nat Methods，9743-750（2012）
[26] 米勒，C。；施瓦布，B。；Maier，K。；舒尔茨，D。；杜姆克，S。；Zacher，B.，动态转录组分析测量酵母中mrna合成和衰变的速率，Mol Syst Biol，7，1（2011）
[27] 米洛·R。；Shen-Orr，S。；伊兹科维茨，S。；北卡罗来纳州卡什坦。；Chklovskii，D。；阿隆，U。，《网络主题：复杂网络的简单构建块》，《科学》，2985594827（2002）
[28] 莫诺德，J。；Jacob，F.，《一般结论：细胞新陈代谢、生长和分化中的遥操作机制》，《冷泉Harb Symp-Quant Biol》，26，389-401（1961）
[29] Oltvai，Z.N。；Barabasi，A.-L.，《生命的复杂性金字塔》，《科学》，298763-764（2002）
[30] Ozbudak，E。；Thattai，M。；林，N。；Shraiman，B。；van Oudenaarden，A.，大肠杆菌乳糖利用网络的多重稳定性，《自然》，427737-740（2004）
[31] 潘，X。；Heitman，J.，Sok2通过调节细胞间粘附的转录因子级联调节酵母假菌丝分化，《分子细胞生物学》，2083648372（2000）
[32] Savageau，M.，《生物化学系统分析：分子生物学中的功能和设计研究》（1976），Addison-Wesley·Zbl 0398.92013号
[33] Stathopoulos，A。；Cyert，M.，Calcineurin通过crz1/tcn1编码的转录因子调节酵母中的基因表达，Genes Dev，11，3432-3444（1997）
[34] 斯温，M.T。；曼德尔，J.J。；Dubitzky，W.，三种常用连续确定性方法建模基因调控网络的比较研究，BMC Bioninform，11，459（2010）
[35] Tan，C。；玛格特，P。；You，L.，《生长调节正反馈电路的紧急双稳态》，《国家化学生物学》，第5、11、842-848页（2009年）
[36] 收件人：C.C。；Vohradsky，J.，《测量变异决定了从实验数据重建的基因网络拓扑：酵母细胞周期蛋白网络的案例研究》，FASEB J Res Commun，24，3468-3478（2010）
[37] 瓦乔娃。；德沃，F。；Kucerova，H。；Ricicova，M。；雅克·C·。；Palkova，Z.，Sok2p转录因子参与与酿酒酵母菌落长期存活相关的适应性程序，生物化学杂志，279373-7981（2004）
[38] 文丘拉，A.C。；江，P。；Van Wassenhove，L。；德尔·维奇奥，D。；南达科他州梅拉杰弗。；Ninfa，A.J.，共价修饰循环的信号传递特性被下游目标改变，国家科学院学报，107，22，10032-10037（2010）
[39] Vohradska，E。；Vohradsky，J.，《酵母细胞周期蛋白遗传网络的虚拟诱变揭示了转录控制网络的复杂动力学》，《公共科学图书馆·综合》，6，e18827（2011）
[40] Vohradsky，J.，基因表达的神经网络模型，FASEB J，15，846-854（2001）
[41] Vu，T.T。；Vohradsky，J.，Genexp-一种遗传网络模拟环境，生物信息应用注释，181400-1401（2002）
[42] Vu，T.T。；Vohradsky，J.，通过整合基因表达动力学模型和多源数据推断活性转录网络，基因组学，93，426-433（2009）
[43] Vu，T。；Vohradsky，J.，应用于酿酒酵母微阵列数据的转录调控量化的非线性微分方程模型，核酸研究，35，279-287（2007）
[44] Wang，Y。；Liu，C.L。；Storey，J.D。；Tibshirani，R.J。；Herschlag，D。；Brown，P.O.，《mrna衰变的精确性和功能特异性》，《国家科学院学报》，99，9，5860-5865（2002）
[45] Yoshimoto，H。；Saltsman，K。；Gasch，A。；李，H。；小川，N。；Botstein，D.，酿酒酵母中钙调神经磷酸酶/crz1p信号通路调节的基因表达的全基因组分析，生物化学杂志，27731079-31088（2002）
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