王秀英;Shan-Lin洪 用调整的（k）均值方法进行系统发生树选择。 （英语） Zbl 1514.62275号 J.应用。斯达。 39，第3期，643-655（2012）. 系统发育树的重建是进化研究中最重要和最有趣的问题之一。文献中提出了许多构建系统发育树的方法。每种方法都基于不同的标准和进化模型。然而，由不同方法构建的树的拓扑可能会有很大不同。拓扑误差可能是由于不合适的准则或进化模型造成的。由于有许多树的构造方法，我们感兴趣的是选择一个更好的树来适应真实的模型。在本研究中，我们提出了一种调整的k均值方法和一个错误分类评分标准来解决这个问题。仿真研究表明，该方法可以在潜在候选树中选择更好的树，为系统发育树的选择提供了一种有效的方法。 MSC公司： 62页第10页 统计学在生物学和医学中的应用；元分析 62H30型 分类和区分；聚类分析（统计方面） 92D10型 遗传学和表观遗传学 关键词：系统发育树;误分类错误;\（k）-表示;调整后的\（k\）-表示 软件：群集查找;MEGA4公司;MEGA公司 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{H.Wang}和\textit{S.-L.Hung}，J.Appl。Stat.39，No.3，643--655（2012；Zbl 1514.62275） 全文： 内政部 参考文献： [1] 安德伯格，M.R.1973。应用程序群集伦敦：学术出版社·Zbl 0299.62029号 [2] Cosman，P.C.、Gray，R.M.和Olshen，R.A.，1994年。矢量量化：聚类和分类树。J.应用。统计师, 21: 93-108. [3] J.P.Dumbacher、T.K.Pratt和R.C.Fleischer，猫头鹰的系统发育(鸟类：埃及蝇科)基于线粒体DNA序列，分子系统学。埃沃。29（2003），第540-549页 [4] Graur，D.和Li，W.H.，2000年。分子进化基础马萨诸塞州桑德兰：Sinauer Associates。 [5] 长谷川，M.，Iida，Y.，Yano，T.，Takaiwa，F.和岩步，M.1985。从核糖体RNA序列推断真核生物界之间的系统发育关系。J.摩尔进化, 22: 32-38. ·doi:10.1007/BF02105802 [6] Hasegawa，M.、Kishino，H.和Yano，T.1985年。线粒体DNA分子钟测定人类分裂的年代。J.摩尔进化，22:160-174·doi:10.1007/BF02101694 [7] Huang，Z.1998年。扩展了k-means算法，用于聚类具有分类值的大型数据集。数据挖掘知识发现, 2: 283-304. ·doi:10.1023/A:1009769707641 [8] Huh，M.H.和Lim，Y.B.，2009年。K-means聚类中的加权变量。J.应用。统计师, 36: 67-78. ·Zbl 1473.62221号 [9] Jain，A.K.和Dubes，R.C.1988年。数据聚类算法新泽西州：普伦蒂斯·霍尔·Zbl 0665.62061号 [10] Kaufman，L.和Rousseeuw，P.J.，1990年。在数据中查找组-聚类分析简介纽约：Wiley·Zbl 1345.62009号 ·doi:10.1002/9780470316801 [11] Kidd，K.K.和Sgaramella-Zonta，L.A.，1971年。系统发育分析：概念和方法。Am.J.Hum.基因, 23: 235-252. [12] Kumar，S.、Dudley，J.、Nei，M.和Tamura，K.，2008年。MEGA：一种以生物学家为中心的DNA和蛋白质序列进化分析软件。生物信息学简介, 9: 299-306. ·文件编号：10.1093/bib/bbn017 [13] Lipman，D.J.、Altschul，S.F.和Kececioglu，J.D.1989年。一种用于多序列比对的工具。程序。美国国家科学院。科学。美国, 86: 4412-4415. ·doi:10.1073/pnas.86.12.4412 [14] Loh，W.Y.，2009年。提高分类树的精度。附录申请。统计师。, 3: 1710-1737. ·Zbl 1184.62109号 ·doi:10.1214/09-AOAS260 [15] Macqueen，J.《多元观测分类和分析的一些方法》，载于《第五届伯克利数学统计与概率研讨会论文集》，编辑：Le Cam，L.M.和Neyman，J.Vol.1，pp.281-297。伯克利：加利福尼亚大学出版社，加利福尼亚大学统计实验室·Zbl 0214.46201号 [16] Ng M.K.、Li M.J.、Huang J.和He Z，关于k模式聚类算法中相异度测度的影响，IEEE传输。模式分析。机器智能。29（2007），第503-507页 [17] Saitou，N.和Nei，M.1987年。邻接法：一种重建系统发育树的新方法。分子生物学。埃沃, 4: 406-425. [18] Segal，M.R.和Tager，I.B.1993年。树木和追踪。统计师。医学, 12: 2153-2168. ·doi:10.1002/sim.4780122302 [19] Shannon，W.D.和Banks，D.1999。使用MLE组合分类树。统计师。医学, 18: 727-740. ·doi:10.1002/（SICI）1097-0258（19990330）18:6<727:：AID-SIM61>3.0.CO；2-2 [20] Stein，J.、Kalb，G.、Possinger，K.和Wernecke，K.-D.，2001年。分类树验证的扩展。生物医学J, 43: 107-116. ·Zbl 1002.62086号 ·doi:10.1002/1521-4036（200102）43:1<107:：AID-BIMJ107>3.0.CO；2伏 [21] Tamura，K.、Dudley，J.、Nei，M.和Kumar，S.，2007年。MEGA4：分子进化遗传学分析（MEGA）软件版本4.0。分子生物学。埃沃, 24: 1596-1599. ·doi:10.1093/molbev/msm092 [22] Tateno，Y.、Nei，M.和Tajima，F.1982年。分子数据中估计的系统发育树的准确性。一、远缘物种。J.摩尔进化, 18: 387-404. ·doi:10.1007/BF01840887 [23] Wang，H.2011年。核苷酸替代模型中替代数的置信区间。分子系统学。埃沃, 60: 472-479. ·doi:10.1016/j.ympev.2011.05.013 [24] Wang，H.，Tzeng，Y.H.和Li，W.H.，2008年。核苷酸替代的单参数和双参数模型的改进方差估计。J.理论。生物, 254: 164-167. ·兹比尔1400.92352 ·doi:10.1016/j.jtbi.2008.04.034 [25] Wernecke，K.-D.，Possinger，K.，Kalb，G.和Stein，J.1998年。正在验证分类树。生物医学杂志。, 40: 993-1005. ·Zbl 0942.62125号 ·doi:10.1002/（SICI）1521-4036（199812）40:8<993:：AID-BIMJ993>3.0.CO；2-T型 [26] Yang，Z.1994年。基于DNA序列的最大似然系统发育估计，在位点上具有可变速率：近似方法。JJ公司。摩尔进化, 39: 306-314. ·doi:10.1007/BF00160154 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配，可能包含数据转换错误。在某些情况下，zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献，而不要求完整或完全匹配。