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莎拉·希普斯（Sarah E.Heaps）。；汤姆·M·W·奈。；孩子们，理查德·J。；汤姆·A·威廉姆斯。；斯维特拉娜·切尔林；恩布利，T.马丁

统计系统发育学中跨位点的速率异质性的概括。 （英语） Zbl 07259255号

统计模型。 20，第4期，410-436（2020）.
概述：系统发育学利用分子序列数据的比对来了解与物种相关的进化树。沿着分支，序列演化是使用以瞬时速率矩阵为特征的连续时间马尔可夫过程建模的。早期的模型假设相同的速率矩阵控制排列所有位置的替换，忽略演化压力的变化。通过使用乘法随机效应来增强这些模型，从而显著改进了系统发育推断和模型拟合，这些模型描述了选择性约束的变化结果，并允许位点以不同的速率进化，从而线性缩放基线速率矩阵，我们考虑使用二次变换而不是线性变换进行扩展。所得到的模型除了考虑选择约束的变化外，还考虑了一个位点上不同类型点突变的选择系数的变化。
我们推导了扩展模型的性质。对于某些非平稳过程，扩展给出了一个允许跨站点和分类群的序列组成变化的模型。我们采用贝叶斯方法，描述了用于后验推理的MCMC算法，并提供了软件。我们的二次模型被应用于跨越生命树的路线，并与现场成因和线性模型进行了比较。

MSC公司：

62至XX 统计

关键词：

横向速率异质性；组成非均一性；乘法随机效应；系统发育学；选择性系数；生命之树

软件：

肌肉；贝叶斯DA；贝叶斯先生
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\textit{S.E.堆}等人，统计模型。20，第4号，410-436（2020；Zbl 07259255）
全文： 内政部 arXiv公司

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