×

监督和稀疏功能基因组通路的鉴定。 (英文) Zbl 1445.92185号

摘要:功能途径涉及一系列生物改变,可能导致包括癌症在内的许多疾病的发生。随着各种“组学”技术的出现,整合来自生物层次结构的信息以提供对疾病的更全面了解变得可行。在许多疾病中,人们认为只有少数网络(每个网络的规模相对较小)会导致疾病。我们在这项研究中的目标是开发方法来发现与表型相关的跨生物层的功能网络。我们推导了一个新的网络汇总矩阵(NSM),该矩阵突出了符合最小二乘回归关系的潜在路径。提出了一种基于不稳定性的网络摘要矩阵分解算法(DNSMI),该算法利用不稳定性正则化对NSM进行分解。将展示来自癌症基因组图谱(TCGA)程序的模拟和实际数据分析,以证明该算法的性能。

MSC公司:

92D10型 遗传学和表观遗传学
92立方厘米 系统生物学、网络
62页第10页 统计学在生物学和医学科学中的应用;元分析
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
全文: 内政部

参考文献:

[1] Badsha,M.B.和A.Q.Fu(2019):“利用孟德尔随机化原理学习因果生物网络”,Front。遗传学。,10, 460.
[2] Benjamini,Y.和Y.Hochberg(1995):“控制错误发现率:一种实用而有效的多重测试方法”,J.R.Stat.Soc.系列B Methodol。,57, 289-300. ·Zbl 0809.62014号
[3] Bonastre,E.,S.Verdura,I.Zondervan,F.Facchinetti,S.Lantuejoul,M.D.Chiara,J.P.Rodrigo,J.Carretero,E.避孕套,A.Vidal,D.Sidransky,A.Villanueva,L.Roz,E.Brambilla,S.Savola和M.Sanchez-Cespedes(2015):“肺鳞癌中PARD3失活会损害STAT3并促进恶性侵袭,”《癌症研究》,75, 1287-1297.
[4] Boronow,R.,C.Morrow,W.Creasman,P.Disaia,S.Silverberg,A.Miller和J.Blessing(1984):“子宫内膜癌的手术分期:前瞻性研究的临床病理结果。”。Gynecol公司。,63, 825-832.
[5] Chen,M.M.,T.A.O'Mara,D.J.Thompson,J.N.Painter,澳大利亚国家子宫内膜癌研究小组(ANECS),J.Attia,A.Black,L.Brinton,S.Chanock,C.Chen,T.H.Cheng,L.S.Cook,M.Crous-Bou,J.Doherty,C.M.Friedenreich,M.Garcia-Closas,M.M Gaudet,M.Gorman,C.Haiman,S.E.Hankinson,P.Hartge,B.E.Henderson,S。Hodgson,E.G.Holliday,P.L.Horn-Ross,D.J.Hunter,L.Le Marchand,X.Liang,J.Lissowska,J.Long,L.Lu,A.M.Magliocco,L.Martin,M.McEvoy,国家子宫内膜癌遗传学研究小组(NSECG),S.H.Olson,I.Orlow,L.Pooler,J.Prescott,R.Rastogi,T.R.Rebbeck,H.Risch Sacerdote,F.Schumacher,V.Wendy Setiawan,R.J。Scott,X.Sheng,X.O.Shu,C.Turman,D.Van Den Berg,Z.Wang,N.S.Weiss,N.Wentzensen,L.Xia,Y.B.Xiang,H.P.Yang,H.Yu,W.Zheng,P.D.Pharoah,A.M.Dunning,I.Tomlinson,D.F.Easton,P.Kraft,A.B.Spurdle和I.De Vivo(2016):“对16852名女性的GWAS荟萃分析确定了子宫内膜癌的新易感性位点,”嗯,摩尔基因。,25, 2612-2620.
[6] Cheng,T.H.,D.J.Thompson,T.A.O'Mara,J.N.Painter,D.M.Glubb,S.Flach,A.Lewis,J.D.French,L.Freeman-Mills,D.Church,M.Gorman,L.Martin,国家子宫内膜癌遗传学研究小组(NSECG),S.Hodgson,P.M.Webb,澳大利亚国家子宫内膜肿瘤研究小组(ANECS),J.Attia,E.G.Holliday,M.McEvoy,R.J。Scott,A.K.Henders,N.G.Martin,G.W.Montgomery,D.R.Nyholt,S.Ahmed,C.S.Healey,M.Shah,J.Dennis,P.A.Fasching,M.W.Beckmann,A.Hein,A.B.Ekici,P.Hall,K.Czene,H.Darabi,J.Li,T.Dörk,M.Dürst,P.Hillemanns,I.Runnebaum,F.Amant,S.Schrauwen,H.Zhao,D.Lambrechts,J.Depreuw,S.C.Dowdy,E.L.Goode,B.L。Fridley、S.J.Winham、T.S.Njølstad、H.B.Salvesen、J.Trovik、H.M.Werner、K.Ashton、G.Otton、T.Proietto、T.Liu、M.Mints、E.Tham、RENDOCAS、C.Consortium、M.Jun Li、S.H.Yip、J.Wang、M.K.Bolla、K.Michaelidou、Q.Wang、J.P.Tyrer、M.Dunlop、R.Houlston、C.Palles、J.L.Hopper、AOCS Group、J.Peto、A.J.Swerdlow、B.Burwinkel,H.Brenner、A.Meindl、H.Brauch、A.Lindblom、J.Chang-Claude、F.J.Couch、G.G.Giles、V.N.Kristensen、A.Cox、J.M.Cunningham、P.D.P.Pharoah、A.M.Dunning、S.L.Edwards、D.F.Easton、I.Tomlinson和A.B.Spurdle(2016):“通过全基因组关联分析确定的五个子宫内膜癌风险位点”,《自然遗传学》。,48, 667-674.
[7] Cochran,W.G.(1938):“多元线性回归中独立变量的省略或添加”,《皇家统计学会期刊》,第5期,第171-176页。
[8] Cohen,J.(1960):“名义规模的一致系数”,教育。精神病。测量。,20, 37-46.
[9] Colaprico,A.、T.C.Silva、C.Olsen、L.Garofano、C.Cava、D.Garolini、T.S.Sabedot、T.M.Malta、S.M.Pagnotta、I.Castiglioni、M.Ceccarelli、G.Bontempi和H.Noushmehr(2016):“TCGA生物链:TCGA数据综合分析的R/生物导体包”,《核酸研究》,44,e71。
[10] Davey Smith,G.和G.Hemani(2014):“孟德尔随机化:流行病学研究中因果推断的遗传锚定”,《人类分子遗传学》。,23,R89-R98。
[11] Du,P.,X.Zhang,C.-C.Huang,N.Jafari,W.A.Kibbe,L.Hou和S.M.Lin(2010):“通过微阵列分析量化甲基化水平的β值和M值方法的比较”,BMC Bioinf。,11, 587.
[12] Eckart,C.和G.Young(1936年):“一个矩阵与另一个低阶矩阵的近似”,《心理测量学》,1211-218。
[13] Feuerman,M.和A.R.Miller(2008):“一致性统计指标之间的关系:敏感性、特异性和kappa”,J.Eval。临床。实际。,14, 930-933.
[14] Gamazon,E.R.,H.E.Wheeler,K.P.Shah,S.V.Mozaffari,K.Aquino-Michaels,R.J.Carroll,A.E.Eyler,J.C.Denny,D.L.Nicolae,N.J.Cox和H.K.Im(2015):“使用参考转录组数据绘制性状的基于基因的关联方法”,《自然遗传学》。,47, 1091-1098.
[15] Goldstein,B.和I.G.Macara(2007):“PAR蛋白:动物细胞极化的基本因素”,《Dev.cell》,第13期,第609-622页。
[16] Gray,R.和K.Wheatley(1991):“在比较骨髓移植和化疗时如何避免偏见”,《骨髓移植》。,7, 9-12.
[17] Katan,M.(1986):“载脂蛋白e亚型、血清胆固醇与癌症”,《柳叶刀》,327507-508。
[18] Laprise,P.和U.Tepass(2011):“对果蝇上皮极性蛋白的新见解”,Trends Cell Biol。,21, 401-408.
[19] LíCao,K.-A.,D.Rossouw,C.Robert-Granié和P.Besse(2008):“整合经济学数据时变量选择的稀疏pls”,《统计应用》。遗传学。分子生物学。,7, 1-29. ·Zbl 1276.62061号
[20] Li,W.-M.,C.-N.Huang,H.-L.Ke,C.-C.Li,Y.-C.Wei,H.-C.Yeh,L.-L.Chang,C.-H.Huang.,P.-I.Liang,B.-W.Yeh、T.C.Chan,C.F.Li和W.J.Wu(2016):“MCM10过度表达意味着泌尿上皮癌的不良预后”,Oncotarget,777-7792。
[21] Liesa,M.、M.Palacín和A.Zorzano(2009):“哺乳动物健康和疾病中的线粒体动力学”,《生理学》。版次:89、799-845。
[22] Lin,G.,K.-K.Ng,C.-J.Chang,J.-J.Wang,K.-C.Ho,T.-C.Yen,T.-I.Wu,C.-C.Wang,Y.-R.Chen,Y.-T.Huang,S.H.Ng,S.M.Jung,T.C.Chang和C.H.Lai(2009):“子宫内膜癌的子宫肌层浸润:扩散加权3.0-T磁共振成像的诊断准确性-初步经验”,放射学,250,784-792。
[23] Liu,H.,K.Roeder和L.Wasserman(2010):“高维图形模型正则化选择(恒星)的稳定性方法。”In:J.D.Lafferty,C.K.I.Williams,J.Shawe Taylor,R.S.Zemel和A.Culotta,(编辑),《神经信息处理系统进展》23,Curran Associates,Inc.,第1432-1440页。
[24] Martin-Belmonte,F.和M.Perez-Moreno(2012):“上皮细胞极性、干细胞和癌症”,《国家癌症评论》,第12期,第23-38页。
[25] McGuire,S.(2016):《2014年世界癌症报告》。瑞士日内瓦:世界卫生组织,国际癌症研究机构,世卫组织出版社,2015年,“高级螺母。,7, 418-419.
[26] McHugh,M.L.(2012):“评分者间可靠性:kappa统计”,《生物化学》。医学22,276-282。
[27] Meinshausen,N.和P.Bühlmann(2010):“稳定性选择”,J.R.Stat.Soc.B系列Stat.Methodol。,72, 417-473. ·Zbl 1411.62142号
[28] Miecznikowski,J.C.,D.P.Gaile,X.Chen和D.L.Tritchler(2016):“一致功能遗传模块的鉴定”,Stat.Appl。遗传学。分子生物学。,15, 1-18. ·Zbl 1343.92017年
[29] Morgan,M.、V.Obenchain、J.Hester和H.Pagés(2017):“总结实验:总结实验容器”。R包版本1.8.1。
[30] Morgan,X.C.,B.Kabakhiev,L.Waldron,A.D.Tyler,T.L.Tickle,R.Milgrom,J.M.Stempak,D.Gevers,R.J.Xavier,M.S.Silverberg和C.Huttenhower(2015):“炎症性肠病患者盆腔袋中宿主基因表达、粘膜微生物组和临床结果之间的关联”,《基因组生物学》。,16, 1-15.
[31] Okamoto,J.,T.Hirata,Z.Chen,H.Zhou,I.Mikami,H.Li,A.Beltran,M.Johansson,L.Coussens,G.Clement,Y.Shi,F.Zhang,K.Koizumi,K.Shimizu,D.Jablons和B.He(2010):“EMX2是表观遗传沉默的,抑制人类肺癌的生长”,癌基因,29,5969-5975。
[32] O'Mara,T.A.,D.M.Glubb,F.Amant,D.Annibali,K.Ashton,J.Attia,P.L.Auer,M.W.Beckmann,A.Black,M.K.Bolla,H.Brauch,H.Brenner,L.Brinton,D.D.Buchanan,B.Burwinkel,J.Chang-Claude,S.Chanock,C.Chen,M.M.Chen,T.H.Cheng,C.L.Clarke,M.Clendenning,L.S.Cook,F.J.Couch,A.Cox,M.Crous-Bous,K.Czene,F。Day,J.Dennis,J.Depreeuw,J.A.Doherty,T.Dörk,S.C.Dowdy,M.Dürst,A.B.Ekici,P.A.Fasching,B.L.Fridley,C.M.Friedenreich,L.Fritschi,J.Fung,M.GarcíA-Closas,M.M.Gaudet,G.Giles,E.L.Goode,M.Gorman,C.A.Haiman,P.Hall,S.E.Hankison,C.S.Healey,A.Hein,P.Hillemanns,S.Hodgson,E.A.Hovik,E.G。Holliday,J.L.Hopper,D.J.Hunter,A.Jones,C.Krakstad,V.N.Kristensen,D.Lambrechts,L.L.Marchand,X.Liang,A.Lindblom,J.Lissowska,J.Long,L.Lu,A.M.Magliocco,L.Martin,M.McEvoy,A.Meindl,K.Michailidou,R.L.Milne,M.Mints,G.W.Montgomery,R.Nassir,H.Olsson,I.Orlow,G.Otton,C.Palles,J.R.B.Perry,J.Pet,L.Pooler、J.Prescott、T.Proietto、T.R.Rebbeck、H.A.Risch、P.A.W.Rogers、M.Rübner、I.Runnebaum、C.Sacerdote、G.E.Sarto、F.Schumacher、Scott RJ、V.W.Setiawan、M.Shah、X.Sheng、X.O.Shu、M.C.Southey、A.Swerdlow、E.Tham、J.Trovik、C.Turman、J.P.Tyrer、C.Vachon、D.VanDen Berg、A.Vanderstichele、Z.Wang、P.M.Webb、,N.Wentzensen、H.M.J.Werner、S.J.Winham、A.Wolk、L.Xia、Y.B.Xiang、H.P.Yang、H.Yu、W.Zheng、P.D.P.Pharoah、A.M.Dunning、P.Kraft、I.De Vivo、I.Tomlinson、D.F.Easton、A.B.Spurdle和D.J.Thompson(2018):“子宫内膜癌九个新易感基因座的识别”,《国家通讯》。,9, 3166.
[33] O'Mara,T.A.、D.M.Glubb、P.F.Kho、D.J.Thompson和A.B.Spurdle(2019):“子宫内膜癌的基因组关联研究:最新进展和未来方向”,《癌症流行病学》。生物标记Prev。,28, 1095-1102.
[34] Parkhomenko,E.、D.Tritchler和J.Beyene(2009):“稀疏典型相关分析在基因组数据整合中的应用”,《统计应用》。遗传学。分子生物学。,8, 1-34. ·Zbl 1276.92071号
[35] Politis,D.N.、J.P.Romano和M.Wolf(1999):纽约:次级抽样,Springer科学与商业媒体·Zbl 0931.62035号
[36] Qiu,H.,Q.Yan,X.Luo,H.Zhang,W.Bao和X.Wan(2013):“EMX2在子宫内膜癌中下调,并与肿瘤进展相关,”Int.J.Gynecol。病理学。,32, 193-198.
[37] SEER:统计事实:子宫内膜癌,在线获取:http://seer.cancer.gov/statfacts/html/corp.html。
[38] Steck,P.A.,M.A.Pershouse,S.A.Jasser,W.A.Yung,H.Lin,A.H.Ligon,L.A.Langford,M.L.Baumgard,T.Hattier,T.Davis,C.Frye,R.Hu,B.Swedlund,D.H.Teng和S.V.Tavtigian(1997):“染色体10q23处候选肿瘤抑制基因MMAC1的鉴定。3在多种晚期癌症中发生突变,“Nat.Genet。,15, 356-362.
[39] Sun,H.,T.Enomoto,M.Fujita,H.Wada,K.Yoshino,K.Ozaki,T.Nakamura和Y.Murata(2001):“子宫内膜癌和增生中PTEN基因的突变分析”,美国临床杂志。病理学。,115, 32-38.
[40] Surget,S.,M.P.Khoury和J.-C.Bourdon(2014):“揭示p53剪接变异体在人类恶性肿瘤中的作用:临床视角”,《肿瘤靶点治疗》。,7, 57-68.
[41] Waaijenborg,S.、P.C.Verselewel de Witt Hamer和A.H.Zwinderman(2008):“通过惩罚典型相关分析量化基因表达和dna标记之间的关联”,《统计应用》。遗传学。分子生物学。,7, 1-29. ·Zbl 1276.92077号
[42] Weinstein,J.N.,E.A.Collisson,G.B.Mills,K.R.M.Shaw,B.A.Ozenberger,K.Ellrott,I.Shmulevich,C.Sander,J.M.Stuart,癌症基因组图谱研究网络(2013):“癌症基因组图谱泛癌分析项目”,《国家遗传学》。,45, 1113-1120.
[43] Wermuth,N.(1992):“关于块递归线性回归方程”,Braz。J.概率。《法律总汇》第6卷第1-32页·Zbl 0777.62071号
[44] Witten,D.M.和R.J.Tibshirani(2009):“稀疏典型相关分析的扩展及其在基因组数据中的应用”,Stat.Appl。遗传学。分子生物学。,8, 1-27. ·Zbl 1276.62099号
[45] Witten,D.M.、R.Tibshirani和T.Hastie(2009):“惩罚矩阵分解,应用于稀疏主成分和典型相关分析”,《生物统计学》,第10期,第515-534页·Zbl 1437.62658号
[46] Xu,W.,H.Zhu,M.Gu,Q.Luo,J.Ding,Y.Yao,F.Chen和Z.Wang(2013):“DHTKD1对线粒体生物发生和功能维持至关重要,”FEBS Lett。,587, 3587-3592.
[47] Zen,K.,K.Yasui,Y.Gen,O.Dohi,N.Wakabayashi,S.Mitsufuji,Y.Itoh,Y.Zen,Y.Nakanuma,M.Taniwaki,T.Okanoue和T.Yoshikawa(2009):“极性蛋白PAR-3基因(PARD3)在食管鳞癌中的缺陷表达”,癌基因,28,2910-2918。
[48] Zuber,V.、J.M.Colijn、C.Klaver和S.Burgess(2020年):“使用多变量孟德尔随机化从高通量实验中选择可能的因果风险因素”,《国家通讯》。,11, 1-11.
此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配,可能包含数据转换错误。在某些情况下,zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献,而不要求完整或完全匹配。