吉列尔莫·巴图伦;JoséL·奥利弗。;迈克尔·哈肯伯格 NGS亚硫酸氢盐协议甲基化分析中的错误纠正。 （英语） Zbl 1460.92154号 Elloumi，Mourad（编辑），《下一代测序数据的算法》。技术、方法和应用。查姆：斯普林格。167-183（2017年）。 概述：全基因组亚硫酸氢盐测序（WGBS）已成为DNA甲基化研究的主要技术，因为它在速度、特异性和解决非CpG上下文甲基化或半甲基化等新的生物学意义方面具有巨大潜力。然而，尽管改进意味着WGBS的出现，但处理和分析结果数据集并不像其他甲基化分析那样简单，应特别注意获得可靠的结果。据我们所知，目前尚不存在对甲基化水平测量偏差的误差源以及为处理该偏差而提出的不同算法的广泛综述。因此，在本章中，将对所有已知的WGBS误差源进行广泛审查和批判性评估，以便提出一些最佳实践，以处理WGBS分析中的所有偏差源。关于整个系列，请参见[Zbl 1383.68005号]. MSC公司： 92D20型 蛋白质序列，DNA序列 关键词：全基因组亚硫酸氢盐测序（WGBS）;甲基化水平;甲基化背景;原始甲基化状态;亚硫酸氢盐转化法 软件：蝴蝶结2;Trimmomatic公司;Cutadapt公司;FASTX公司;BSMAP公司;B平滑;甲基编码器;俾斯麦;VarScan公司;Samtools公司;BS搜索器;mrsFAST（快速）;快速质量控制;关贸总公司 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit｛G.Barturen｝等人，在：下一代测序数据的算法中。技术、方法和应用。查姆：斯普林格。167-183（2017；Zbl 1460.92154） 全文： 内政部 参考文献： [1] Bonasio，R.，Tu，S.，Reinberg，D.：表观遗传状态的分子信号。《科学》330（6004），612-616（2010）·doi:10.1126/科学.1191078 [2] Lister，R.，Ecker，J.R.：寻找第五个碱基：胞嘧啶甲基化的全基因组测序。基因组研究19（6），959-966（2009）·doi:10.1101/gr.083451.108 [3] Jones，P.A.：DNA甲基化的功能：岛屿、起始位点、基因体及其他。Genet国家牧师。13(7), 484-492 (2012) ·doi:10.1038/nrg3230文件 [4] Hotchkiss，R.D.：用纸色谱法定量分离嘌呤、嘧啶和核苷。生物学杂志。化学。175(1), 315-332 (1948) [5] 里格斯，A.D.：X失活、分化和DNA甲基化。细胞遗传学。细胞遗传学。14(1), 9-25 (1975) ·doi:10.1159/000130315 [6] Holliday，R.，Pugh，J.E.：发育过程中的DNA修饰机制和基因活性。《科学》187（4173），226-232（1975）·doi:10.1126/science.111098 [7] Laird，P.W.：全基因组DNA甲基化分析的原则和挑战。Genet国家牧师。11(3), 191-203 (2010) ·doi:10.1038/nrg2732 [8] 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