刘，P。;R.波利舒克。;Diao，Y。;J.Arsuaga。 使用随机打结来表征动顶体DNA的拓扑结构。 （英语） Zbl 1446.57007号 Flapan，Erica（编辑）等人，《生物聚合物的拓扑和几何》。2018年4月21日至22日，美国马萨诸塞州波士顿东北大学，AMS生物聚合物拓扑结构特别会议。普罗维登斯，RI：美国数学学会（AMS）。康斯坦普。数学。746，17-39（2020年）。 本文回顾了一些作者在一些出版物中获得的结果，例如：[J.阿苏阿加等，J.Stat.Phys。146，第2期，第434–445页（2012年；Zbl 1235.82103号)；计算。数学。生物物理学。第2期，第1期，98–106页（2014年；Zbl 1412.92235号)]，或[Y.Diao（音）等，J.Phys。A、 数学。西奥。48，第43号，文章ID 435202，13 p.（2015；Zbl 1350.92038号)]. 作者描述了一个称为小圆的简单小闭环网络随机连接的一般框架。该框架用于深入了解动顶体DNA（kDNA），即锥虫DNA的线粒体。kDNA由数千个被称为小圆环的小环状DNA分子组成，这些分子高度浓缩，并在拓扑上连接在一起，形成中世纪的链状结构。作者利用逾渗理论研究了小圆环网络的拓扑和几何性质（如小圆环的密度和允许形状的变化）与发生链接以形成链接的小圆环大簇的概率之间的关系。本文描述了实验生物证据，并在kDNA生物学背景下解释了模拟结果。关于整个系列，请参见[Zbl 1435.57001号].审核人：克劳斯·恩斯特（保龄球格林） MSC公司： 57 K10 结理论 57Z10号 流形和细胞复合体与生物学的关系 92B99型 一般数学生物学 关键词：动粒DNA;DNA小圆圈;高斯连接数;连接概率;渗流理论 引文：Zbl 1235.82103号;Zbl 1412.92235号;Zbl 1350.92038号 软件：KnotPlot打结器 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{P.Liu}等人，康特姆。数学。746，17-39（2020；Zbl 1446.57007） 全文： 内政部 参考文献： [1] Abu-Elneel K、Kapeller I和Sholomai J 1999，J.Biol。化学274 13419-26。 [2] Arsuaga J，Diao Y和Hinson K 2012，《统计物理学杂志》，146（2），434-45·Zbl 1235.82103号 [3] Arsuaga J、Diao Y、Klingbeil M和Rodriguez V，2014，分子生物学2（1）98-106·Zbl 1412.92235号 [4] Arsuaga J、Tan RK、Vazquez M、Sumners DW和Harvey S，2002年，《生物物理学》。化学。101 475-84. [5] Avrahami D、Tzfati Y和Shlomai J 1995，Proc。国家。阿卡德。科学。美国9210511-5。 [6] Bates AD，Maxwell A.DNA拓扑学（牛津生物科学）。DNA。2005;1500:23946. [7] P.Borst，为什么是动粒体DNA网络？遗传学趋势7，139-41（1991）。 [8] Chen J、Rauch CA、White JH、Englund PT和Cozzarelli NR 1995，Cell 80（1）61-9。 [9] Chen J，Englund PT和Cozzarelli NR 1995，EMBO J 14（24）6339-47。 [10] Delain E和Riou G 1969，C.R.学院。科学。序列号。D 268 1225-7。 [11] Delain E和Pauletti C 1967，《分子生物学杂志》28（2）377-82。 [12] Diao Y、Arsuaga J和Hinson K，2012年，J.Phys。A： 数学。关于45 035004·Zbl 1234.92022号 [13] Diao Y、Hinson K、Kaplan R、Vazquez M和Arsuaga J 2011，《数学生物学杂志》64（6）1087-108·Zbl 1311.92145号 [14] Diao Y、Hinson K、Sun Y和Arsuaga J 2015，J.Phys。A： 数学。西奥。48 435202. ·兹比尔1350.92038 [15] Diao Y、Rodriguez V、Klingbeil M和Arsuaga J 2015，《公共科学图书馆·综合》10（6）e0130998。 [16] Diao Y和Rensburg Janse Van 1998，《聚合物科学中的拓扑和几何》（eds Whittington S G et al），数学及其应用IMA卷103 79-88·Zbl 0932.57011号 [17] Englund PT 1978，牢房14（1）157-68。 [18] Ferguson MF等人，1992年，Cell 70 621-9。 [19] 胡戈林格，2012年微生物学年鉴。；第66:65-82页。 [20] Hines JC和Ray DS 1998，《分子生物化学寄生虫94 41-52》。 [21] Hoeijmakers J和Weijers P 1980，质粒4 97-116。 [22] Ibrahim L、Liu P、Diao Y、Klingbeil M和Arsuaga J 2018 J.Phys A 52 034001。 [23] Jensen，R.E，Simpson，L，Englund P.T.2008年寄生虫趋势。24(10) 428-431. [24] Kesten H 1982，数学家的渗流理论，Birkhauser·兹伯利0522.60097 [25] Klenin KV等人，1988年，《生物分子杂志》。结构。动态。5 1173-85. [26] Klenin KV和Langowski J 2000，《生物聚合物》54（5）307-17。 [27] Liu B等人，2005年，寄生虫趋势21（8）363-9。 [28] Lukes J等人，2002，真核细胞1（4）495-502。 [29] Marini JC、Levene SD、Crothers DM和Englund PT 1983，冷泉港。交响乐团。数量。生物学47（1）279-83。 [30] Meyer H、Oliveira M和Andrade M 1958，寄生虫学48 1-8。 [31] Michieletto D，Marenduzzo D，Orlandini E.2015物理生物学12（3）：036001。 [32] Perez-Morga D和Englund PT 1993，J.Cell。生物。123 1069-79。 [33] Porter K和Blum J，1953年，阿纳特。记录117 685-92。 [34] 劳赫CA、佩雷兹·莫尔加D、科扎雷利NR和英格兰PT 1993，EMBO J.12 403-11。 [35] Ricca R和Nipoti B 2011，J.Knot。西奥。拉米。20 1325-43. ·Zbl 1230.57009号 [36] Rodriguez V、Diao Y和Arsuaga J 2013，《物理杂志：会议系列》454 01207。 [37] Rybenkov VV、Cozzarelli NR和Vologodskii AV 1993，美国国家科学院院刊90 5307-11。 [38] Savill JS和Higgs PG 1999，《皇家学会学报B》226 1419。 [39] Scharein R，KnotPlot（软件），https://knotplot.com/. [40] Shapiro TA和Englund PT，1995年，Annu。微生物评论。49, 117-43. [41] Shlomai J 2004，当前。《分子医学》4（6）623-47。 [42] Stauffer D和Aharony A 1994，《渗流理论导论》，CRC出版社，纽约·Zbl 0862.60092号 [43] Steinert G，Firket H和Steinert M，1958年，实验细胞。第15号决议632-5。 [44] Varela R、Hinson K、Arsuaga J和Diao Y，2009，J.Phys A:数学Gen 42（9）095204·Zbl 1158.92019年9月 [45] Vologodskii A 2006，RNA和DNA的计算研究，Springer，579-604。 [46] Vologodskii A 2006，RNA和DNA的计算研究，Springer，579-604。 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配，可能包含数据转换错误。在某些情况下，zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献，而不要求完整或完全匹配。