×
桑贾·达玛瓦拉姆;路易吉·佩罗蒂（Luigi E.Perotti）。

变形介质上相互作用粒子的拉格朗日公式。 （英语） Zbl 1442.74131号

计算。方法应用。机械。工程师。 364，文章ID 112949，17 p.（2020）.
小结：软物质和膜生物物理中的许多问题，例如发现细胞膜上蛋白质簇的平衡构型，未成熟HIV衣壳中Gag多蛋白的高度缺陷结构，而古细菌病毒不寻常的类流体状态可以理解为在可变形表面上相互作用的粒子系统（通常代表蛋白质或蛋白质顶体）。粒子和它们被约束的底层弹性介质之间的耦合相互作用带来了重大的计算挑战。现有方法通常使用昂贵的约束将粒子固定到表面，或人为限制粒子运动，从而产生虚假的平衡状态。在这项工作中，提出了一种在参考配置中参数化粒子位置的新方法。此回拉操作允许粒子在曲面上自由移动，而无需附加约束。此外，在离散设置中描述粒子位置所需的映射，例如在有限元网格中，可以在参考未变形配置上以降低的计算成本完成。将该方法应用于一维和二维流形上运动的粒子，与导出的解析解和半解析解进行比较，研究其收敛特性和误差。最后，将新方法应用于可变形壳上相互作用点粒子堆积的广义Tammes问题。

引用于三文件

MSC公司：

74升15 生物力学固体力学
70小时03 拉格朗日方程

关键词：

相互作用粒子;可变形曲面;广义tammes问题;弯曲基底上的胶体;混合组分模型

软件：

L-BFGS公司;数学软件;L-BFGS-B型;LBFGS-B型
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{S.Dharmavaram}和\textit{L.E.Perotti}，计算。方法应用。机械。Eng.364，文章ID 112949，第17页（2020；兹bl 1442.74131）
全文： 内政部

参考文献：

[1] Manoharan，V.N.，《胶体物质：包装、几何和熵》，《科学》，349，第1253751页，（2015）·Zbl 1355.82031号
[2] W.J.里奇韦。；Cheviakov，A.F.，《寻找单位球面上粒子局部和全局最优排列的迭代程序》，计算。物理学。通信，23384-109（2018）·Zbl 07694815号
[3] 岛田，K。；山田，A。；Itoh，T.，通过椭球的紧密堆积实现参数曲面的各向异性三角剖分，国际。J.计算。地理。申请。，10417-440（2000年）·Zbl 1074.65513号
[4] 卢克，A。；Reguera，D。；莫罗佐夫，A。；Rudnick，J。；Bruinsma，R.，《壳体组装物理：线张力、孔内爆和闭合突变》，J.Chem。物理。，136，第184507条pp.（2012）
[5] 布鲁因斯马，R.F。；Gelbart，W.M。；Reguera，D。；Rudnick，J。；Zandi，R.，《作为热力学过程的病毒自组装》，Phys。修订稿。，90，第248101条pp.（2003）
[6] 辛格，A.R。；佩罗蒂，L.E。；布鲁因斯马，R.F。；Rudnick，J。；Klug，W.S.，通过屈曲消除蛋白质外壳的基态不稳定性，Soft Matter，13，8300-8308（2017）
[7] 佩罗蒂，L。；Dharmavaram，S。；Klug，W。；Marian，J。；Rudnick，J。；Bruinsma，R.，《有用的疤痕：古病毒衣壳的物理》，《物理学》。E版，94，第012404条，pp.（2016）
[8] 菲利波夫，埃及。；Wolff，J.O。；Seiter先生。；Gorb，S.N.，超疏水蛛形纲金属保护层结构胶体自组装的数值模拟，J.Theoret。生物学，430，1-8（2017）
[9] Szeliski，R。；Tonnesen，D.，面向粒子系统的表面建模，第19届计算机图形和交互技术年会论文集，185-194（1992）
[10] Elliott，C.M。；Gräser，C。；霍布斯，G。；Kornhuber，R。；Wolf，M.-W.，《脂质膜中颗粒的变化方法》，Arch。定额。机械。分析。，222, 1011-1075 (2016) ·Zbl 1362.35311号
[11] Tammes，P.M.L.，《关于花粉粒表面退出位置的数量和排列的起源》，Recl。Trav公司。博特·内尔兰迪斯（Bot.Néerlandais），第27页，第1-84页（1930年）
[12] Bucalem，M.L。；Bathe，K.-J.，高阶MITC通用壳元，国际。J.数字。方法工程，36，3729-3754（1993）·Zbl 0800.73466号
[13] Cirak，F。；奥尔蒂斯，M。；Schröder，P.，《细分曲面：薄壳有限元分析的新范式》，国际。J.数字。方法工程，472039-272（2000）·Zbl 0983.74063号
[14] Bathe，K.-J.，《有限元程序》（2006），Klaus-Jurgen Bathe
[15] Scott，R.，奇异数据的有限元收敛，数值。数学。，21, 317-327 (1973) ·Zbl 0255.65037号
[16] 斯特朗，G。；Fix，G.J.，《有限元法分析》，第212卷（1973年），新泽西州普伦蒂塞赫尔·恩格伍德悬崖·兹伯利0278.65116
[17] 我国广东省。；Battaglia，G.，《纳米级的细胞内吞》，《化学》。Soc.Rev.，41，2718-2739（2012）
[18] 游离，E.O.，HIV-1组装，释放和成熟，《自然微生物评论》。，13, 484 (2015)
[19] Helfrich，W.，《脂质双层的弹性特性：理论和可能的实验》，Z.Nat.forsch。C、 28693-703（1973）
[20] 希利·T·J。；Dharmavaram，S.，脂质双层囊泡表面连续相场模型中的对称破缺全局分岔，SIAM J.Math。分析。，49, 1027-1059 (2017) ·Zbl 1391.35148号
[21] 朱，C。；伯德·R·H。；卢，P。；Nocedal，J.，《算法778:L-BFGS-B:大规模有界约束优化的Fortran子程序》，ACM Trans。数学。软件，23，550-560（1997）·Zbl 0912.65057号
[22] 汤姆森，J.J.，二十四。关于原子结构：围绕圆周等间距排列的若干微粒的稳定性和振荡周期的研究；将结果应用于原子结构理论，Lond。爱丁堡。都柏林菲洛斯。科学杂志。，7, 237-265 (1904) ·JFM 35.0790.01号
[23] 穆辛，O.R。；Tarasov，A.S.，《Tammes问题（N=14）》，实验。数学。，24, 460-468 (2015) ·Zbl 1327.52042号
[24] Erber，T。；Hockney，G.，球体上N个等电荷的平衡构型，J.Phys。A： 数学。将军，24岁，L1369（1991年）
[25] 库斯纳，R。；库斯纳，W。；Lagarias，J.C。；Shlosman，S.，《等球与给定球接触的构型空间：十二球问题》（直觉几何新趋势（2018），Springer），219-277·Zbl 1442.52015年
[26] 威尔士，D.J。；Doye，J.P.，《通过碱基跳跃和含有多达110个原子的Lennard-Jones团簇的最低能量结构进行全局优化》，J.Phys。化学。A、 1015111-5116（1997）
[27] Hanusse，P。；Blanché，A.，《大型反应扩散系统的蒙特卡罗方法》，J.Chem。物理。，74, 6148-6153 (1981)
[28] Jenkins，J.，模型红细胞的静态平衡配置，J.Math。生物学，4149-169（1977）·Zbl 0356.92010号
[29] Wolfram Research Inc.，J.，Mathematica（2019年）
此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配，可能包含数据转换错误。在某些情况下，zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献，而不要求完整或完全匹配。