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乔瓦娜·乔纳·拉西尼奥;马里奥·桑托罗;吉安卢卡·马斯特兰托尼奥

CircSpaceTime：循环数据的空间和时空建模的R包。 （英语） Zbl 07194341号

J.统计计算。模拟 90，第7期，1315-1345（2020）.
摘要：CircSpaceTime是目前唯一可用的R包，它实现了循环数据的空间和时空插值的贝叶斯模型。这些数据经常出现在涉及风向、动物运动方向和波浪方向的应用中。为了分析这些数据，我们需要位置（mathbf{s}）和时间（t）观测的模型，即所谓的地质统计模型，提供假定在距离和时间上衰减的结构相关性。我们采用的方法从定义线性变量在空间和时间上的高斯过程开始。然后，我们使用包装或投影来获取循环数据的过程。模型被转换为层次结构，在贝叶斯框架内进行拟合和推理。总之，这个包实现了由Jona Lasinio、Mastrantonio、Wang和Gelfand的一系列论文开发的工作。所有程序均使用Rcpp编写。估计值由MCMC获得，允许并行多条链运行。在研究论文中采用的简单例程的基础上，所提出的模型的实现得到了显著改进。作为最初的运行示例，对于空间和时空设置，我们使用意大利中部的风向数据集。

引用于三文件

MSC公司：

62-07 数据分析（统计）（MSC2010）
2015年1月62日 贝叶斯推断
62H11型 定向数据；空间统计学
62页第12页 统计在环境和相关主题中的应用

关键词：

循环数据;空间模型;时空模型;软件开发;卢比

软件：

AMCMC公司;卢比;对;RcppArmadillo公司;CircNNTSR公司;foreach公司;RcppEigen基因;定向;圆形调整器;spBayes公司;圆形的;包裹;rWind（风）;业务流程图;循环空间时间;圆离群;等容线;循环统计;do并行
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\textit｛G.J.Lasinio｝等人，J.Stat.Comput。模拟90，No.7，1315--1345（2020；Zbl 07194341）
全文： 内政部 arXiv公司

参考文献：

[1] Ley C，Verdebout T。现代方向统计。伦敦：查普曼和霍尔/CRC；2017.【Crossref】，【谷歌学者】·Zbl 1448.62005号
[2] Ley C，Verdebout T，编辑。应用方向统计：现代方法和案例研究。伦敦：查普曼和霍尔/CRC；2019.[谷歌学者]·兹比尔1397.62004
[3] Jammalamadaka SR，SenGupta A.循环统计主题。新加坡：世界科学；2001.【Crossref】，【谷歌学者】·Zbl 1006.62050号
[4] Mardia KV。方向数据统计。伦敦和纽约：学术出版社；1972年【谷歌学者】·Zbl 0244.62005号
[5] Mardia KV，Jupp PE。方向统计。奇切斯特：约翰·威利和儿子；1999.【Crossref】，【谷歌学者】·Zbl 0935.62065号
[6] Coles S.循环分布和过程的推断。统计计算。1998;8(2):105-113. doi:10.1023/A:1008930032595[Crossref]，[Web of Science®]，[Google学者]
[7] Banerjee S、Gelfand AE、Carlin BP。空间数据的分层建模和分析。第二版，纽约：查普曼和霍尔/CRC；2014年。[Crosref]，[谷歌学者]·Zbl 1358.62009号
[8] Mastrantonio G，Gelfand AE，Jona Lasinio G。分析时空数据的包裹斜高斯过程。斯托克环境研究风险评估。2016;30(8):2231-2242. doi:10.1007/s00477-015-1163-9[Crossref]，[Web of Science®]，[Google学者]
[9] Wang F，Gelfand AE.使用投影高斯过程建模空间和时空方向数据。2014年美国统计学会杂志；109(508):1565-1580. doi:10.1080/01621459.2014.934454[Taylor&Francis Online]，[Web of Science®]，[Google学者]·Zbl 1368.62304号
[10] Jona Lasinio G，Gelfand AE，Jona Lasnio M.使用包裹高斯过程对波向数据进行空间分析。Ann Appl Stat.2012年版；6(4):1478-1498. doi:10.1214/12-AOAS576[Crossref]，[Web of Science®]，[Google学者]·Zbl 1257.62094号
[11] Mastrantonio G，Jona Lasinio G，Gelfand AE.具有不可分离协方差结构的时空循环模型。测试。2016;25:331-350. doi:10.1007/s11749-015-0458-y[Crossref]，[Web of Science®]，[Google学者]·Zbl 1402.62102号
[12] 王凤，盖尔芬德AE.一般投影正态分布下的定向数据分析。统计方法。2013;10(1):113-127. doi:10.1016/j.stamet.12.07.005[Crosref]，[PubMed]，[谷歌学者]·Zbl 1365.62195号
[13] Andrieu C，Thoms J.自适应MCMC教程。统计计算。2008;18:343-373. doi:10.1007/s1122-008-9110-y[Crossref]，[Web of Science®]，[Google学者]
[14] Agostinelli C，Lund U.R包循环：循环统计（版本0.4-93）。CA：意大利威尼斯CA’Foscari大学环境科学、信息学和统计系。UL：美国加利福尼亚州圣路易斯·奥比斯波加利福尼亚理工大学统计系；2017年。可从以下网址获得：https://r-forge.r-project.org/projects/circular/。[谷歌学者]
[15] Lund U，Agostinelli C.CircStats:循环统计，摘自“循环统计主题”（2001）。R包版本0.2-6；2018年。发布时间：https://CRAN.R-project.org/package=CircStats。[谷歌学者]
[16] Nadarajah S，Zhang Y.Wrapped：计算Pdf、Cdf、分位数和随机数，并提供任何单变量包裹分布的估计。R包2.0版；2017年。可从以下地点购买：https://CRAN.R-project.org/package=Wrapped。[谷歌学者]
[17] Oliveira M、Crujeiras RM、Rodríguez-Casal A.CircSiZer：循环数据的探索工具。2014年环境经济统计；21(1):143-159. doi:10.1007/s10651-013-0249-0[Crossref]，[Web of Science®]，[Google学者]
[18] Pewsey A，Neuhäuser M，Ruxton GD.牛津大学出版社；2013.[谷歌学者]·Zbl 1282.62137号
[19] Barragán S，Fernández MA，Rueda C，et al.isocir：使用循环数据的等渗回归进行约束推断的R包，及其在细胞生物学中的应用。J统计软件。2013;54（4）:1-17。doi:10.18637/jss.v054.i04[Crossref]，[Web of Science®]，[Google学者]
[20] Fernández MA，Rueda C，Peddada SD。鉴定一组核心的标志性细胞周期基因，其相对表达时间顺序在物种间保持不变。核酸研究2011；40(7):2823-2832. doi:10.1093/nar/gkr1077[Crossref]，[PubMed]，[Web of Science®]，[Google学者]
[21] Rueda C，Fernández MA，Peddada SD。圆形上受顺序限制的参数估计及其在细胞周期基因相位角估计中的应用。2009年美国统计学会杂志；104(485):338-347. doi:10.1198/jasa.2009.0120[Taylor&Francis Online]，[Web of Science®]，[Google学者]·兹比尔1388.62047
[22] 马什哈德马吉德·萨尔马德·费尔多西大学Ghazanfarihesari A。CircOutlier：检测循环循环回归中的异常值。R包版本3.2.3；2016年。有效期至：https://CRAN.R-project.org/package=CircOutlier。[谷歌学者]
[23] Abuzaid AH，Hussin AG，Mohamed IB。使用平均循环误差统计检测简单循环回归模型中的异常值。J统计计算模拟。2013;83(2):269-277. 可从以下位置获得：https://doi.org/101080/00949655.2011.602679。[Taylor&Francis Online]、[Web of Science®]、[Google学者]·Zbl 1349.62180号 ·网址：10.1080/00949655.2011.602679
[24] Tsagris MT、Athineou G、Sajib A等。定向：定向统计。R包版本3.3；2018年。发布时间：https://CRAN.R-project.org/package=定向。[谷歌学者]
[25] Schnute JT，Groot K。动物定位数据的统计分析。阿尼姆·贝哈夫（Anim Behav）。1992年；43（1）：15-33。doi:10.1016/S0003-3472（05）80068-5[Crossref]，[Web of Science®]，[Google学者]
[26] Zimmermann J，Wright AGC。超越人际建构验证的描述：迂回结构总结方法的方法学进展。评估。2017年；24(1):3-23. PMID:26685192。doi:10.1177/107319115621795[Crossref]，[PubMed]，[Web of Science®]，[Google学者]
[27] Cremers J.bpnreg：循环数据的贝叶斯预测正态回归模型。R包版本1.0.0；2018年。发布时间：https://CRAN.R-project.org/package=bpnreg。[谷歌学者]
[28] Nuñez-Antonio G，Gutiérrez-Peña E.基于投影正态分布的纵向圆形数据贝叶斯模型。计算统计数据分析。2014;71（C）：506-519。doi:10.1016/j.csda.2012.07.025[交叉引用]，[谷歌学者]·Zbl 1471.62153号
[29] Cremers J，Mulder KT，Klugkist I.回归系数的循环解释。英国数学统计学家J Psych.2017；71:5-95. [Web of Science®]，[Google学者]·Zbl 1460.62104号
[30] Mulder K，Klugkist I.循环广义线性模型的贝叶斯估计和假设检验。数学心理学杂志。2017年；第80:4-14页。doi:10.1016/j.jmp.2017.07.001[Crossref]，[Web of Science®]，[Google学者]·Zbl 1397.62493号
[31] Fernández-Duran JJ，Gregorio-Domínguez MM.CircNNTSR：使用非负三角和对圆形、多元圆形和球形数据进行统计分析的R包。J统计软件。2016;70(6):1-19. doi:10.18637/jss.v070.i06[Crossref]，[Web of Science®]，[Google学者]
[32] Berens P.CircStat：循环统计的matlab工具箱。J统计软件。2009;31(10). 可从以下位置获得：http://www.jstatsoft.org/v31/i10。doi:10.18637/jss.v031.i10[Crossref]，[Web of Science®]，[Google学者]
[33] Coles S，Casson E.飓风风速的极值建模。结构安全。1998;20(3):283-296. doi:10.1016/S0167-4730（98）00015-0[Crossref]，[Web of Science®]，[Google学者]
[34] Gelfand A，Diggle P，Fuentes M.空间统计学手册。伦敦：查普曼和霍尔；2010.【Crossref】，【谷歌学者】·Zbl 1188.62284号
[35] Finley AO、Banerjee S、Gelfand AE.spBayes，用于大型单变量和多变量点引用时空数据模型。J统计软件。2013年（即将出版）。[Web of Science®]，[Google学者]
[36] 罗森塔尔JS。AMCMC：自适应MCMC的R接口。计算统计数据分析。2007;51(12):5467-5470. doi:10.1016/j.csda.2007.02.021[Crossref]，[Web of Science®]，[Google学者]·兹比尔1203.62001
[37] Wickham H.Advanced R.伦敦：CRC出版社；2015.[谷歌学者]
[38] Eddelbuettel D，Francois R.Rcpp：无缝R和C++集成。J统计软件。2011;40(8):1-18. doi:10.18637/jss.v040.i08[Crossref]，[Web of Science®]，[Google学者]
[39] Eddelbuettel D，Sanderson C.RcppArmadillo:使用高性能C++线性代数加速R。计算统计数据分析。2014;71:1054-1063. doi:10.1016/j.csda.2013.02.005[Crossref]，[Web of Science®]，[Google学者]·Zbl 1471.62055号
[40] Eddelbuettel D.使用C++扩展进行更高性能的R编程。苏黎世R课程；2017年。可从以下网址获得：https://goo.gl/Ng4oGQ。[谷歌学者]
[41] Bates D，Eddelbuettel D。使用RcppEigen包的快速优雅的数值线性代数。J统计软件。2013;52(5):1-24. doi:10.18637/jss.v052.i05[Crossref]，[PubMed]，[Web of Science®]，[Google学者]
[42] Weston S，微软公司。doParallel：“并行”包的foreach并行适配器。R包版本1.0.11；2017年。可从以下网址获得：https://CRAN.R-project.org/package=doParallel。[谷歌学者]
[43] Fernández-López J，Schliep K.rWind：下载、编辑并在生态和进化分析中包含风力数据。R包版本1.0.2；2018年。发布时间：https://CRAN.R-project.org/package=rWind。[谷歌学者]
[44] Grimit EP，Gneiting T，Berrocal VJ，等。循环变量的连续排序概率分数及其在中尺度预报集合验证中的应用。夸特J R Meteorol Soc.2006；132（621C）：2925-2942。doi:10.1256/qj.05.235[交叉引用]，[谷歌学者]
[45] Brooks SP，Gelman A.监测迭代模拟收敛性的通用方法。计算机图形统计杂志1998；7(4):434-455. 可从以下位置获得：https://www.tandfonline.com/doi/abs/101080/10618600.1998.10474787。[Taylor&Francis Online]、[Web of Science®]、[Google学者]
[46] Gelman A，Rubin DB。使用多个序列从迭代模拟中推断。统计科学。1992年；7(4):457-472. 可从以下位置获得：http://www.jstor.org/stable/2246093。doi:10.1214/ss/117001136[交叉引用]，[谷歌学者]·Zbl 1386.65060号
[47] Bulla J，Lagona F，Maruotti A，et al.从不完全倾斜和循环时间序列中识别海况的多元隐马尔可夫模型。农业生物环境统计杂志2012；17(4):544-567. doi:10.1007/s13253-012-0110-1[Crossref]，[Web of Science®]，[Google学者]·Zbl 1302.62246号
[48] Bulla J、Lagona F、Maruotti A等。半封闭盆地的环境条件：混合型多元变量的动态潜在类方法。《社会科学评论汇编》2015年版；156(1):114-137. [谷歌学者]·Zbl 1316.62164号
[49] Lagona F，Picone M.基于模型的具有循环分量和缺失值的多元倾斜数据聚类。《2012年应用统计杂志》；39(5):927-945. doi:10.1080/02664763.2011.626850[Taylor&Francis Online]，[Web of Science®]，[Google学者]·Zbl 1514.62115号
[50] Lagona F、Picone M、Maruotti A等。分析线性和循环分量时空环境数据的隐马尔可夫方法。斯托克环境研究风险评估。2015;29(2):397-409. doi:10.1007/s00477-014-0919-y[Crossref]，[Web of Science®]，[Google学者]
[51] Maruotti A、Punzo A、Mastrantonio G等。基于隐马尔可夫异质性结构的纵向循环数据投影正态回归模型的时间相关扩展。斯托克环境研究风险评估。2016;30(6):1725-1740. doi:10.1007/s00477-015-1183-5[Crossref]，[Web of Science®]，[Google学者]
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