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雅库布·拉多舍夫斯基；塔蒂亚娜·斯塔里科夫斯卡娅

流式处理\（k\）-与纠错和应用程序不匹配。 （英语） Zbl 1435.68402号

Inf.计算。 271，文章ID 104513，16 p.（2020）.
摘要：我们为\（k\）提出了一种新的流算法-不匹配问题是模式匹配中最基本的问题之一。给定一个模式和一个文本，任务是找到文本中最多与模式保持汉明距离的所有子字符串。我们的算法通过一个名为错误更正，其对于\（k=1\）和一般\（k\）的复杂性与对于\（k）的解的复杂性相当-不匹配问题依据B.孔和E.波拉特[摘自：2009年IEEE第50届计算机科学基础研讨会论文集。加利福尼亚州洛斯·阿拉米托斯：IEEE计算机协会。315–323 (2009;Zbl 1292.68174号)] 和R.克利福德等【摘自：第27届ACM-SIAM离散算法年会论文集，SODA’16。宾夕法尼亚州费城：工业和应用数学学会（SIAM）；纽约州纽约市：计算机协会（ACM）。2039–2052 (2016;Zbl 1410.68160号)]. 与我们的研究并行，一个更有效的算法-不匹配的问题错误更正功能由开发R.克利福德等【摘自：第30届ACM-SIAM离散算法年会论文集，SODA’19。宾夕法尼亚州费城：工业和应用数学学会（SIAM）；纽约州纽约市：计算机协会（ACM）。1106–1125 (2019;Zbl 1431.68168号)]. 使用流媒体的新功能和最新工作多模式匹配我们开发了一系列用于加权字符串模式匹配的流算法，加权字符串是分子生物学中不确定序列的常用表示。我们还表明，这些算法在多对数因子下是空间最优的。

引用于6文件

MSC公司：

68瓦32 字符串上的算法
68周27 在线算法；流式算法

关键词：

流式算法；\（k\）-不匹配问题；加权字符串；位置权重矩阵

引文：

Zbl 1292.68174号；兹比尔1410.68160；兹比尔1431.68168

软件：

JASPAR公司
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{J.Radoszewski}和\textit{T.Starikovskaya}，Inf.Compute。271，文章ID 104513，16 p.（2020；Zbl 1435.68402）
全文： 内政部 arXiv公司

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