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RNA网络是无标度的吗? (英语) 兹比尔1437.62174

作者摘要:如果网络的连通密度函数与幂律分布成正比,则网络是无标度的。有人建议,无标度网络可以解释在某些物理和生物现象中观察到的鲁棒性,由于一些高度连接的中枢节点和大量小角度节点的存在可能平均在任意两个节点之间提供交替路径,因此在代谢网络、基因相互作用网络和蛋白质折叠的研究中已经提出了这种稳健性。为什么许多网络看起来是无标度的,其理论依据是:A.-L.BarabásiR.阿尔伯特【科学286,第5439号,509–512(1999;Zbl 1226.05223号)]他们认为,扩展网络(其中新节点优先连接到高度连接的节点)往往是无标度的。本文中,我们提供了第一个有效的算法来计算用户指定长度的所有均聚物二级结构系综的连接性密度函数,这是一个非常重要的结果,因为此类网络的指数大小排除了它们的枚举。由于现有的幂律拟合软件(如powerlaw)无法用于确定指数大的RNA连接性数据的幂律匹配,我们还实现了高效的代码来计算幂律比例因子和相关Kolmogorov-Smirnov值的最大似然估计。假设检验强烈表明,均聚物RNA二级结构网络不是无标度的;此外,这似乎是真实(非均聚物)RNA网络的情况。

MSC公司:

62G32型 极值统计;尾部推断
62G07年 密度估算
05C82号 小世界图形、复杂网络(图形理论方面)
68卢比 计算机科学中的组合数学
92D20型 蛋白质序列、DNA序列
62页第10页 统计学在生物学和医学中的应用;元分析
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
全文: 内政部

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