×
吉安卡洛·拉斐尔；乔瓦尼·曼齐尼；安东尼奥·雷斯蒂沃；乔瓦娜·罗森；Marinella Sciortino公司

交替BWT：算法视角。 （英语） Zbl 1435.68087号

西奥。计算。科学。 812, 230-243 (2020).
摘要：Burrows-Wheeler变换（BWT）是1994年为数据压缩引入的一个单词变换。它已成为设计自索引数据结构的基本工具，在科学和工程的几个领域具有重要应用。交替Burrows-Wheeler变换（ABWT）是最近引入的另一种变换[I.M.Gessel先生等，《欧洲期刊》Comb。33，第7期，1537–1546（2012年；Zbl 1244.05016号)] 并在词的组合数学领域学习。它类似于BWT，只是它使用交替的词典编纂顺序，而不是通常的顺序。基于以下方面的结果[作者，Lect.Notes Compute.Sci.11088，1-17（2018；Zbl 1436.68102号)], 在我们已经证明BWT和ABWT是一类更大的可逆变换的一部分的情况下，这里我们提供了对新变换ABWT的组合和算法研究。我们通过证明BWT和ABWT是上述类中唯一的秩可逆的，这是一个保证有效可逆性的新概念，从而在BWT与ABWT之间建立了一个深刻的类比。此外，我们还证明了后向搜索过程可以有效地推广到ABWT；这一结果表明，ABWT也可以用作高效压缩全文索引的基础。最后，我们证明了结合使用差分覆盖后缀排序算法可以有效地计算ABWT[J·Kärkkäinen等，J.ACM 53，第6期，918–936（2006；Zbl 1326.68111号)] 用线性时间算法求单词相对于交替词典编纂顺序的最小循环旋转。

引用于2文件

MSC公司：

68页30 编码和信息理论（压缩、压缩、通信模型、编码方案等）（计算机科学方面）
68兰特 单词组合学
68瓦32 字符串上的算法

关键词：

交替Burrows-Wheeler变换；等级可逆性；差分覆盖算法；伽罗瓦语单词

引文：

Zbl 1244.05016号；Zbl 1326.68111号；Zbl 1436.68102号

软件：

BWA公司
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{R.Giancarlo}等人，Theor。计算。科学。812230--243（2020年；Zbl 1435.68087）
全文： 内政部 arXiv公司

参考文献：

[1] Belazzougui，D。；Navarro，G.，表示序列的最佳上界和下界，ACM Trans。算法，11，4，第31条pp.（2015）·Zbl 1398.68103号
[2] Bonomo，S。；Mantaci，S。；Restivo，A。；Rosone，G。；Sciortino，M.，《在多集合中对单词的变位和后缀进行排序》，国际期刊《发现》。计算。科学。，25, 08, 1161-1175 (2014) ·Zbl 1310.68172号
[3] Booth，K.S.，《词典学最小循环子串》，Inf.Process。莱特。，10, 4/5, 240-242 (1980) ·Zbl 0444.68064号
[4] Burrows，M。；Wheeler，D.J.，块排序数据压缩算法（1994），数字系统研究中心，技术报告
[5] 查宾，B。；Tate，S.，通过修改排序从Burrows-Wheeler变换获得更高压缩，（DCC（1998），IEEE计算机学会），532，完整版本可从
[6] 科尔伯恩，C.J。；Ling，A.C.H.，不同覆盖的法定人数，Inf.Process。莱特。，75，1-2，9-12（2000年）·Zbl 1339.68089号
[7] 考克斯，A。；Bauer，M。；雅各比，T。；Rosone，G.，用Burrows-Wheeler变换对基因组序列数据库进行大规模压缩，生物信息学，28，11，1415-1419（2012）
[8] 考克斯·A·J。；加罗法罗，F。；Rosone，G。；Sciortino，M.，用于非常大的字符串集合的轻型LCP结构，J.Discrete。算法，37，17-33（2016）·Zbl 1362.68303号
[9] 克罗西莫尔，M。；Désarménien，J。；Perrin，D.，关于Burrows-Wheeler变换的注释，Theor。计算。科学。，332, 567-572 (2005) ·Zbl 1070.68126号
[10] Daykin，J。；Groult，R。；Guesnet，Y。；Lecroq，T.等人。；Lefebvre，A。；莱昂纳德，M。；埃利桑那州普里厄尔·加斯顿。，字符串排序及其在Burrows-Wheeler变换中的应用综述，Theor。计算。科学。(2017)
[11] Dolce，F。；Restivo，A。；Reutenauer，C.，《关于广义林登词》，Theor。计算。科学。，777, 232-242 (2019) ·Zbl 1426.68229号
[12] Duval，J.-P.，有序字母表上的分解单词，J.算法，4，4，363-381（1983）·Zbl 0532.68061号
[13] Egidi，L。；F.A.Louza。；Manzini，G。；Telles，G.P.，序列集合与应用程序的外部内存BWT和LCP计算，算法分子生物学。，第14、1条第6页（2019年）·Zbl 1494.92085号
[14] Fenwick，P.，用于块排序文本压缩的Burrows-Wheeler变换：原理和改进，计算。J.，39，9，731-740（1996）
[15] 费伦齐，S。；Zamboni，L.Q.，聚类单词和区间交换，J.整数序列。，16，2，第13.2.1条第（2013）页·Zbl 1291.68305号
[16] 费拉吉纳，P。；Giancarlo，R。；Manzini，G。；Sciortino，M.，在最佳线性时间内增强文本压缩，J.ACM，52，4，688-713（2005）·Zbl 1323.68260号
[17] 费拉吉纳，P。；Manzini，G.，《机会主义数据结构与应用》（FOCS 2000（2000），IEEE计算机学会），390-398
[18] 费拉吉纳，P。；Manzini，G.，《压缩文本索引》，美国计算机学会杂志，52，552-581（2005）·Zbl 1323.68261号
[19] 费拉吉纳，P。；尼托，I。；Venturini，R.，《关于优化文本分区以提高其压缩性》，《算法》，61，1，51-74（2011）·Zbl 1221.68302号
[20] Gagie，T。；Manzini，G。；Sirén，J.，Wheeler graphs:基于BWT的数据结构框架，Theor。计算。科学。，698, 67-78 (2017) ·兹比尔1380.68145
[21] Gessel，I.M。；Restivo，A。；Reutenauer，C.，单词和多串项链之间的双射词，《欧洲期刊》Comb。，33, 7, 1537-1546 (2012) ·Zbl 1244.05016号
[22] Gessel，I.M。；Reutenauer，C.，《给定循环结构和下降集的计数排列》，J.Comb。理论，Ser。A、 64、2、189-215（1993）·Zbl 0793.05004号
[23] Giancarlo，R。；Manzini，G。；Restivo，A。；Rosone，G。；Sciortino，M.，《基于块排序的单词转换：超越魔法BWT》，（DLT.DLT，LNCS，第11088卷（2018年），斯普林格国际出版公司），1-17·Zbl 1436.68102号
[24] Giancarlo，R。；Manzini，G。；Rosone，G。；Sciortino，M.，《一类新的可搜索和可证明的高度可压缩字符串变换》，（CPM.CPM，LIPIcs，第128卷（2019年），Schloss Dagstuhl-Leibniz-Zentrum fuer Informatik），第12页·Zbl 1529.68095号
[25] Giancarlo，R。；Restivo，A。；Sciortino，M.，《通过组合优化从第一原理到Burrows和Wheeler变换及其以外》，Theor。计算。科学。，387, 236-248 (2007) ·Zbl 1144.68019号
[26] Gusfield，D.，《字符串、树和序列的算法——计算机科学和计算生物学》（1997），剑桥大学出版社·Zbl 0934.68103号
[27] Kärkkäinen，J。；Sanders，P.，简单线性工作后缀数组构造，（自动机，语言与编程。自动机，语言与编程，LNCS，第2719卷（2003），施普林格-柏林-海德堡），943-955·Zbl 1039.68042号
[28] Kärkkäinen，J。；桑德斯，P。；Burkhardt，S.，线性工作后缀数组构造，J.ACM，53，918-936（2006）·Zbl 1326.68111号
[29] Kimura，K。；Koike，A.，使用短读数据的Burrows-Wheeler变换进行超快速SNP分析，生物信息学，31，10，1577-1583（2015）
[30] 李，H。；Durbin，R.，《使用Burrows-Wheeler变换进行快速准确的长读数校准》，生物信息学，26，5，589-595（2010）
[31] Lothaire，M.，《单词应用组合数学》，《数学及其应用百科全书》（2005），剑桥大学出版社：剑桥大学出版社，纽约州纽约市，美国·Zbl 1133.68067号
[32] 梅基宁，V。；Belazzougui，D。；库尼亚尔，F。；Tomescu，A.I.，《基因组尺度算法设计：高通量测序时代的生物序列分析》（2015），剑桥大学出版社
[33] 曼塔奇，S。；Restivo，A。；Rosone，G。；Sciortino，M.，Burrows-Wheeler变换的扩展，Theor。计算。科学。，387, 3, 298-312 (2007) ·Zbl 1144.68024号
[34] Mantaci，S。；Restivo，A。；Rosone，G。；Sciortino，M.，《序列比较的新组合方法》，理论计算。系统。，42, 3, 411-429 (2008) ·兹伯利1136.68047
[35] Mantaci，S。；Restivo，A。；Rosone，G。；Sciortino，M.，Burrows-Wheeler变换和游程编码，（单词组合学，第十一届国际会议论文集。单词组合学。第十一届世界会议论文集，2017年。《单词组合学》，第十一届国际会议论文集。词汇组合学，第十一届国际会议论文集，Words 2017，LNCS，第10432卷（2017），Springer），228-239·Zbl 1405.68466号
[36] Mantaci，S。；Restivo，A。；Rosone，G。；西奥蒂诺，M。；Versari，L.，通过RLE测量BWT的聚集效应，Theor。计算。科学。，698, 79-87 (2017) ·Zbl 1380.68174号
[37] Mantaci，S。；Restivo，A。；Sciortino，M.，Burrows-Wheeler变换和Sturmian单词，Inf.过程。莱特。，86, 241-246 (2003) ·Zbl 1162.68511号
[38] Mantaci，S。；Restivo，A。；Sciortino，M.，《生物序列的距离度量：一些最新方法》，《国际期刊近似原因》。，47, 1, 109-124 (2008) ·Zbl 1183.92035号
[39] Manzini，G.，Burrows-Wheeler变换的分析，美国计算机学会，48，3407-430（2001）·Zbl 1323.68262号
[40] Manzini，G。；Ferragina，P.，工程轻量级后缀数组构造算法，Algorithmica，40，33-50（2004）·Zbl 1082.68867号
[41] Navarro，G.，《紧凑数据结构-实用方法》（2016），剑桥大学出版社
[42] I.帕克。；Redlich，A.，《abc-permutations中的长周期》，Funct。分析。其他数学。，287-92（2008年）·Zbl 1175.05141号
[43] 北卡罗来纳州普雷扎。；北卡罗来纳州皮桑蒂。；西奥蒂诺，M。；Rosone，G.，通过eBWT位置聚类检测SNP，算法分子生物学。，14, 1, 3 (2019)
[44] Restivo，A。；Rosone，G.，Burrows-Wheeler变换和回文丰富度，Theor。计算。科学。，410, 30-32, 3018-3026 (2009) ·兹比尔1173.68055
[45] Restivo，A。；Rosone，G.，《Burrows-Wheeler变换中单词的平衡和聚类》，Theor。计算。科学。，412, 27, 3019-3032 (2011) ·兹比尔1220.68081
[46] Reutenauer，C.、Mots de Lyndon généralisés、sémin。洛塔尔。梳。，54，第B54h条pp.（2006）·Zbl 1183.68445号
[47] Rosone，G。；Sciortino，M.，数据压缩和单词组合之间的Burrows-Wheeler变换，（《计算的本质》，《逻辑、算法、应用》，第九届欧洲可计算性会议论文集。计算的本质。逻辑，算法，应用，第九届欧洲可计算性会议论文集。计算的本质。逻辑、算法、应用，第九届欧洲可计算性会议论文集，CiE 2013，LNCS，第7921卷（2013），Springer），353-364·Zbl 1370.68088号
[48] Schindler，M.，《无损数据压缩的快速块排序算法》（DCC（1997），IEEE计算机学会），469
[49] Shiloach，Y.，《快速规范化循环字符串》，J.Algorithms，2，2，107-121（1981）·Zbl 0459.68035号
[50] 辛普森，J。；Puglishi，S.J.，《带简单Burrows-Wheeler变换的单词》，《电子》。J.库姆。，15，第R83条pp.（2008）·兹比尔1183.68446
[51] Yang，L。；张，X。；Wang，T.，基于Burrows-Wheeler变换的生物序列之间的Burrows-Heeler相似性分布，J.Theor。生物，262,4742-749（2010）·Zbl 1403.92192号
此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配，可能包含数据转换错误。在某些情况下，zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献，而不要求完整或完全匹配。