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伊恩·德莱顿。;金光瑞;查尔斯·劳顿（Charles A.Laughton）。;乐慧玲

分子动力学数据的主嵌套形状空间分析。 （英语） Zbl 1435.62216号

附录申请。斯达。 13，第4期，2213-2234（2019）.
摘要：分子动力学模拟产生了大量的分子时间序列数据集。有趣的是，以简洁、低维的方式总结分子的形状演变。然而，欧几里德技术（如主成分分析（PCA））可能存在问题，因为数据可能远离平面流形。主嵌套球体对数据进行了与通常基于欧几里德子空间的PCA完全不同的分解[S.Jung先生等，《生物特征99》，第3期，551-568（2012；Zbl 1437.62507号)]. 以反向方式将连续较低维的子空间拟合到数据中，目的是在每个阶段保留信号并消除噪声。我们将该方法应用于三维子形状空间，并提供了一些实用的拟合算法。该方法用于肽的聚类分析，可以识别不同状态的分子。此外，还探讨了集群状态之间的时间转换。

引用于2文件

MSC公司：

62H25个 因子分析和主成分；对应分析
62H30型 分类和区分；聚类分析（统计方面）
62华氏35 多元分析中的图像分析
62页99 统计学的应用
62兰特 歧管统计
92E10型 分子结构（图形理论方法、微分拓扑方法等）

关键词：

尺寸缩减;歧管;主成分分析;主嵌套球体;黎曼（Riemannian）;形状

引文：

Zbl 1437.62507号

软件：

R（右）;琥珀色;形状
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{I.L.Dryden}等人，Ann.Appl。Stat.13，No.4，2213--2234（2019；Zbl 1435.62216）
全文： DOI程序 arXiv公司 欧几里得

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