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鲁伊·博尔赫斯;卡罗琳·科索尔

多态性软件系统发育模型的一致性和可识别性。 （英语） Zbl 1429.92109号

J.西奥。生物。 486，文章ID 110074，6 p.（2020）.
摘要：多态性软件系统发育模型（PoMo）是一种从全基因组数据估算物种树的替代方法。PoMo建立在DNA进化的标准替代模型上，但扩展了四个核苷酸碱基的经典字母表，以包括多态性状态。通过这样做，PoMo解释了祖先和当前的种群内变异，同时也适应了支配替代过程的种群级过程（例如遗传漂变、突变、等位基因选择）。PoMo已被证明在一些系统发育应用中是一个有价值的工具，但缺乏统计一致性的证据（可识别性是一致性的必要条件）。这里，我们证明了PoMo是可识别的，并且利用这个结果，我们进一步证明了最大值后部PoMo的（MAP）树估计是物种树的一致估计。我们用模拟数据集来补充我们的理论结果，模拟在表现出不完全谱系排序的自然种群中观察到的多样性。我们在贝叶斯框架中实现了PoMo，并表明MAP树可以很容易地恢复全基因组分析中采样的典型站点数的真树。

MSC公司：

92D15型 与进化有关的问题
92D10型 遗传学和表观遗传学

关键词：

多态软件模型;系统发育学;物种树估计;一致性;可识别性

软件：

野兽;PoMo公司;IQ树
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{R.博尔赫斯}和\textit{C.科索尔}，J.提奥。生物学486，文章ID 110074，6 p.（2020；Zbl 1429.92109）
全文： 内政部

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