×

可读性小的二分图。 (英语) Zbl 1443.05161号

摘要:我们研究了二部图的一个参数,称为可读性,由引入R.奇基等【离散应用数学205,35–44(2016;Zbl 1333.05134号)]并受到重叠图在生物信息学中应用的启发。对参数的行为了解甚少。计算它的复杂性是开放的,不知道问题的决策版本是否在NP中。二部图可读性的唯一已知上界(以下是[M.D.V.布拉加J.梅达尼斯,莱克特。注释计算。科学。2286, 52–63 (2002;Zbl 1059.68636号)])在图的最大程度上是指数的。
生物信息学应用中出现的图形可读性低。本文主要研究可读性为(o(n))的图族,其中(n)是顶点数。我们证明了(n)-顶点二部链图的可读性介于({\Omega}(logn))和(mathcal{O}(sqrt{n})之间。我们给出了可读性最多为2的二部图的一个有效的可测试特征,并完全确定了网格的可读性,特别是表明其可读性从未超过3。因此,我们得到了一个多项式时间算法来确定网格诱导子图的可读性。我们技术的一个亮点是在二部链图的可读性分析中出现了欧拉方向函数。我们还开发了一种证明可读性下限的新技术,该技术适用于具有大量不同度的稠密图。

MSC公司:

05C75号 图族的结构特征
05C90年 图论的应用
68兰特 计算机科学中的图论(包括图形绘制)
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
全文: 内政部

参考文献:

[1] 阿斯普瓦尔,孟加拉人;迈克尔·普拉斯(Michael F.Plass)。;Tarjan,Robert Endre,用于测试某些量化布尔公式真实性的线性时间算法,Inf.Process。莱特。,8, 3, 121-123 (1979) ·Zbl 0398.68042号
[2] Błażewicz,Jacek;Formanowicz,Piotr;玛尔塔卡斯普扎克;Daniel Kobler,关于de Bruijn图及其诱导子图的识别,离散数学。,245, 1, 81-92 (2002) ·Zbl 0996.05061号
[3] Błażewicz,Jacek;Formanowicz,Piotr;马尔塔·卡斯普扎克;佩特拉·舒尔曼;Gerhard J.Woeginger,DNA测序,欧拉图和精确完美匹配问题,(计算机科学中的图论概念(2002),Springer),13-24·Zbl 1022.68089号
[4] 杰切克·布拉泽维奇;阿兰·赫兹;丹尼尔·科布勒(Daniel Kobler);de Werra,Dominique,关于DNA图的一些性质,离散应用。数学。,98, 1, 1-19 (1999) ·Zbl 0939.05078号
[5] 玛丽亚·布拉加(Marília D.V.Braga)。;Meidanis,Joao,《根据重叠图构建一组字符串的算法》(LATIN 2002:理论信息学,第五届拉丁美洲研讨会,墨西哥坎昆,4月3-6日,Proceedings(2002)),52-63·Zbl 1059.68636号
[6] Rayan Chikhi;弗拉丹·乔维西奇;斯特凡·克拉奇;梅德韦杰夫(Paul Medvedev);Milanic,Martin;索菲亚·拉斯霍德尼科娃;Varma,Nithin M.,小可读性的二部图,(计算与组合数学第24届国际会议,COCOON 2018,中国青岛,7月2-4日,会议记录(2018)),467-479·Zbl 1442.05183号
[7] Rayan Chikhi;梅德韦杰夫(Paul Medvedev);马丁·米拉尼奇;Raskhodnikova,Sofya,关于重叠有向图的可读性,离散应用。数学。,205, 35-44 (2016) ·Zbl 1333.05134号
[8] Clark,Brent N。;查尔斯·科尔伯恩。;Johnson,David S.,单位圆盘图,离散数学。,86, 1-3, 165-177 (1990) ·兹比尔0739.05079
[9] 迪亚斯,约塞普;马修·彭罗斯(Mathew D.Penrose)。;乔迪·佩蒂特(Jordi Petit);Serna,Maria J.,随机几何图上的近似布局问题,J.算法,39,1,78-116(2001)·Zbl 0974.68148号
[10] Gevezes,Theodoros P。;Pitsoulis,Leonidas S.,重叠图的识别,J.Comb。最佳。,28, 1, 25-37 (2014) ·Zbl 1298.90120号
[11] 戈弗雷·哈代。;爱德华·怀特(Edward M.Wright),《数字理论导论》(1979),牛津大学出版社:克拉伦登出版社,牛津大学出版公司纽约·兹比尔0423.10001
[12] Idury,Ramana M。;Michael S.Waterman,DNA序列组装的新算法,J.Compute。生物学,2,2,291-306(1995)
[13] 阿隆·伊泰;Christos H.Papadimitriou。;Luiz Szwarcfiter,Jayme,网格图中的Hamilton路径,SIAM J.Compute。,11, 4, 676-686 (1982) ·Zbl 0506.05043号
[14] Vladan,Jovičić,Odčitljivost digrafov in dvodelnih-grafov(有向图和二部图的可读性)(2016),最终项目论文(英语)。斯洛文尼亚科珀Primorska大学数学、自然科学和信息技术学院。在线可用身份
[15] Kasprzak,Marta,基于de Bruijn的标记有向图的分类,离散应用。数学。(2016) ·Zbl 1376.05134号
[16] 李显岳;张和平,某些类型DNA图的特征,J.Math。化学。,42, 1, 65-79 (2007) ·Zbl 1119.92074号
[17] 李显岳;张和平,嵌入字母重叠有向图,J.Math。化学。,47,1,62-71(2010)·Zbl 1379.92076号
[18] 杰森·米勒(Jason R.Miller)。;谢尔盖·科伦;Sutton,Granger,《下一代测序数据的汇编算法》,《基因组学》,95,6,315-327(2010)
[19] Myers,Eugene W.,碎片组装字符串图,(ECCB/JBI(2005)),85
[20] Nagarajan、Niranjan;Pop,Mihai,序列组装解密,Nat.Rev.Genet。,14, 3, 157-167 (2013)
[21] 鲁迪·彭达文;佩特拉·舒尔曼;Gerhard J.Woeginger,《识别DNA图很困难》,《离散应用》。数学。,127, 1, 85-94 (2003) ·2018年10月31日
[22] Jared T.Simpson。;理查德·德宾(Richard Durbin),《使用压缩数据结构的大基因组高效从头组装》,《基因组研究》(Genome Res.)(2011年)
[23] 斯隆(Neil J.A.Sloane),《整数序列在线百科全书》(2016),电子版发布于·Zbl 1439.11001号
[24] 乔尔马·塔尔霍;Ukkonen,Esko,构建最短公共超弦的贪婪近似算法,Theor。计算。科学。,57, 1, 131-145 (1988) ·Zbl 0644.68090号
[25] West,Douglas B.,《图论导论》(1996),普伦蒂斯·霍尔公司:普伦蒂斯霍尔公司,新泽西州上鞍河·Zbl 0845.05001号
此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配,可能包含数据转换错误。在某些情况下,zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献,而不要求完整或完全匹配。