巴斯蒂安·卡佐;对手，埃里克 层次重叠图。 （英文） Zbl 1478.68222号 信息处理。莱特。 155，文章ID 105862，6 p.（2020）. 摘要：给定一组有限单词，重叠图（OG）是一个完整的加权有向图，其中每个单词都是一个节点，弧的权重等于一个单词与另一个单词之间最长重叠的长度（重叠是一个不对称概念）。OG用于组装DNA片段或计算最短超弦，这些超弦是输入的压缩表示。OG需要字数为二次方的空间，这限制了它的可扩展性。层次重叠图（HOG）是一种替代图，它也对所有最大重叠进行编码，但使用的空间在输入单词的长度总和中是线性的。我们提出了第一种在线性空间中为等长单词构建HOG的算法。 引用于1审查引用于三文件 MSC公司： 68兰特 计算机科学中的图论（包括图形绘制） 68第05页 数据结构 68周27 在线算法；流算法 68瓦32 字符串上的算法 关键词：在线算法;超弦;装配;阿霍·科拉西克;数据结构 软件：Readjoiner公司 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{B.Cazaux}和\textit{E.Rivals}，Inf.过程。莱特。155，文章ID 105862，6 p.（2020；Zbl 1478.68222） 全文： 内政部 arXiv公司 参考文献： [1] 阿霍，阿尔弗雷德五世。；Margaret J.Corasick，《高效字符串匹配：书目搜索的辅助工具》，Commun。ACM，18333-340（1975年）·Zbl 0301.68048号 [2] 伊兰本巴萨；Chor，Benny，使用增量散列构造字符串图，生物信息学，30，24，3515-3523（2014年9月） [3] 阿夫林·布鲁姆；姜涛；李明；约翰·特隆普（John Tromp）；Yannakakis，Mihalis，最短超弦的线性近似，（美国计算机学会计算理论研讨会（1991）），328-336·Zbl 0812.68075号 [4] Cánovas，罗德里戈；巴斯蒂安·卡佐；Rivals，Eric，《压缩重叠指数》（2017），CoRR [5] 巴斯蒂安·卡佐；Cánovas，罗德里戈；Rivals，Eric，压缩空间中最短DNA循环覆盖，（数据压缩会议（2016），IEEE计算机社会出版社），536-545 [6] 巴斯蒂安·卡佐；Samuel Juhel；Rivals，Eric，最短线性超弦的实用上下限，（第17届国际实验算法研讨会（SEA））。第17届国际研讨会。关于实验算法（SEA），LIPIcs，第103卷（2018）），第18条pp·Zbl 1493.68408号 [7] 巴斯蒂安·卡佐；Rivals，Eric，字符串最短循环覆盖的线性时间算法，J.Discret。算法，37，56-67（2016）·Zbl 1362.68301号 [8] Dinh，Hieu；Rajasekaran，Sangustevar，表示精确匹配重叠图的高效存储数据结构及其在下一代DNA组装中的应用，生物信息学，27，141901-1907（2011年6月） [9] 亚历山大·戈洛夫涅夫；亚历山大·库利科夫。；Mihajlin，Ivan，用少于（2^{\text{n}}）个步骤求解有界长度字符串的SCS，Inf.Process。莱特。，114, 8, 421-425 (2014) ·Zbl 1296.68203号 [10] 乔治·冈内拉（Giorgio Gonnella）；Kurtz，Stefan，Readjoiner:一种快速且内存高效的基于字符串图的序列汇编程序，BMC Bioninform。，13、1、82（2012年5月） [11] 丹·古斯菲尔德（Dan Gusfield）；Gad M.Landau。；Schieber，Baruch，全对后缀前缀问题的有效算法，Inf.Process。莱特。，181-185年4月41日（1992年）·Zbl 0748.68021号 [12] Lim，Jihyuk；Park，Kunsoo，全对后缀前缀问题的快速算法，Theor。计算。科学。，698, 14-24 (2017) ·Zbl 1380.68479号 [13] Myers，Eugene W.，片段组装字符串图，生物信息学，21，增刊2，79-85（2005） [14] 汉努·佩尔托拉；Söderlund，汉斯；乔尔马·塔尔霍；Ukkonen，Esko，分子遗传学中一些字符串匹配问题的算法，（IFIP大会（1983）），59-64 [15] Jared T.Simpson。；Richard Durbin，《使用FM-index高效构建装配字符串图》，生物信息学，26，12，第6篇pp.（2010），i367-i373 [16] 乔尔马·塔尔霍；Ukkonen，Esko，构造最短公共超环的贪婪近似算法，Theor。计算。科学。，57, 131-145 (1988) ·Zbl 0644.68090号 [17] William H.A.Tustumi。；西蒙·高格（Simon Gog）；Guilherme P.泰勒斯。；Louza，Felipe A.，全对后缀前缀问题的改进算法，J.Discret。算法，37，34-43（2016）·Zbl 1362.68305号 [18] Ukkonen，Esko，求近似最短公共超弦的线性时间算法，算法，5313-323（1990）·Zbl 0696.68075号 [19] 瓦利马基，尼科；苏珊娜·拉德拉；Mäkinen，Veli，近似所有对后缀/前缀重叠，Inf.Comput。，213, 49-58 (2012) ·Zbl 1254.68361号 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配，可能包含数据转换错误。在某些情况下，zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献，而不要求完整或完全匹配。