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对准销:一种新的动态编程方法,用于对齐蛋白质相互作用网络。 (英语) 兹比尔1423.92064

摘要:到目前为止,很少有人提出调整蛋白质-蛋白质相互作用网络的工具。这些工具通常使用各种局部或全局对齐算法来找到保守的交互模式。然而,提高网络对齐工具的速度、可扩展性、简化性和准确性仍是新研究的目标。在本文中,我们介绍对准销,一种用于蛋白质相互作用网络局部对齐的新工具。对准销在IntAct、DIP和斯坦福网络数据库的蛋白质相互作用网络上测试了准确性,并将结果与其他著名算法进行了比较。结果表明:对准销在KEGG Ortholog组中具有较高的敏感性和特异性。

MSC公司:

92立方厘米 系统生物学、网络
92C40型 生物化学、分子生物学
90立方厘米 动态编程
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全文: 内政部

参考文献:

[1] Kuchaiev,O。;Milenković,T。;梅米舍维奇,V。;海耶斯,W。;Príulj,N.,《拓扑网络比对揭示生物功能和系统发育》,《皇家学会界面杂志》,7,50,1341-1354(2010)·doi:10.1098/rsif.2010.0063
[2] Wang,Y。;Hindemitt,T。;Mayer,K.F.X.,基因启动子和前体的显著序列相似性拟南芥非服务microRNA,生物信息学,22,21,2585-2589(2006)·doi:10.1093/bioinformatics/btl437
[3] 何,P.-A。;李,X.-F。;Yang,J.-L。;Wang,J.,蛋白质相似性分析的新描述符,数学和计算机化学中的MATCH通信,65,2,445-458(2011)
[4] Zhang,Y。;Chen,W.,DNA序列相似性搜索的新方法,数学和计算机化学中的MATCH通信,65,2,477-488(2011)
[5] Milenković,T。;Pržulj,N.,通过图形度签名揭示生物网络功能,癌症信息学,6257-273(2008)
[6] Milenković,T。;Ng,W.L。;海斯,W。;Pržulj,N.,与小图度向量的最佳网络对齐,癌症信息学,9121-137(2010)
[7] Neyshabur,B。;Khadem,A。;哈希米法尔,S。;Arab,S.S.,NETAL:一种新的基于图形的蛋白质相互作用网络全球比对方法,生物信息学,29,13,1654-1662(2013)·doi:10.1093/bioinformatics/btt202
[8] 凯利,B.P。;袁,B。;莱维特,F。;沙兰,R。;斯托克韦尔,B.R。;Ideker,T.,PathBLAST:蛋白质相互作用网络校准工具,核酸研究,32,83-88(2004)·doi:10.1093/nar/gkh411
[9] 沙兰,R。;Suthram,S。;凯利·R·M。;库恩,T。;McCuine,S。;Uetz,P。;Sittler,T。;卡普·R·M。;Ideker,T.,多物种蛋白质相互作用的保守模式,美国国家科学院学报,102,6,1974-1979(2005)·doi:10.1073/pnas.0409522102
[10] 科尤图克,M。;Kim,Y。;托普卡拉,美国。;Subramaniam,S。;西斯潘科夫斯基。;Grama,A.,蛋白质相互作用网络的成对排列,计算生物学杂志,13,2,182-199(2006)·doi:10.1089/cmb.2006.13.182
[11] 弗兰尼克,J。;Novak,A。;Srinivasan,B.S。;麦克亚当斯,H.H。;Batzoglou,S.,Grmlin:多个大型交互网络的一般和稳健对齐,基因组研究,16,9,1169-1181(2006)·doi:10.1101/gr.5235706
[12] 辛格,R。;徐,J。;Berger,B.,《多蛋白质相互作用网络的全球比对》,第13届太平洋生物计算研讨会论文集(PSB’08)
[13] 弗兰尼克,J。;Novak,A。;做,C.B。;斯里尼瓦桑,B.S。;Batzoglou,S.,《多局部网络对齐的自动参数学习》,《计算生物学杂志》,2009年第16期,第8期,第1001-1022页·doi:10.1089/cmb.2009.0099
[14] 廖,C.-S。;卢克。;Baym,M。;辛格,R。;Berger,B.,IsoRankN:多蛋白质网络全球比对的光谱方法,生物信息学,25,12,i253-i258(2009)·doi:10.1093/bioinformatics/btp203
[15] 安德森·R。;Chung,F。;Lang,K.,使用PageRank向量进行局部图划分,第47届IEEE计算机科学基础研讨会论文集(FOCS’06),IEEE计算机学会·doi:10.1109/FOCS.2006.44
[16] 田伟。;Samatova,N.F.,通过快速识别最大保守模式实现交互网络的成对对齐,太平洋生物计算研讨会,14,99-110(2009)
[17] 田伟。;Samatova,N.F.,最大共同保守模式的成对蛋白质相互作用网络全球比对,国际基因组学杂志,2013(2013)·数字对象标识代码:10.1155/2013/670623
[18] Altschul,S.F。;Madden,T.L。;Schäffer,A.A.,Gapped BLAST和PSI-BLAST:新一代蛋白质数据库搜索程序,核酸研究,25,17,3389-3402(1997)·doi:10.1093/nar/25.17.3389
[19] Kerrien,S。;Alam-Faruque,Y。;阿兰达,B。;班卡兹,I。;桥梁,A。;德罗,C。;调光器,E。;费尔曼,M。;弗里德里希森,A。;亨特利,R。;科勒,C。;哈达克,J。;Leroy,C。;A.利班。;利夫廷克,C。;Montecchi-Palazzi,L。;Orchard,S。;Risse,J。;Robbe,K。;罗切特,B。;托尼克罗夫特,D。;Zhang,Y。;阿普韦勒,R。;Hermjakob,H.,IntAct-分子相互作用数据的开放源代码资源,核酸研究,35,1,D561-D565(2007)·doi:10.1093/nar/gkl958
[20] 塞纳里奥斯,I。;萨尔文斯基,Ł。;段晓杰。;希格尼,P。;Kim,S.-M。;Eisenberg,D.,DIP,相互作用蛋白质数据库:研究蛋白质相互作用的细胞网络的研究工具,核酸研究,30,1303-305(2002)·doi:10.1093/nar/30.1.303
[21] Srinivasan,B.S。;Novak,A.F。;Flannick,J.A。;巴佐格鲁,S。;McAdams,H.H.,《11种微生物的集成蛋白质相互作用网络》,《计算分子生物学研究》。计算分子生物学研究,计算机科学课堂讲稿,3909,1-14(2006)·Zbl 1302.92046号
[22] Kanehisa,M。;Goto,S。;佐藤,Y。;川岛,M。;Furumichi,M。;Tanabe,M.,《数据、信息、知识和原理:回到KEGG中的新陈代谢》,核酸研究,42,1,D199-D205(2014)·doi:10.1093/nar/gkt1076
[23] 辛格,R。;徐,J。;Berger,B.,通过匹配邻域拓扑实现蛋白质相互作用网络的成对全球比对,第十一届计算分子生物学研究国际年会论文集(RECOMB'07)
[24] 科尔曼,T.H。;Leiserson,C.E。;Rivest,R.L。;Clifford,S.,《算法导论》(2009),英国剑桥:麻省理工学院出版社,英国剑桥·Zbl 1187.68679号
[25] Schaeffer,S.E.,图聚类,《计算机科学评论》,1,1,27-64(2007)·Zbl 1302.68237号 ·doi:10.1016/j.cosrev.2007.05.001
[26] 科纳克,A。;Coit,D.W。;Smith,A.E.,《使用遗传算法的多目标优化:教程》,可靠性工程和系统安全,91,9,992-1007(2006)·doi:10.1016/j.ress.2005.11.018
[27] Kuhn,H.W.,分配问题的匈牙利方法,海军研究后勤,283-97(1955)·Zbl 0143.41905号 ·doi:10.1002/nav.3800020109
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