瑞安·苏德曼;埃尚·D·米特拉。;林燕婷;埃里克森，基莎·E·。;冯、宋;威廉·S·赫拉瓦切克。 推广Gillespie的直接方法以实现无网络模拟。 （英语） Zbl 1422.92062号 牛市。数学。生物。 81，第8期，2822-2848（2019）. 摘要：Gillespie的化学动力学随机模拟直接方法是计算系统生物学研究的主要内容。然而，该算法需要明确列举系统中可能出现的所有反应和所有化学物质。在许多情况下，由于生物网络中反应和物种的组合爆炸，这是不可行的。基于规则的建模框架提供了一种准确表示包含这种组合复杂性的网络的方法，Gillespie直接方法的推广已被开发为基于规则的模型语言的仿真引擎。在这里，我们提供了模拟引擎底层算法（称为无网络模拟算法）的高级描述，以及它们在系统生物学研究中的应用。我们还定义了一个通用的基于规则的建模框架，并描述了采用Gillespie的直接方法进行无网络仿真所需的一些技术细节。最后，我们简要讨论了推进无网络仿真的潜在途径，以及它们在生物学动态系统建模中继续发挥的作用。 引用于2文件 MSC公司： 92立方厘米 系统生物学、网络 92C40型 生物化学、分子生物学 92-04 生物相关问题的软件、源代码等 关键词：随机模拟;基于规则的建模;组合复杂度;动力学蒙特卡罗 软件：斯帕特金;KappaTools公司;TRuML公司;生物净发电;NFsim公司;STOCHSIM公司;github;生物模型 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{R.Suderman}等人，公牛。数学。生物学81，第8期，2822-2848（2019；Zbl 1422.92062） 全文： 内政部 arXiv公司 链接 参考文献： [1] Acar M，Mettetal JT，Van Oudenaarden A（2008），波动环境中作为生存策略的随机切换。《自然遗传学》40（4）：471 [2] Aitken S，Alexander RD，Beggs JD（2013）RNA聚合酶II C末端结构域磷酸化的基于规则的动力学模型。J R Soc接口10（86）：20130438 [3] Blake WJ，Krn M，Cantor CR，Collins JJ（2003）真核基因表达中的噪声。自然422（6932）：633 [4] 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