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弗里克斯，克莱门斯;托尔斯滕·绍布;塞巴斯蒂安·谢尔霍恩;安妮·西格尔;菲利普·万科

混合代谢网络完成。 （英语） Zbl 1486.92062号

理论与实践。日志。程序。 19，第1期，第83-108页（2019年）.
概述：代谢网络在生物学中起着至关重要的作用，因为它们捕捉生物体内的所有化学反应。虽然许多模式生物都有高质量的网络，但研究较少的生物的网络往往质量较差，并且存在不完整性。为此，我们在之前的工作中引入了一种基于答案集编程（ASP）的代谢网络完成方法。尽管这种定性方法允许恢复中度退化的网络，但无法恢复高度退化的网络。这是因为它忽略了捕获反应速率的定量约束。为了解决这个问题，我们提出了一种代谢网络完成的混合方法，该方法将定性ASP方法与捕获反应速率的定量方法相结合。我们首先以统一的形式将现有的化学计量和拓扑方法正式协调到网络完成中。利用它，我们开发了一种混合ASP编码，并依赖ASP系统的理论推理能力粘着物用于求解在reals上具有线性约束的结果逻辑程序。我们通过代谢网络实证评估我们的方法大肠杆菌我们的分析表明，我们的新方法比纯定性或定量方法产生的结果要好得多。

MSC公司：

92碳40 生物化学、分子生物学
92立方厘米 系统生物学、网络
68T20型 人工智能背景下的问题解决（启发式、搜索策略等）

关键词：

答案集编程;代谢网络;间隙填充;线性规划;混合求解;生物信息学

软件：

扣环;MetaCyc公司;COBRApy公司;Clingcon公司;meneco公司;快速间隙填充;克林戈;COBRA工具箱
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{C.Frioux}等人，理论与实践。日志。程序。19，编号1，83--108（2019；Zbl 1486.92062）
全文： 内政部

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