阿莱西奥·孔蒂;罗伯托·格罗西;安德烈亚·马里诺;洛伦佐·塔蒂尼;卢卡·维萨里 一种大型公共连通诱导子图的快速发现算法。 (英语) Zbl 1419.05140号 离散应用程序。数学。 268, 210-222 (2019). 摘要:我们提出了一种快速算法来解决寻找公共子图这一经典问题,该算法有助于检测生物大分子之间的结构关系。虽然这个难题的成本可能很高,但与已知算法相比,我们的性能提高了几个数量级。我们通过对含有数千个原子的蛋白质的实验来验证我们的发现。 MSC公司: 05C60型 图论中的同构问题(重构猜想等)和同态问题(子图嵌入等) 05C35号 图论中的极值问题 05C90年 图论的应用 92比99 一般数学生物学 关键词:枚举;最大公共子图;同构;输出灵敏度 软件:化学工程师;算法457 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{A.Conte}等人,《离散应用》。数学。268210--222(2019年;Zbl 1419.05140) 全文: 内政部 哈尔 参考文献: [1] Abu-Khzam,F.N.,顶点覆盖参数化的最大公共诱导子图,Inf.Process Lett。,114, 3, 99-103 (2014) ·Zbl 1284.68274号 [2] Akutsu,T。;Tamura,T.,计算有界度外平面图最大公共连通边子图的多项式时间算法,算法,6,1,119(2013)·Zbl 1461.68140号 [3] Artymiuk,P.J。;波雷特,A.R。;Grindley,H.M。;赖斯,D.W。;Willett,P.,《识别蛋白质结构中氨基酸侧链三维模式的图表理论方法》,《分子生物学杂志》。,243, 2, 327-344 (1994) [4] Artymiuk,P.J。;斯普里格斯,R.V。;Willett,P.,《生物大分子结构关系分析的图论方法》,J.AM.Soc.Inf.Sci。技术。,56, 5, 518-528 (2005) [5] 阿维斯,D。;Fukuda,K.,枚举反向搜索,离散应用。数学。,65, 1, 21-46 (1996) ·Zbl 0854.68070号 [6] 巴罗·H·G。;Burstall,R.M.,子图同构,匹配关系结构和最大团,Inf.过程。莱特。,4, 83-84 (1976) 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