克里斯·惠登;弗雷德里克·马特森（Frederick A.IV Matsen） 有效地推断系统发育树之间的成对子树修剪和再生邻接。 （英语） Zbl 1435.92047号 Nebel，Markus（编辑）等人，《第十五届分析算法和组合学研讨会论文集》，ANALCO’18，洛杉矶新奥尔良，2018年1月8日至9日。宾夕法尼亚州费城：工业和应用数学学会（SIAM）。77-91 (2018). 摘要：我们开发了一种时间最优的O（mn^2）时间算法，用于在具有（n）叶的（m）系统发育树集合上构建子树剪枝再生（SPR）图。这改进了\（O（mn^3）\）的上一个界限。这些图用于更好地理解系统发育方法的行为，并推荐参数选择和诊断标准。这些分析中的限制因素是难以为大量树木构建这样的图。我们还开发了第一个有效的算法来构造最近邻交换（NNI）和树二分和重联（TBR）图。这些新算法是通过改变视角实现的：我们不关注树和检查邻接对，而是以称为“协议森林”的结构的形式枚举潜在的邻接本身。事实上，两棵树在图中是相邻的，当且仅当它们共享一个适当定义的双组分协议林。我们证明了这一点，即使在无根树的情况下也是成立的，这是无根SPR的第一个结果。为了将此观察转化为一个有效的算法，我们开发了两个工具：SDLNewick，协议林的第一个唯一字符串表示，以及一个新的AFContainer数据结构，该结构使用此类字符串有效地存储树邻接。关于整个系列，请参见[Zbl 1380.68012号]. 引用于3文件 MSC公司： 第92天 与进化有关的问题 05C90年 图论的应用 68瓦32 字符串上的算法 关键词：系统发育树;时间最优算法;子树剪枝再生图 软件：PAUP公司*;野兽;SDLNewick公司;RAxML公司;AF集装箱 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{C.Whidden}和\textit{F.A.Matsen IV}，摘自：《第十五届分析算法与组合学研讨会论文集》，ANALCO’18，洛杉矶新奥尔良，2018年1月8-9日。宾夕法尼亚州费城：工业和应用数学学会（SIAM）。77-91（2018年；Zbl 1435.92047） 全文： 内政部 arXiv公司