×

兹马思-数学第一资源

遗传共表达动力学建模的元分析框架。(英语) Zbl公司 1420.92027
摘要:探索遗传相互作用的方法已经被开发出来,试图超越单基因分析。由于生物分子在不同的细胞条件下经常参与不同的过程,研究不同生物条件下基因共表达模式的变化可以揭示重要的调控机制。其中一种捕获基因共表达动力学的方法被称为液体联合(LA),它量化了两个基因之间的共表达受第三个“协调”基因调控的关系。这种LA测量方法为研究基因共表达变化提供了一个自然的框架,并且越来越多地应用于研究基因间的调控网络。随着大量公开的基因表达数据,有必要开发一个用于LA分析的元分析框架。在本文中,我们在建模相关性时加入了混合效应,以解释研究之间的异质性。对于LA的统计推断,我们通过一个Bayesian层次结构开发了一个马尔可夫链蒙特卡罗(MCMC)估计过程。我们在一组模拟中评估了所提出的方法,并在两组实验数据集中说明了它们的使用。第一组数据集结合10项胰腺导管腺癌基因表达研究,以确定可能的协调基因的作用美国药典9X在河马小路上。第二个实验数据集包括907个基因表达微阵列大肠杆菌多个研究的实验可通过“多微生物微阵列数据库”网站公开获取(http://m3d.bu.edu/)并检测了与血清在协调基因在场的情况下Lrp公司.
理学硕士:
92C40型 生物化学、分子生物学
第62页 统计学在生物学和医学科学中的应用;荟萃分析
15层62层 贝叶斯推理
PDF格式 BibTeX公司 XML 引用
全文: 内政部
参考文献:
[1] 巴雷特,T.,S。E。威尔希特,P。莱杜,C。伊万杰利斯塔,我。F。金,M。托马舍夫斯基,K。A。马歇尔,K。H。菲利普,P。M。谢尔曼,M。霍尔科,A。叶法诺夫,H。李,N。张,C。L。罗伯逊,N。瑟罗瓦,S。戴维斯和A。Soboleva(2013):“NCBI-GEO:功能基因组学数据集更新档案”,《核酸研究》,41,D991-D995。
[2] 布鲁克斯,S。P。和A。Gelman(1998):“监控迭代模拟收敛性的一般方法”,J。计算机。图表。Stat.,7434-455年。
[3] 陈,T。E、 ,M。P。斯顿夫和A。C。Babtie(2017):“利用多元信息测量从单细胞数据推断基因调控网络”,cell Syst.,5,251-267。
[4] 道森,J。A。和C。Kendziorski(2012):“识别高通量实验中差异共表达的经验贝叶斯方法”,生物识别,68455-465·Zbl公司 1251.62042
[5] 埃德加,R.,M。多姆拉乔夫和A。拉什(2002):“基因表达总括:NCBI基因表达和杂交阵列数据仓库”,《核酸研究》,30207-10。
[六] 费斯,J。J、 ,M。E。德里斯科尔,V。A。福萨罗,E。J。科斯格罗夫,B。海耶特,F。美国。朱恩,S。J。施耐德和T。美国。Gardner(2007a):“许多微生物微阵列数据库:具有结构化实验元数据的统一标准化affymetrix概要”,核酸研究,36(增刊1),D866-D870。
[7] 信仰,J。J、 ,B。海耶特,J。T。我是塔登。莫格诺,J。韦尔兹博夫斯基。科塔雷尔,S。卡斯夫,J。J。柯林斯和T。美国。Gardner(2007b):《表达谱概要中转录调控的大规模定位和验证》,《公共科学图书馆生物学》,5,e8。
[8] 盖尔凡德,A。E。和A。F。M。史密斯(1990):“基于抽样的边际密度计算方法”,J。是。统计协会,85398-409·Zbl公司 702.62020
[9] 盖尔曼,A(2006年):“分层模型中方差参数的先验分布”,《贝叶斯分析》,1515-534·Zbl公司 1331.62139
[10] 盖尔曼,A。和D。鲁宾(1992):“使用多序列迭代模拟的推论”,《统计科学》,7457-472·Zbl公司 1386.65060
[11] 冈德森,T。是的。-是的。Ho(2014):“在全基因组范围内探索液体关联的有效算法”,BMC Bioinf.,15371。
[12] 哦,是的,是的,G。帕米吉亚尼,T。路易斯和L。科普(2011):“建模液体协会”,生物识别,67133-141·Zbl公司 1216.62169
[13] 哦,是的。-是的,我。科普,M。绕道和G。Parmigiani(2007):“识别差异表达基因组合的统计方法”,载:Ochs,MichaelF(eds),基因功能分析,Springer Science+商业媒体。第171-191页。
[14] 哦,是的。-是的,我。M。Cope和G。Parmigiani(2014):“使用eqtl数据的模块化网络构建:计算成本和效益分析”,前沿。基因,5,40。
[15] 爱尔兰,R。A(2003年):“高密度寡核苷酸阵列探针水平数据的探索、标准化和总结”,生物统计学,249-264·Zbl公司 1141.62348
[16] 休恩·苏,V。A、 ,A。伊尔瑟姆,L。韦汉克尔和P。Geurts(2010):“使用基于树的方法从表达式数据推断调控网络”,PloS One,5,e12776。
[17] 卡内希萨,M。和S。Goto(2000):“京都基因和基因组百科全书”,核酸研究,28,27-30。
[18] 南卡罗来纳州考夫曼。彼得森,B。萨缪尔森和C。Troein(2003):“随机布尔网络模型和酵母转录网络”,Proc。自然。阿卡德。科学,10014796-14799。
[19] Kayano,M.,I。Takigawa,M。志贺和K。T。H。Mamitsuka(2009):“从转录和基因型数据中有效地发现全基因组三向基因相互作用”,《生物信息学》,252735-2743。
[20] 赖,Y.,B。吴,L。陈和H。赵(2004):“识别差异基因-基因共表达模式的统计方法”,生物信息学,2013146-3155。
[21] 兰伯特,P。C(2006年):“对Browne和Draper文章的评论”,《贝叶斯分析》,1543-546·Zbl公司 1331.62151
[22] 拉帕莱宁,I.,J。阿尔梅达·金,V。库曼杜里,A。参议员。D。斯伯丁,S。乌尔·雷赫曼,G。桑德斯,J。坎达萨米,M。卡卡莫,R。雷诺宁,B。沃恩,T。劳伦特,F。罗兰,P。马林·加西亚,J。巴克,P。约基宁,A。C。托雷斯,J。R。德阿吉拉,O。M。洛贝特,我。麦地那,M。美国。普伊,M。阿尔伯里奇。德拉托瑞,A。纳瓦罗,J。帕斯卡尔和P。Flicek(2015):“欧洲基因组现象档案人类数据同意用于生物医学研究”,国家。遗传学,47692-695。
[23] 李,K.-C(2002年):“全基因组共表达动力学:理论与应用”,Proc。自然。阿卡德。科学。U、 美国,99,16875-16880。
[24] 李,K.-C。和S。袁(2004):“NCI抗癌药物筛选的功能基因组学研究”,药物基因组学杂志,4127-135。
[25] 李,K.-C.,C.-T。刘伟。太阳,S。元和T。Yu(2004):“加强全基因组共表达动力学研究的系统”,Proc。自然。阿卡德。《科学》,10115561-15566。
[26] 李,T。W、 -H.,J.-H。T。新罕布什尔州汀市。N。横山,A。伯恩斯坦,M。范德韦特林和M。L。Waterman(2006):“结肠癌中LEF1的Wnt激活和选择性启动子抑制”,分子细胞。生物学,265284-5299。
[27] 李,K.-C.,A。帕洛蒂,S。元,D。布朗尼科夫。陈,X。魏奥伟。崔,J。萨雷拉和L。Peltonen(2007):“通过液体关联寻找疾病候选基因”,基因组生物学,8,R205。
[28] 李,J.,X。陈,X。丁,Y。程,B。赵,Z.-C。赖,K。A。赫泽米,R。哈肯,K.-L。关和C。是的。Wang(2013):“LATS2通过干扰癌基因wnt信号来抑制致癌wnt信号β-连环蛋白/BCL9相互作用,《细胞报告》,第5期,1650-1663页。
[29] 罗,J.,G。D'Angelo,F。高,J。丁和C。Xiong(2015):“家庭类型聚类研究中的双变量相关系数”,Biom。J、 ,571084-1109年·Zbl公司 1386.62055
[30] 硕士,S.,Q。龚和H。J。Bohnert(2007):“基于图形高斯模型的拟南芥基因网络”,《基因组研究》,171614-1625。
[31] 莫迪,S。R、 ,D。M。卡马乔,M。A。科汉斯基,G。C。沃克和J。J。Collins(2011):“使用网络生物学方法对细菌srnas的功能特性进行研究”,Proc。自然。阿卡德。《科学》第108、15522-15527页。
[32] 阮,H。T、 D.D。安德烈耶娃,R。古普塔,C。乔杜里,X。洪,P。J。A。艾希霍恩,A。C。洛亚和S。M。Cohen(2016):“Deubiquitying酵素USP9x通过控制血管生长素蛋白周转来调节hippo通路的活性,”Cell Discovery,21001。
[33] 伙计,A.,M。杨和N。J。多纳托(2014):“泛素特异性蛋白酶治疗癌症的新潜力”,《癌症研究》,744955-4966。
[34] 帕金森,H.,U。萨坎,M。北卡罗来纳州肖贾塔拉布。阿贝古纳瓦德纳。库尔森,S。孔里诺,A。法恩,G。G。劳拉,E。霍洛韦,M。Kapushesky,P。莉嘉,G。慕克吉,A。奥兹西门,T。雷纳,P。罗卡·塞拉,A。沙玛,S。桑松和A。Brazma(2005):“ArrayExpress——EBI微阵列基因表达数据的公共存储库”,《核酸研究》,33,D553-D555。
[35] Pé雷兹·曼塞拉,P。A、 ,A。G。锈,L。范德韦登,G。克里斯蒂安森,A。李,A。L。萨弗,K。西弗斯坦,R。Gr公司ützmann,D。奥斯特,P。Rü夫人,T。千牛ö选择,C。赫德,D。L。斯特普勒,R。克特伯勒,J。A。布罗斯南和A。Li(2012):“deubiquitinase USP9x抑制胰腺导管腺癌”,《自然》,486266-270。
[36] 普卢默,M(2003年):“JAGS:使用Gibbs抽样分析贝叶斯图形模型的程序”,载:第三届分布式统计计算国际研讨会论文集。
[37] 邱,P。还有我。Zhang(2012):“癌症DNA甲基化调控全球变化相关标记的识别”,BMC Bioinf.,13,S7。
[38] R核心团队(2016):R:统计计算的语言和环境,R统计计算基金会,奥地利维也纳。
[39] 西普勒,W.,V。科洛拉和F。Colland(2011):“泛素特异性蛋白酶作为癌症药物靶点”,《未来肿瘤学》,7619-632。
[40] 太阳,W.,S。袁和凯。李(2008):“性状-性状动态相互作用:遗传变异研究的二维性状eQTL定位”,BMC基因组学,9242。
[41] 王,L.,W。郑,H。赵和M。邓(2013):“统计分析揭示酵母中许多对基因的共表达模式由相互作用的基因座共同调节,”公共科学图书馆遗传学,9,e1003414。
[42] Zhang,J.,Y。吉和L。张(2007):“从微阵列数据中提取三方基因相互作用”,生物信息学,232903-2909。
此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。它的项被试探性地匹配到zbMATH标识符,并且可能包含数据转换错误。它试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献,而不要求匹配的完整性或精确性。