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评估全基因组检测差异甲基化区域的重要性。 (英语) 兹比尔1420.92032

摘要:DNA甲基化在人类健康和疾病中起着重要作用,鉴定不同甲基化区域的方法越来越受到关注。目前缺乏适当处理多重测试的统计方法,即控制差异甲基化区域的全基因组显著性。我们引入了扫描统计(DMRScan),它克服了这些限制。我们使用基于实际甲基化数据的模拟研究,将DMRScan与两种成熟的方法(bumphunter、DMRcate)进行基准测试。Bioconductor提供了DMRScan的实现。在不同的模拟场景中,我们的方法比其他方法具有更高的能力,特别是对于较小的效果大小。DMRScan在统计建模方面表现出更大的灵活性,并且可以用于比当前方法更复杂的设计。DMRScan是第一种动态方法,能够正确地解决鉴定不同甲基化区域的多重测试挑战。DMRS在功率方面优于其他方法,同时保持了错误发现率的可控性。

MSC公司:

92C40型 生物化学、分子生物学
92D10型 遗传学和表观遗传学
62页第10页 统计学在生物学和医学中的应用;元分析
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参考文献:

[1] Aldous,D.(1989):通过泊松聚类启发式的概率近似,Springer科学与商业媒体。;Aldous,D.,通过泊松聚类启发式的概率近似(1989)·Zbl 0679.60013号
[2] Benjamini,Y.、J.Taylor和R.A.Irizarry。(2018):“高通量分析区域检测的选择校正统计推断”,《美国统计协会期刊》,1(47)。;Y.本杰米尼。;泰勒,J。;Irizarry,R.A.,《高通量分析区域检测的选择校正统计推断》,美国统计协会,1,47(2018)·兹比尔1428.62208
[3] Bock,C.(2012):“分析和解释DNA甲基化数据”,《自然评论遗传学》。,13, 705-719.; Bock,C.,《分析和解释DNA甲基化数据》,《自然评论遗传学》。,13, 705-719 (2012)
[4] Butcher,L.M.和S.Beck(2015):“Probe Lasso:用450K DNA甲基化数据圈定差异甲基化区域的新方法”,方法,72,21-28。;Butcher,L.M。;Beck,S.,Probe Lasso:用450K DNA甲基化数据圈定差异甲基化区域的新方法,方法,72,21-28(2015)
[5] Du,P.,X.Zhang,C.C.Huang,N.Jafari,W.A.Kibbe,L.Hou和S.M.Lin(2010):“通过微阵列分析量化甲基化水平的Beta值和M值方法的比较”,BMC生物信息学,11,587。;杜,P。;张,X。;Huang,C.C.(黄,C.C.)。;北卡罗来纳州贾法里。;Kibbe,W.A。;Hou,L。;Lin,S.M.,通过微阵列分析量化甲基化水平的β值和M值方法的比较,BMC生物信息学,11587(2010)
[6] Feinberg,A.P.,R.A.Irizarry,D.Fradin,M.J.Aryee,P.Murakami,T.Aspelund,G.Eiriksdottir,T.B.Harris,L.Launer,V.Gudnason和M.D.Fallin(2010):“随时间稳定并与体重指数共价的个性化表观基因特征”,《科学》。Transl.公司。医学,249ra67。;范伯格,A.P。;爱尔兰共和国。;弗雷丁,D。;Aryee,M.J。;村上,P。;Aspelund,T。;Eiriksdottir,G。;哈里斯·T·B。;Launer,L。;古德纳森,V。;Fallin,M.D.,随时间稳定并与体重指数共价的个体化表观基因特征,Sci。Transl.公司。医学,249ra67(2010)
[7] Hansen,K.D.,B.Langmead和R.A.Irizarry(2012):“B光滑:从全基因组亚硫酸氢盐测序读数到差异甲基化区域,”基因组生物学。,13,R83。;Hansen,K.D。;Langmead,B。;Irizarry,R.A.,B平滑:从全基因组亚硫酸氢盐测序读取到差异甲基化区域,基因组生物学。,13,R83(2012)
[8] Jaffe,A.E.,P.Murakami,H.Lee,J.T.Leek,M.D.Fallin,A.P.Feinberg和R.A.Irizarry(2012年):“在表观遗传流行病学研究中通过碰撞狩猎识别差异甲基化区域”,国际流行病学杂志。,41, 200-209.; 杰菲,A.E。;村上,P。;Lee,H。;Leek,J.T。;法林,医学博士。;范伯格,A.P。;Irizarry,R.A.,表观遗传学流行病学研究中识别差异甲基化区域的凹凸狩猎,国际流行病学杂志。,41, 200-209 (2012)
[9] Jones,P.A.(2012):“DNA甲基化的功能:岛屿、起始位点、基因体及其他”,《自然评论遗传学》。,13, 484-492.; Jones,P.A.,《DNA甲基化的功能:岛屿、起始位点、基因体及其以外》,《自然遗传学评论》。,13, 484-492 (2012)
[10] Korthauer,K.、S.Chakraborty、Y.Benjamini和R.A.Irizarry。(2017):《全基因组亚硫酸氢盐测序差异甲基化区域的检测和准确错误发现率控制》,生物统计学。;Korthauer,K。;Chakraborty,S。;Y.本杰米尼。;Irizarry,R.A.,《全基因组亚硫酸氢盐测序差异甲基化区域的检测和准确错误发现率控制》,生物统计学(2017年)
[11] Laurent,L.,E.Wong,G.Li,T.Huynh,A.Tsirigos,C.T.Ong,H.M.Low,K.W.Kin Sung,I.Rigoutsos,J.Loring和C.L.Wei(2010):“分化过程中人类甲基体的动态变化”,《基因组研究》,20,320-331。;Laurent,L。;Wong,E。;李·G。;Huynh,T。;齐里戈斯,A。;Ong,C.T。;低,H.M。;Kin Sung,K.W。;里戈索斯,I。;Loring,J。;Wei,C.L.,分化过程中人类甲基体的动态变化,《基因组研究》,20,320-331(2010)
[12] Lun,A.T.和G.K.Smyth(2015):“csaw:使用滑动窗口对ChIP-seq数据进行差异结合分析的生物导体包”,《核酸研究》,44,e45-e45。;Lun,A.T。;Smyth,G.K.,csaw:使用滑动窗口对ChIP-seq数据进行差异结合分析的生物导体包,核酸研究,44,e45-e45(2015)
[13] Peng,G.,L.Luo,H.Siu,Y.Zhu,P.Hu,S.Hong,J.Zhao,X.Zhou,J.D.Reveille和L.Jin(2010):“全基因组关联研究的基于基因和路径的第二波分析”,《欧洲遗传学杂志》。,18, 111-117.; 彭,G。;罗,L。;Siu,H。;Zhu,Y。;胡,P。;洪,S。;赵,J。;周,X。;雷维尔,J.D。;Jin,L.,《全基因组关联研究的基于基因和路径的第二波分析》,《欧洲遗传学杂志》。,18, 111-117 (2010)
[14] Peters,T.J.、M.J.Buckley、A.L.Statham、R.Pidsley、K.Samaras、V.L.R、S.J.Clark和P.L.Molloy(2015):“人类基因组中差异甲基化区域的从头识别”,表观遗传学染色质,8、6。;彼得斯·T·J。;巴克利,M.J。;Statham,A.L。;皮兹利,R。;萨马拉斯,K。;R、 V.L。;克拉克·S·J。;Molloy,P.L.,《人类基因组差异甲基化区域的从头鉴定》,表观遗传学染色质,8,6(2015)
[15] Rakyan,V.K.,T.A.Down,D.J.Balding和S.Beck(2011):“常见人类疾病的全表观基因组关联研究”,《自然评论遗传学》。,第12页,529-541页。;Rakyan,V.K。;唐,T.A。;巴尔丁,D.J。;Beck,S.,《常见人类疾病的全表观基因组关联研究》,《自然遗传学评论》。,12, 529-541 (2011)
[16] Reiner-Benaim,A.、R.W.Davis和K.Juneau(2014):“扫描统计分析用于检测时间进程平铺阵列数据中的内含子”,《统计应用》。遗传学。分子生物学。,13, 173-190.; Reiner-Benaim,A。;Davis,R.W。;Juneau,K.,扫描统计分析用于检测时间进程平铺数组数据中的内含子,Stat.Appl。遗传学。分子生物学。,13, 173-190 (2014) ·兹比尔1296.92068
[17] Ritchie,M.E.、B.Phipson、D.Wu、Y.Hu、C.W.Law、W.Shi和G.K.Smyth。(2015):“Limma为RNA测序和微阵列研究提供差异表达分析”,《核酸研究》,43,e47-e60。;里奇,M.E。;Phipson,B。;Wu,D。;胡,Y。;法律,C.W。;Shi,W。;Smyth,G.K.,Limma为RNA测序和微阵列研究提供差异表达分析,核酸研究,43,e47-e60(2015)
[18] Rounge,T.B.,C.M.Page,M.Lepisto,P.Ellonen,B.K.Andreassen和E.Weiderpass(2016):“青春期女孩唾液和体型中的基因组DNA甲基化”,表观基因组学,81495-1505。;Rounge,T.B。;Page,C.M。;勒皮斯托,M。;Ellonen,P。;安德烈森,B.K。;Weiderpass,E.,青春期女孩唾液和体型中的基因组DNA甲基化,表观基因组学,81495-1505(2016)
[19] Rozowsky,J.、G.Eukilchen、R.K.Auerbach、Z.D.Zhang、T.Gibson、R.Bjornson、N.Carriero、M.Snyder和M.B.Gerstein(2009年):“PeakSeq能够对ChIP-seq实验相对于对照进行系统评分”,《国家生物技术》。,第27页,第66-75页。;Rozowsky,J。;Eukilchen,G。;奥尔巴赫,R.K。;张振东。;Gibson,T。;比约恩森,R。;北卡罗来纳州Carriero。;斯奈德,M。;Gerstein,M.B.,PeakSeq使ChIP-seq实验相对于对照进行系统评分,Nat.Biotechtol。,27, 66-75 (2009)
[20] Satterthwaite,F.E.(1946):“方差分量估计值的近似分布”,《生物计量学公告》。,2, 110-114.; Satterthwaite,F.E.,方差分量估计的近似分布,生物计量学。,2, 110-114 (1946)
[21] Shen,L.,J.Zhu,S.Y.Robert Li和X.Fan(2017):“使用甲基化阵列数据的非齐次隐马尔可夫模型检测差异甲基化区域”,生物信息学,333701-3708。;沈,L。;朱,J。;Robert Li,S.-Y;Fan,X.,使用甲基化阵列数据的非均匀隐马尔可夫模型检测差异甲基化区域,生物信息学,333701-3708(2017)
[22] Siegmund,D.(1985):序列分析:检验和置信区间。美国纽约州施普林格科技与商业媒体。;Siegmund,D.,《序列分析:检验和置信区间》(1985)·Zbl 0573.62071号
[23] Siegmund,D.和B.Yakir(2007):基因定位统计。美国纽约州施普林格科技与商业媒体。;Siegmund,D。;Yakir,B.,基因图谱统计(2007)·Zbl 1280.62012年
[24] Siegmund,D.O.,N.R.Zhang和B.Yakir(2011):“扫描统计的错误发现率”,《生物特征》,98,979-985。;Siegmund,D.O。;张,N.R。;Yakir,B.,扫描统计的错误发现率,Biometrika,98,979-985(2011)·Zbl 1228.62090号
[25] Slieker,R.C.,S.D.Bos,J.J.Goeman,J.V.Bovee,R.P.Talens,R.van der Breggen,H.E.Suchiman,E.W.Lameijer,H.Putter,E.B.van den Akker,Y.Zhang,J.W.Jukema,P.E.Slagboom,I.Meulenbelt和B.T.Heijmans(2013):“使用Illumina 450k阵列识别和系统注释组织特异性差异甲基化区域”,表观遗传学染色质,6,26。;斯利克,R.C。;Bos,S.D。;Goeman,J.J。;Bovee,J.V。;Talens,R.P。;范德布雷根,R。;Suchiman,H.E。;拉梅耶,E.W。;H·推杆。;van den Akker,E.B。;Zhang,Y。;Jukema,J.W。;矿渣管,P.E。;穆伦贝尔,I。;Heijmans,B.T.,使用Illumina 450k阵列识别和系统注释组织特异性差异甲基化区域,表观遗传学染色质,6,26(2013)
[26] Stouffer,S.A.,E.A.Suchman,L.C.DeVinney,S.A.Star和R.M.Williams(1949):《美国士兵:军队生活中的调整》。(第二次世界大战社会心理学研究)。;Stouffer,S.A。;苏赫曼,E.A。;德文尼,L.C。;Star,S.A。;威廉姆斯,R.M.,《美国士兵:军队生活中的调整》。(第二次世界大战社会心理学研究)(1949)
[27] Sun,Y.V.,A.M.Levin,E.Boerwinkle,H.Robertson和S.L.Kardia(2006):“识别SNP关联染色体模式的扫描统计”,Genet。流行病。,30, 627-635.; Sun,Y.V。;莱文,A.M。;Boerwinkle,E。;Robertson,H。;Kardia,S.L.,识别SNP关联染色体模式的扫描统计,遗传学。流行病。,30627-635(2006年)
[28] Zhang,Y.(2008):“全基因组ChIP-ChIP拼接阵列重要性的泊松近似”,生物信息学,242825-2831。;Zhang,Y.,Poisson近似在全基因组ChIP-ChIP拼接阵列中的重要性,生物信息学,242825-2831(2008)
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