康斯坦蒂诺斯·吉安娜基斯;西奥多·安德洛尼科斯 模拟生物分子过程的膜自动机。 （英语） Zbl 1415.68084号 自然计算。 16，第1期，151-163（2017）。 摘要：仿生计算模型和机制在理论和实践层面上广泛应用于各种应用。膜计算是自然计算的一个分支，在过去的15年中不断产生有趣的结果。在这项工作中，我们试图以一种新的方式描述基于膜自动机的线粒体融合过程。我们将这些计算机器与膜微积分的概念结合起来，描述了成功融合所必需的特定蛋白质的生成过程。我们还讨论了我们方法的可能扩展，为未来的工作和思想指明方向。 MSC公司： 2005年第68季度 计算模型（图灵机等）（MSC2010） 2010年第68季度 计算模式（非确定性、并行、交互式、概率性等） 92立方37 细胞生物学 关键词：膜自动机;膜系统;线粒体融合 软件：生物-PEPA PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{K.Giannakis}和\textit{T.Andronikos}，自然计算。16，第1号，151--163（2017；Zbl 1415.68084） 全文： 内政部 参考文献： [1] Alberts B、Bray D、Hopkin K、Johnson A、Lewis J、Raff M、Roberts K、Walter P（2013）《基本细胞生物学》。纽约加兰科学 [2] Alexiou AT，Psiha MM，Rekkas JA，Vlamos PM（2011）线粒体动力学的随机方法。世界科技学院55:77-80 [3] Alexiou A，Vlamos P（2012）线粒体种群表示的文化算法。高级艺术智能2012:1·doi:10.1155/2012/457351 [4] Aman B，Ciobanu G（2011）《过程计算和自然计算中的移动性》。柏林施普林格·Zbl 1238.68005号 ·数字对象标识代码：10.1007/978-3-642-24867-2 [5] Amos M（2004）细胞计算（基因组学和生物信息学）。牛津大学出版社·Zbl 1092.68613号 [6] Barbuti R、Maggiolo-Schettini A、Milazzo P、Pardini G、Tesei L（2011）《空间P系统》。自然计算10（1）：3-16·Zbl 1213.68256号 ·doi:10.1007/s11047-010-9187-z [7] Bianco，L。；Fontana，F。；弗朗哥·G。；Manca，V.，《生物动力学的P系统》，83-128（2006），纽约 [8] Bodei C、Gori R、Levi F（2013）《膜相互作用因果特性分析》。计算机科学电子笔记299:15-31·Zbl 1337.68100号 ·doi:10.1016/j.entcs.2013.11.003 [9] Broderick G，Ru'aini M，Chan E，Ellison MJ（2005）使用离散自动机的生命状虚拟细胞膜。电子生物学5（2）：163-178 [10] Cardelli，L.，Brane calculi，257-278（2005），纽约·Zbl 1088.68657号 ·doi:10.1007/978-3-540-25974-9_24 [11] Cardelli L，Péun G（2006）基于mate/dropy运算的膜微积分的普适性结果。国际计算机科学杂志17（01）：49-68·兹比尔1088.68055 ·doi:10.1142/S0129054106003693 [12] 卡瓦利埃，M。；Leupold，P.，《进化与观察：看待膜系统的新方法》，70-87（2004），纽约·Zbl 1202.68185号 ·doi:10.1007/978-3-540-24619-06 [13] Chan DC（2006）哺乳动物的线粒体融合和裂变。年收入细胞开发生物22:79-99·doi:10.1146/annrev.cellbio.22.010305.104638 [14] Chen H，Ionescu M，Ishdorj TO，Péun A，Páun G，Pérez-Jiménez MJ（2008）具有扩展规则的尖峰神经P系统：通用性和语言。自然计算7（2）：147-166·Zbl 1146.68033号 ·doi:10.1007/s11047-006-9024-6 [15] Chen H，Chan DC（2009）线粒体动力-融合、裂变、运动和有丝分裂-神经退行性疾病。人类分子遗传学18（R2）：R169-R176·doi:10.1093/hmg/ddp326 [16] Cienciala L，CiencialováL（2004）《具有优先级的膜自动机》。计算机科学技术杂志19（1）：89-97·doi:10.1007/BF02944787 [17] Ciobanu G，Aman B（2008），《膜与环境之间的关系》。生物系统91（3）：515-530·doi:10.1016/j.biosystems.2007.01.006 [18] Ciocchetta F，Hillston J（2009）《生物环境保护：生物系统建模和分析框架》。《计算机科学》410（33）：3065-3084·Zbl 1173.68041号 ·doi:10.1016/j.tcs.2009.02.037 [19] Claros MG，Vincens P（1996）预测线粒体导入蛋白及其靶向序列的计算方法。《欧洲生物化学杂志》241（3）：779-786·doi:10.1111/j.1432-1033.1996.00779.x [20] Colombini M（2004）VDAC：线粒体和细胞质之间的通道。分子细胞生物化学256（1-2）：107-115·doi:10.1023/B:MCBI.0000009862.17396.8d [21] Csuhaj-Varjú，E。；Martin-Vide，C。；Mitrana，V.，《多集自动机》，69-83（2001），纽约·Zbl 1052.68071号 ·doi:10.1007/3-540-45523-X_4 [22] Csuhaj Varjú，E.，P自动机，19-35（2005），纽约·Zbl 1117.68361号 ·doi:10.1007/978-3-540-31837-8_2 [23] Csuhaj-Varjú，E。；俄亥俄州伊巴拉；Vaszil，G.，《P自动机的计算复杂性》，76-89（2005），纽约·Zbl 1116.68449号 ·doi:10.1007/111493785_7 [24] Csuhaj-VarjúE，Ibarra OH，Vaszil G（2006），关于P自动机的计算复杂性。自然计算5（2）：109-126·Zbl 1112.68057号 ·doi:10.1007/s11047-005-4461-1 [25] Csuhaj-Varjü，E.，《P自动机：概念、结果和新方面》，1-15（2010），纽约·Zbl 1273.68116号 ·doi:10.1007/978-3-642-11467-0_1 [26] Csuhaj-Varjü，E.，P和dp自动机：非传统与经典自动机，7-22（2012），纽约·Zbl 1358.68165号 ·doi:10.1007/978-3642-31653-12 [27] Csuhaj-Varjú，E。；Vaszil，G.，P自动机或纯通信接受P系统，219-233（2003），纽约·Zbl 1023.68039号 ·数字对象标识代码：10.1007/3-540-36490-0_14 [28] Csuhaj-VarjúE，Vaszil G（2008）（膜）膜自动机。计算机科学理论404（1）：52-60·Zbl 1151.68015号 ·doi:10.1016/j.tcs.2008.04.004 [29] Csuhaj-Varjú，E。；Vaszil，G.，《论P自动机的力量》，55-66（2013），纽约·Zbl 1381.68081号 ·doi:10.1007/978-3-642-39074-67 [30] Detmer SA，Chan DC（2007）线粒体动力学的功能和功能障碍。Nat Rev Mol细胞生物学8（11）：870-879·doi:10.1038/nrm2275 [31] Freund R，Kari L，Oswald M，Sosík P（2005）无优先级的计算通用P系统：两个催化剂就足够了。计算机科学理论330（2）：251-266·Zbl 1078.68036号 ·doi:10.1016/j.tcs.2004.06029文件 [32] Freund R，Oswald M（2002）关于用反端口规则分析P系统的简短说明。公牛EATCS 78:231-236·Zbl 1169.68411号 [33] Freund R，Oswald M（2008）有限扩展尖峰神经P系统定义的正则ω语言。Fundam通知83（1）：65-73·Zbl 1147.68039号 [34] Frisco P（2005）关于具有同端口/反端口的P系统。软计算9（9）：664-672·Zbl 1101.68578号 ·doi:10.1007/s00500-004-0396-1 [35] Gheorghe M，Manca V，Romero-Campero FJ（2010），细胞过程建模的确定性和随机P系统。自然计算9（2）:457-473·Zbl 1343.92185号 ·doi:10.1007/s11047-009-9158-4 [36] Giannakis，K。；Andronikos，T.，通过膜自动机进行线粒体融合，163-172（2015），纽约 [37] 革兰氏菌，R。；Enguix，GB，《用P自动机分析》，389-410（2006），纽约 [38] Ibarra OH，Dang Z，Egecioglu O（2004）《催化P系统、半线性集和向量加法系统》。计算机科学理论312（2）：379-399·Zbl 1070.68043号 ·doi:10.1016/j.tcs.2003.10.28 [39] Ibarra OH，Pérez-Jiménez MJ，Yokomori T（2010）《关于扣球神经P系统》。自然计算9（2）：475-491·Zbl 1344.68077号 ·doi:10.1007/s11047-009-9159-3 [40] Koski T（2001）《生物信息学的隐马尔可夫模型》，第2卷。纽约州施普林格·Zbl 0983.92001号 [41] Krishna，SN，《纯催化p系统》，152-165（2006），纽约·Zbl 1126.68431号 ·doi:10.1007/11839132_13 [42] Krishna SN，Péun G（2005），带移动膜的P系统。自然计算4（3）：255-274·Zbl 1092.68041号 ·doi:10.1007/s11047-005-3771-7 [43] Kubli DA，Gustafsson Au B（2012）线粒体和有丝分裂-细胞死亡的阴阳控制。Circ Res 111（9）：1208-1221·doi:10.1161/CIRCRESAHA.112.265819 [44] Long H，Fu Y（2007）构建组合P自动机的一般方法。国际计算数学杂志84（12）：1715-1730·Zbl 1147.68044号 ·网址：10.1080/00207160701326764 [45] Longo DL，Archer SL（2013）《线粒体动力学——人类疾病中的线粒体裂变和融合》。《英国医学杂志》369（23）：2236-2251·doi:10.1056/NEJMra1215233 [46] Madhu M，Krithivasan K（2003）关于一类P自动机。国际数学计算杂志80（9）：1111-1120·Zbl 1091.68067号 ·doi:10.1080/0020716031000148502 [47] Margenstern，M。；Martin-Vide，C。；Péun，G.，《膜计算：增强膜处理的变体》，340-349（2002），纽约·Zbl 1065.68536号 ·doi:10.1007/3-540-48017-X_32 [48] Martin-Vide，C。；Pazos，J。；普昂，G。；Rodríguez-Patón，A.，《一类新的符号抽象神经网络：组织P系统》，290-299（2002），纽约·Zbl 1077.68645号 ·数字对象标识代码：10.1007/3-540-45655-4_32 [49] Martín-Vide C、Pun G、Pazos J、Rodríguez-Patón A（2003）《组织P系统》。计算机科学理论296（2）：295-326·Zbl 1045.68063号 ·doi:10.1016/S0304-3975（02）00659-X [50] Meeusen S、DeVay R、Block J、Cassidy-Stone A、Wayson S、McCaffery JM、Nunnari J（2006），线粒体膜内融合和嵴维持需要动力相关gtpase mgm1。手机127（2）：383-395·doi:10.1016/j.cell.2006.09.021 [51] Milner R，Parrow J，Walker D（1992）移动进程演算，i.Inf Compute 100（1）：1-40·Zbl 0752.68036号 ·doi:10.1016/0890-5401（92）90008-4 [52] Péun G（2000）《膜计算》。计算机系统科学杂志61（1）：108-143·Zbl 0956.68055号 ·doi:10.1006/jcss.1999.1693 [53] Péun，A.，《关于具有活性膜的P系统》，187-201（2001），纽约·Zbl 0971.68055号 ·doi:10.1007/978-1-4471-0313-4_15 [54] Péun，G.，《利用膜进行计算：解决NP完全问题》，94-115（2001），纽约·Zbl 0967.68065号 ·doi:10.1007/978-1-4471-0313-47 [55] Péun G，Rozenberg G，Salomaa A（2010）《牛津膜计算手册》。牛津大学出版社·Zbl 1237.68001号 ·doi:10.1007/978-3-642-11467-0 [56] Păun G，Pérez Jiménez MJ等人（2012）《语言与P系统：最新发展》。计算科学20（2）：59·Zbl 1318.68084号 [57] Pescini D、Besozzi D、Mauri G、Zandron C（2006）动态概率P系统。国际计算机科学杂志17（01）：183-204·Zbl 1088.68062号 ·doi:10.1142/S0129054106003760 [58] Phillips A（2009）随机生物环境演算的抽象机器。计算机科学电子笔记227:143-159·Zbl 1347.68143号 ·doi:10.1016/j.entcs.2008.12.109 [59] Rabin MO，Scott D（1959）有限自动机及其决策问题。IBM J Res开发3（2）：114-125·Zbl 0158.25404号 ·doi:10.1147/rd.32.0114 [60] Regev A、Panina EM、Silverman W、Cardelli L、Shapiro E（2004）《生物环境：生物隔室的抽象》。计算机科学理论325（1）：141-167·Zbl 1069.68569号 ·doi:10.1016/j.tcs.2004.03.061 [61] Sipser M（2006）《计算理论导论》，第2版。斯坦福德汤姆森球场技术·Zbl 1191.68311号 [62] Song Z、Ghochani M、McCaffery JM、Frey TG、Chan DC（2009），线粒体膜融合中的线粒体膜融合和OPA1介导序列步骤。分子生物学细胞20（15）：3525-3532·doi:10.1091/mbc。E09-03-0252号 [63] van der Bliek AM，Shen Q，Kawajiri S（2013）线粒体分裂和融合的机制。冷泉Harb Perspect Biol 5（6）：a011072 [64] Ye X，Tai W，Zhang D（2012）阿尔茨海默病病理学的早期事件：从线粒体功能障碍到bdnf轴突转运缺陷。神经生物老化33（6）：1122-e1·doi:10.1016/j.neurobiolaging.2011.11.004 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配，可能包含数据转换错误。在某些情况下，zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献，而不要求完整或完全匹配。